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名門私立高校“帝千学園”に、ひとりの教師がやって来る。彼の名は、義澤経男（田中圭）。セレブの子息たちが多く、東大進学率も高いこの学校で、今日から3年D組の担任を務めるのだ。義澤は“ある覚悟”を胸に、強烈な笑顔を作って校門をくぐっていく。義澤は3年D組の副担任・頼田朝日（山田裕貴）から、このクラスにはいろいろと問題があり、半年の間に3人もの教師が担任を辞めていることを教えられる。

義澤経男（田中圭）に叩きのめされた剣力（高橋侃）が意気消沈する一方、頼田朝日（山田裕貴）にあおられるように、藤原刀矢（高橋文哉）が義澤を“消す方程式”を立てようと言い出す。力だけでなく、長井弓（久保田紗友）や大木薙（森田想）はあまりに行き過ぎた刀矢の発言に戸惑うが、それぞれがリーダー格の刀矢に頭が上がらず結局従うことに。義澤は恋人の前野静（松本まりか）のもとを訪ね、ある決意を語る。義澤の脳裏には、かつて静との間に起きた衝撃の出来事が去来するが…。

担任教師・義澤経男（田中圭）を“消す方程式”を立てる--そう決めたものの、剣力（高橋侃）に続いて大木薙（森田想）まで失敗してしまったことに、藤原刀矢（高橋文哉）は激しく苛立ち、「僕が頼れるのは君だけだ」と長井弓（久保田紗友）に甘く語りかける。実は2年前、弓は有名医師の母・華（青山倫子）の“裏切り”に傷ついたところを刀矢にやさしくなぐさめられ、以来、彼に恋心を抱いていたのだ。刀矢に認められたい一心で弓は実行を決意するが、そこへ副担任・頼田朝日（山田裕貴）が出現。義澤を消すのに、とてもいい方法があると弓を焚きつける。

“賢い人”と“賢いと思っている人”の違いについての授業をはじめた担任・義澤経男（田中圭）に、自尊心をえぐられた藤原刀矢（高橋文哉）の怒りは頂点へ。我慢できず、隠し持ったナイフで義澤を刺そうとするが、誰にも気づかれないようにそれを阻止したのは副担任・頼田朝日（山田裕貴）だった。朝日は「キミこそが“賢い人”なんだから…」と刀矢をなだめながら、もっと頭を使って義澤を追い詰めるよう促す。そんなとき、大木薙（森田想）から前野静（松本まりか）の入院先を聞いた刀矢は、静こそが義澤の弱点だと考え、深夜、長井弓（久保田紗友）とともに病院に潜入。静を誘拐しようとするが、そのとき病室に現れたのは…！？

副担任・頼田朝日（山田裕貴）に促されるまま、担任教師・義澤経男（田中圭）の死体を山に埋めた藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）は、それぞれ罪悪感に苛まれていた。だが、目障りな義澤が消えて舞い上がる朝日は、クラス運営に悩んだ義澤が自ら失踪したよう周囲に思いこませた上、代わりに3年D組の担任に就任。ついには義澤の恋人・前野静（松本まりか）の病室にも出没する。朝日は、静をこん睡状態に追い込んだ過去を思い出しながら、彼女のベッドにあやしく近づいて…。

伊吹命（秋谷郁甫）の儀式によって奇跡が起きたのか…落雷とともに死んだはずの担任・義澤経男（田中圭）が土中から這い上がってきた--。義澤の脳裏には、3年D組の生徒・藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）らに対する怒りの感情だけがよみがえったらしく…復讐の炎を目に宿す不気味な姿は、命の知っている“義経先生”とはまったく違う“何か”に変わっていた。同じころ、刀矢は、自首を決意した弓を消そうと、深夜の学校に呼び出し、弓の首にロープをかけた瞬間！！目の前に死んだはずの義澤が…！？闇の義経による、恐怖の復讐劇が幕を開ける…。

藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）の4人は、よみがえった義澤経男（田中圭）に真夜中の校舎で追いかけられたことを、頼田朝日（山田裕貴）に報告。自分が“消した”はずの義澤が復活したとはにわかには信じられなかったものの、教室の天井から血がポトポトとしたたり落ちるのを目にした朝日は、義澤が潜んでいることを直感。“包丁を持った怪しい男が学園に侵入している”という架空の話をでっちあげ、機動隊に校内を緊急捜索させるよう仕向ける。朝日は「生徒たちのためにも、危険人物を見つけたら迷わず発砲して殺してください！」と、義澤を射殺するよう懸命に機動隊に訴える。ところが、校内のあらゆる場所を捜索しても、彼らは義澤を見つけることはできなかった--。

すべての記憶を取り戻した義澤経男（田中圭）と藤原刀矢（高橋文哉）、長井弓（久保田紗友）、大木薙（森田想）、剣力（高橋侃）らがいる教室に、車いすに乗せた前野静（松本まりか）を連れて現れた、頼田朝日（山田裕貴）--。朝日は、自分に逆らえばすぐにでも彼女の人工呼吸器を外すと義澤をけん制し、今から“授業”を行うと宣言。高校時代、担任教師だった静をなぜ階段から突き落としたのか、得意げに語りはじめる。義澤は怒りに震えるものの、静を人質に取られ、身動きが取れずにいた…。やがて朝日は義澤を刺すよう、刀矢にナイフを渡す。「お前が刺さなきゃ、静を殺す」と脅され、追い詰められた刀矢は、やむなくナイフを握りしめて--！？