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２０９５年３月２５日。司波深雪は１５歳の誕生日に、兄の達也と横浜へショッピングに向かう。デート気分を満喫する深雪は、達也からのサプライズなどもあり上機嫌。 そんな中、二人の実家である十師族・四葉家から連絡が入り、達也は呼び出されてしまう。一人達也の帰りを待つ深雪。だがその時、火災警報が鳴り響く。魔法による犯罪の気配を察知した深雪は単身、火災の中心へと向かっていく。

第一高校に入学した光井ほのかと北山雫。入試の時から深雪に憧れていたほのかは、図らずも深雪と友人になり大喜び。しかし、同じく優秀な魔法師として注目していた達也が、なぜか劣等生扱いの二科生になっていたと知り、「一科生と二科生の違いって何なんだろう」と疑問を抱く。 そんな中、一科生と二科生の揉め事にほのかたちも巻き込まれてしまう。ほのかは禁止されてると知りつつも、魔法で騒ぎを鎮めようとするが……。

第一高校は新入部員勧誘週間の真っ最中。成績優秀なほのかと雫は各部から狙われ、揉みくちゃに。そこに現れた赤毛の美少女・エイミィが二人を救出。三人は友達になる。 そんなある日の下校時、ほのかたちは風紀委員となった達也が何者かに襲われるところを目撃。事件と達也に興味津々なエイミィは、自ら犯人捜索に乗り出す。ほのかと雫も巻き込まれ、なぜか少女探偵団が結成されてしまう。

達也は剣道部の壬生たちの言動から、自分を襲った者の正体を反魔法国際政治団体・ブランシュと突き止める。一科生と二科生の分断を図ろうとするブランシュの行動に憤る深雪。 一方、ほのかたち少女探偵団は犯人を剣道部の主将・司甲と特定し、尾行を開始するが、気づかれて謎のバイク集団に襲われてしまう。魔法で対抗する三人だったが、魔法を無効化するキャスト・ジャミングを使われて大ピンチに。

有志同盟との討論会の最中、ブランシュの戦闘部隊が第一高校に侵入。ほのかと雫も襲われそうになるが、魔法で応戦。深雪たちの活躍もあり、大事には至らなかったが、ほのかたちはブランシュのやり方に憤りを隠せない。 深雪と達也はブランシュを完全に叩き潰すべく、エリカたちと共に敵のアジトへ乗り込む。魔法師を化け物と呼び、その存在を認めないブランシュの戦闘員たちに対し、深雪の恐るべき魔法が放たれる。

全国魔法科高校親善魔法競技大会、通称「九校戦」。今年は一高の３連覇がかかっているため、真由美たち最強世代は気合いが入っている。一方、第三高校は一年生の一色愛梨・十七夜栞・四十九院沓子らを筆頭に、打倒一高に燃えていた。 かくして九校戦が開幕。一高は順調にポイントを挙げていくが、バトル・ボードの競技中に優勝候補の摩利が事故に巻き込まれて負傷。総合優勝を狙う真由美は、摩利が出場する予定だったミラージ・バットの代役に、深雪を指名する。

九校戦は新人戦が始まる。雫はスピード・シューティングで栞と対戦。栞はスパコン並みの演算能力を駆使した魔法「アリスマティック・チェイン」を使用。落ちぶれた家を捨てて愛梨と共に歩む決意をした栞の執念が、雫を追い詰めていく。 客席で見守るほのかたちも気が気でない様子。だが深雪は一人、余裕の笑み。「雫の担当技術者を誰だと思っているの？」。その言葉通り、技術者の達也には秘策があった。

新人戦二日目。愛梨はエクレール（稲妻）の呼び名の通り、超高速の移動魔法を駆使してクラウド・ボールを制覇。復活した栞もアイス・ピラーズ・ブレイクで敵を圧倒。三高と一高の差が徐々に詰まっていく中、遂に深雪のピラーズ・ブレイク初戦が始まる。その圧倒的な魔法力に観客もライバル校も慄然。更に同じ競技に出場するエイミィまで圧倒されてしまう。そんなエイミィの次の対戦相手は、栞だった。

エイミィvs栞の試合開始。エイミィは一高の上位独占を目指し、予選と同じ戦法で栞の氷柱を倒していく。 だが栞も対策済みだった。次第に追い詰められていくエイミィ。 一方、ほのかは沓子とのバトル・ボード決勝戦。ほのかは得意の光魔法と、光のエレメンツとしての眼を使い、沓子の仕掛けた古式魔法のトラップを次々とクリアしていく。引き離される沓子。だが、彼女にはまだ奥の手があった。

深雪と雫の対戦の時が迫る。優れた魔法師としての深雪との対戦を願っていた雫は、本気で彼女に勝つために達也と共に策を練り、試合に臨む。そんな雫の覚悟を知った深雪も、全力で彼女に挑む決意をする。 超満員の観客が見守る中、アイス・ピラーズ・ブレイク決勝が始まる。雫は得意の振動魔法で攻めるが、深雪には届かない。誰もが諦めかけたその時、雫は遂に秘策を投入。その技に深雪は驚愕する。

負傷した森崎たちに代わり、達也・レオ・幹比古がモノリス・コード新人戦に出場することになった。深雪は、妨害工作が達也たちにも及ぶのではと危惧。 すると、ほのかたち一年女子は新人戦でお世話になった達也のためにと一致団結。モノリス・コードのステージのチェックや会場の監視などをし、達也たちを守ろうとする。 深雪たちの行動もあって何事も無く試合が進むが、ステージの異常にいち早く気づく者がいた。

ミラージ・バット本戦当日。深雪は一高の総合優勝に向けて気を引き締める。一方、愛梨は師族間の権力争いに辟易しつつも、水尾とのワン・ツーフィニッシュを誓う。 そんな中、試合中に一高の小早川がまたしても事故に遭遇。達也がＣＡＤへの細工を看破し、深雪には影響はなかったが、一高の選手は深雪だけになってしまう。負けられない試合、負けたくない試合に深雪は、達也にある魔法の使用を申し出る。

ミラージ・バット本戦決勝。全選手が飛行魔法を使う中、一日の長のある深雪がポイントを挙げていく。他の選手たちは慣れない飛行魔法で次々と離脱していくが、愛梨だけは諦めない。急ごしらえの飛行魔法に、得意の跳躍魔法と高速移動、持てる力の全てを駆使して深雪に戦いを挑む。その勇敢な姿に深雪は驚くが、同時に「負けられない」との思いを強くする。深雪vs愛梨、全力同士の激突。果たして勝者は――!?