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堀切ちよみはSTルイス学園高校に通う高校3年生。幼馴染みで同級生の南くんを想い続けている。南くんは卒業後、アメリカに旅立つ予定。ちよみは南くんの18歳の誕生日に告白することを決意するが...。

身長15cmになった翌朝、南くんのベッドで目覚めたちよみは家に帰ろうとしない。南くんが学校に行っている間、南くんの母親が開けっぱなしにした窓を自分の力で閉められず、寒さをこらえて南くんの帰りを待っていた。

身長15cmになってしまったちよみは、ひそかに想い続けている南くんの部屋に居候することになった。一緒にいられる時間が長くなって喜ぶちよみ。しかし、同級生の野村リサコがしきりに南くんを誘惑する。

南くんに嫌われていると思い込み、行くあてもなく歩いていたちよみは、女子大生の東山真理絵と出会い、彼女のアパートで暮らすことに。シカゴ大に留学予定の真理絵は、ちよみにもシカゴ行きを勧める。

ちよみは迎えにきた南くんのポケットに入り、南くんの家に戻る。ところが、同級生のリサコや竹原、ちよみの父・信太郎が南くんの家にやってきて...。

リサコに呼び出され、南くんは出かけてしまう。ちよみはこのままでは南くんを取られてしまう、元の姿に戻りたいという思いが強まっていく。一方、南くんは帰り道に会った竹原に、「ちよみが好きだ」と告白する。

ちよみを捜していた竹原が交通事故に遭う。竹原をはねたトラック運転手・佐久間は、実はちよみをはねた犯人だった。竹原を見舞った帰り道、南くんはちよみが卒業式に着られるような小さい制服を作ると告白する。

リサコの挑発に耐えかねたちよみは、小さな姿のままリサコの前に現れてしまう。このことを話されたら、もう南くんとは暮らせないとちよみは落ち込む。一方、竹原はちよみを隠しているのではと南くんを問い詰める。

家出したリサコから、ちよみに電話が入り、リサコは自殺しないと約束する。電話のやり取りを聞き、ちよみの姿を見た南くんの父はショックを受ける。一方、ちよみと南くんは2日後の卒業式に頭を悩ませていた。

大騒ぎになった卒業式を抜け出し、ちよみと南くんは2人だけの卒業旅行へ。行き先は長崎。宿泊先は、ちよみが修学旅行の時「いつか泊まってみたいな」と口にしたハウステンボス内のすてきなホテルだった。