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Season1から1年――。完全記憶能力を持つ准教授・高槻彰良（伊野尾慧）、人の嘘が分かる大学生・深町尚哉（神宮寺勇太）のもとに、寺内一（小池徹平）がやって来る。バス転落事故で生き残った「奥多摩の奇跡の少女」に母が騙されていないか調べてほしいというのだ。一の言動に違和感を抱きつつも、生方瑠衣子（岡田結実）とともに調査を始めた高槻たち。事故現場に向かうと、目撃者の鎌田亮平（長谷川純）に出会い――。

「奥多摩の奇跡の少女」と呼ばれる刈谷愛菜（粟野咲莉）と愛菜の母・真紀子（矢田亜希子）のもとを訪れ、母・清花（高橋ひとみ）と過ごした少年時代を思い返す高槻。彼の脳裏には、一の言動も引っ掛かっていて――。そんな中、愛菜の様子で気になることがあった高槻は、尚哉たちとともに再び刈谷家にやって来る。高槻の推察が始まると、真紀子の声がゆがみ――。そして、一の真の目的が明らかに――。

「民俗学Ⅱ」を受講している学生・葉山（萩原利久）が高槻の研究室にやって来る。高槻が講義で扱っていた「百物語」を実際にやってみたいというのだ。尚哉、瑠衣子とともに、会場の廃屋に向かう高槻。すると、そこに遅れてやって来たのは、寺内一だった。不穏な空気の中、「百物語」が開催されるが――。一方、一の言動が気になっていた佐々倉健司（吉沢悠）は、今までに起きた数々の失踪事件を調べ始める。

「百物語」に参加していた栗本小春（田辺桃子）が、まるで“神隠し”にあったかのように失踪したと連絡を受ける高槻。真剣に取り合わない警察に代わって失踪の謎を解いてほしいと、高槻の研究室にやって来る小春の夫・幹夫（菅原健）。高槻は尚哉、瑠衣子とともに調査するものの手掛かりはつかめず。そんな中、高槻の父の秘書・黒木（夙川アトム）からの伝言により、数十年ぶりに高槻家に顔を出すことになった高槻だったが――。

尚哉の弱みに付け込み、尚哉を追い込んだ一の狙いを知るべく、高槻は一のもとに向かう。 一にうまくかわされてしまったものの、今回の小春の失踪も含めた“神隠し”事件には、一が絡んでいるかもしれないと推察する高槻。 そんな中、過去に尚哉と同じ怪異を体験して人の嘘が分かる千葉県警の遠山宏孝（今井朋彦）が、新たな行方不明者が出たと、高槻の研究室にやって来る。

佐々倉が独自に調査して作った地図により、失踪の原因の手掛かりを見つけた高槻。 高槻は、尚哉、瑠衣子とともに、再び小春の母・杉原聡子（宮地雅子）と父・邦明（朝倉伸二）のもとへ向かう。 一方、４歳の女の子・長谷部千里（永尾柚乃）の行方不明事件の目撃者として捜査協力をしていた一。 そこに偶然やって来た遠山は、一の証言が所々ゆがんで聞こえてきて――。

“神隠し”の謎が少しずつ明らかになってきた高槻たち。 瑠衣子の調査によって一の過去を調べた佐々倉は、一が少年時代に仲が良かったある人物にたどり着く。 それらの情報から手掛かりをつかんだ高槻は、足早に一のもとに向かうものの、すでに一の姿はなかった。 そんな中、千里を誘拐したのではないかと警察に疑われる千里の父・長谷部康介（武田航平）と麗子（佐藤めぐみ）は、ある秘密を隠していて――。

己の過去と向き合うため、少年時代の高槻が禁忌を犯した場所である大沼池近くの旅館までやって来た高槻たち。 翌日、大沼池に向かった高槻。 “神隠し”の謎、そして高槻と一の知られざる過去が明らかに――。 最大の怪異事件、Season２、ついに完結。