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ＪＪは≪Ｄアーマー≫を攻撃し、エターナルコアを奪ってカイザーの基地に戻る。 そしてハンギョルと共にカイザーを殺し、カイザーネットワークを乗っ取る。 すると程なく機械恐竜帝国がカイザーの基地を襲撃。グリマーはエターナルコアをすべて渡して忠誠を示すようＪＪに命じる。 未来の目で、グリマーが来ていることを察知するレシアス。 ≪Ｄアーマー≫の子供たちを守るようガーディアンズに命じるが、ビクターは反発心をあらわにする。

≪Ｄアーマー≫へ侵入しようとするグリマーの前にレシアスが立ちはだかり、半年間だけ≪Ｄアーマー≫とリンカーたちに手出ししないと約束するなら、エターナルコアを渡すという条件を出し、グリマーを帰らせる。意識不明だったジンは手術直前で目を覚まし、ハンギョルがカイザーの仲間となったことを聞きショックを受ける。

目覚めたジンはリハビリ担当の教官も驚くほどの速さで回復する。≪Ｄアーマー≫を去るリンカー達がいる中、チョルとスヒョンの共同司令官体制で運営することとなった。アップグレードしたサイボーグティーレックスの強さを試すべく、戦闘を仕掛けるＪＪ。出動したジン、セナ、アインは、ハンギョルを相手に戸惑いながらも戦う。

勝手に退学させようとするアギョンに対し、ヨンフは≪Dアーマー≫に残ると言って母親に逆らう。アギョンはヨンフから翼竜を取り上げてしまうが、ヨンフは代わりにプテラノドンで訓練を始める。ハンギョルは同じ第一世代のリンカーだったジェフンをカイザーの翼竜パイロットとしてJJに紹介し、共同司令官となったチョルとスヒョンは、それぞれAリンカー、Sリンカーの担当となる。

ビクターは、詳しい説明もなくただイシスを通じて命じるだけのレシアスに次第に不満を募らせていく。そこへ再びカイザーのロボット軍団が出現。レシアスはスヒョンに、Sリンカーを出動させないよう要請する。Aリンカー単独で戦うが、ユーリはそこで死んだと思っていた双子の片割れ、アルチョムを見つける。

ユーリの双子の弟アルチョムがカイザー軍にいることが明らかになり、ユーリだけでなく、≪Dアーマー≫のリンカーや教官たちも驚きを隠せない。戦闘でユーリと対峙したアルチョムが動揺したことから、JJは人間の弱点である感情を排除するためにサイボーグパイロットを作ることを命じる。

最大級の規模の戦闘を仕掛けてきたJJ率いるカイザー軍。自由に飛び回って敵を倒していくアインにセナは気が気でないが、それでも勇猛に敵を倒していく。ジンはサイボーグパイロットの攻撃に苦戦するが、変則的に動いて敵の読みを欺き、見事勝利する。

エリザベスを失った悲しみをアインが吐き出せずにいることを不憫に思うセナ。レシアスを慕うアインに、セナはレシアスにあまり近づくなと忠告する。アルチョムを攻撃したジンに対して憤るユーリ。ジンはなんとかユーリと和解をしようと誕生日会を開催することに。

前回の戦闘を受け、レシアスはタウセティ族との戦争に備えるようガーディアンズに命じる。 アインは瞑想により過去の記憶を取り戻すが、母親ではない女性が「私がママよ」とアインに語りかける記憶だった。不思議に思ったアインだったが、偶然テオとジュヒの話を聞き、自分の両親とは血がつながっていないことを知る。

≪Ｄアーマー≫の管制室では初めて見るタウシティ族に驚きを隠せない。セナやジンは、体が小さくスピードのあるタウシティ族との戦いに苦戦を強いられる。だがアインだけはうまく攻撃することができ、ヨンフやジュヒの応援に回る。 初めて出撃したドハンはなぜか大活躍。リンカーたちのみならず副官たちも首をかしげる。

ＪＪは、海の中にあるエターナルコアの回収に乗り出す。 ＪＪが水中戦に備えていることを知ったスヒョンは、さっそくＳリンカーの水中訓練を始める。アインやセナはすぐにコツをつかんだが、ジンはなかなかうまく動けない。そんなある時ＪＪ軍が東の海に出現したため、訓練も装備も不完全ではあるがＳリンカーは海に出撃する。

水中訓練が始まるが、ドハン以外のＡリンカーたちはなかなか思うようにできずにいた。ドハンの活躍を見たチョルはエターナルコアの効果だと確信する。 ヨンフの弟ヨンジンが≪Ｄアーマー≫に入学してくるが、ヨンジンは訓練でも武道でもセナに負けたことに腹を立て、セナの出生の秘密を知ってるかのようなことをセナ本人にほのめかす。

相変わらず訓練でセナの邪魔ばかりするヨンジン。そしてセナの遺伝子の話を皆の前でしたため、セナは激怒する。 ドハンは動機や息苦しさに頻繁に悩まされていた。チョルに相談するが、チョルは精神的な問題だと答える。ドハンの活躍を疑問に思ったスヒョンは、記録を見てドハンの体にチョルが何を行ったのかを知り、驚愕する。

チョルはエターナルコアを回収するため、ユーラシア支部と合同でカイザーの基地を攻めることに。ガンウンは指揮官となりアルチョムとジェフンを救出しに、そしてＪＪを捕まえにカイザーの基地へ向かう。そしてガンウンはＪＪを見つけ対峙する。

自分の体の中にエターナルコアがあることを知ったジンは、絶望して森の中をさまよう。レシアスに、エターナルコアをうまく使えば宇宙を救うことができると諭されるジン。 ≪Ｄアーマー≫のベースキャンプ付近にプラウトゥスが現れたため、ＳリンカーＡリンカー全員で出動する。

カニージャはＳリンカーを招集し、レシアスが危険に晒されるかもしれないことを伝える。それを聞いたジンらは、レシアスを救うために出動させてほしいとガンウンに頼み込む。それは初めて自分たちの意思で決めた戦いだった。そんな中、東の森でガーディアンズと宇宙勢力が対峙しているとの情報が入る。