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空き家に暮らすアンドロイドのコバルト、クロム、ケイ、ネオン。四人は巨額の借金を返済するためエンターテインメントタワー『バベル』で賞金を得ようとしていた。そんな中、父を亡くした少年・エソラとの出会いによって、四人の特別なプログラムが作動し始める。

人間とアンドロイドを巻き込んだ溶鉱炉事件を目撃し、警察から取り調べを受けるコバルトたち。オーナー登録名が文字化けしていることを不審に思い、特殊捜査専用アンドロイド・ボーラは四人の身辺調査を開始する。時を同じくして、四人は一人のダンサーと出会う。

新たなオーナー・エソラを得た『KNoCC』は再びバベルに挑もうとするが、有名クライマー『STAND-ALONE』のメンバー・カイトはアンドロイドへの嫌悪感をあらわにする。なんとか『KNoCC』の力になりたいと願うエソラのもとに謎の男が現れる。

なかなか3rdステージをクリアできない『KNoCC』。ステージ参加費とパーツ修理費がかさみ、ついに預金残高が底をついてしまう。そこへ遊園地のアルバイト募集が舞い込み、ケイはすべての子どもたちを楽しませると意気込む。

いつの間にか『KNoCC』の暮らすシェアハウスに出入りするようになっていた地域猫・ノラ。一見自由気ままに過ごしているノラだったが、ノラはクロムのそばにいることが多いとエソラは指摘する。本当にノラが自分のそばにいる時間が多いのか、クロムは検証に乗り出す。

溶鉱炉事件以降、ロボット排斥派の勢いは増し、街には『ロボットを叩き壊せ』といった心無い落書きも増えていた。落書きを消すバイトにいそしむ『KNoCC』だったが、ネオンはとある美大生に感化され、自ら筆を執り絵を描き始める。

バベルのステージを勝ち進む『KNoCC』だったが、トップクライマーとの対抗バトルとなる5thステージを前に、ロボット排斥派とのトラブルに巻き込まれてしまう。なんとか逃げ込んだ先は『STAND-ALONE』が経営するバー『AIR』だった。

ロボット容認派と排斥派の対立は激化し、排斥派によるロボットへの暴行が多発。事態はついにワールドガバメントが声明を発表するまでに発展した。5thステージを翌日に控える『KNoCC』だったが、溶鉱炉事件の真相を突き止めるべく事件現場へと向かう。

溶鉱炉事件の現場を調査中、『KNoCC』は警官に取り囲まれてしまう。胸部に銃撃を受けたコバルトは、ストレージデバイスにダメージを負い、記憶を失う危機に瀕する。一方『バベル』では、『KNoCC』不在のまま5thステージが始まろうとしていた。

自らの危険も顧みず、コバルトの記憶データ修復を試みるクロムたちだったが、オーバーヒートにより断念してしまう。ノーベルはコバルトの記憶データを再現するべく、クロム、ケイ、ネオン、そしてボーラの記憶をつなぎ合わせる。

再現された記憶データにより、自らの出自を知った『KNoCC』。記憶の修復が不完全なコバルトは、芝浦白秋博士の企てに衝撃を受け、エソラに対しても強い拒絶反応を示してしまう。混乱の中、ボーラは溶鉱炉事件の真相にたどり着こうとしていた。

『KNoCC』と『STAND-ALONE』による5thステージ再戦は、史上初の人間とアンドロイドによる戦いとして大きな注目を集める。エソラと『KNoCC』は、すべてのアンドロイドのため、負けられない戦いに向けて動き出した。