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研究医の恋人を殺され、容疑者として指名手配された天才外科医･藤木圭介 (成田凌)。事件の真相を追うため逃亡し、海洋観測船に潜伏するが、そこで出会った新米観測士･沢井美香子 (森七菜) が不慮の事故で、利き腕に大怪我を負ってしまう! 死んだ恋人の兄･八神拓郎 (松岡昌宏) が迫って来る中、逃げるのか…助けるのか!? 手術道具の少ない過酷な船の上で、藤木は自分にしか助けられない命を前に、医師としての決断を迫られる!

雪山で倒れた藤木 (成田凌) は、地元の少年･健太 (白髭善) と喫茶店店主･香川 (升毅) に助けられる。そんな藤木の前に突然美香子 (森七菜) が現れ協力を申し出る! 香川の店に居候することになった藤木と美香子だが、取材依頼に訪れた地元テレビ局のアナウンサー･島崎 (馬場ふみか) と、健太の父･松田 (林泰文) に正体を気づかれてしまう……。逃亡を決意した藤木、しかし自分を救ってくれた少年･健太に命の危機が迫っていた!

逃亡する藤木 (成田凌) に頼まれ、美香子 (森七菜) はスマホを調達する。藤木は、香川 (升毅) の喫茶店に都波教授 (酒向芳) が現れたら連絡するよう頼むと再び姿を消す。しかし、美香子が持参した香川のハンバーグ弁当を食べた藤木は、料理の味に異変を感じ店に戻る。藤木の予想通り、脳腫瘍を患っていた香川は、絶縁状態の娘 (夏子) の結婚式で料理を振る舞えたら手術を受けると約束するが、結婚式当日、香川の病状が急変する!!

奇策を用い、何とか拓郎(松岡昌宏)から逃れる藤木(成田凌)。しかし藤木のスマホを入手した拓郎が、美香子(森七菜)に急接近!東京を目指す藤木は、業務用トラックの荷台に忍び込むが、そこには母犬と6匹の可愛い仔犬が!車を運転する間宮(渡辺いっけい)と昌明(森永悠希)に隠れていたことがバレた上に、警察の検問に遭い絶体絶命の大ピンチ!更に、母犬の容体に異変が生じる…藤木は正体を隠しつつ犬の命を救えるのか!?

藤木 (成田凌) は都波教授 (酒向芳) と会うため、2日後に帝都医大で開かれるシンポジウムに行く決意をする。そんな中、廃墟となった団地で足にチアノーゼが出ている外国人女性･チュンヤン (森迫永依) と仲間達に出会う藤木。彼らは病院に行けない不法滞在者だった! リーダーのモー (中村蒼) は、困った時はお互い様だと言い、藤木をしばらく匿うことに。シンポジウム当日、帝都医大へ向かう藤木はチュンヤンが倒れたと知り…!?

美香子 (森七菜) の協力を得て、潜伏先の廃団地に都波 (酒向芳) と拓郎 (松岡昌宏) をおびき寄せ拘束した藤木 (成田凌) は、事件の真相を突き止めるため、拓郎に協力を求める。そんな中、モー (中村蒼) たち外国人労働者と、同じ廃団地に住む日本人ホームレスとの争いが激化。仲裁に入った藤木は、外国人労働者を守ろうとした拓郎が大ケガを隠していることを見抜く! 果たして藤木は、自らを執拗に追い詰めてきた拓郎を救うのか!?

外国人労働者と日本人ホームレスが激突し、藤木 (成田凌) が潜む団地にパトカーが到着! 事態は、立てこもり事件に発展し、なんと美香子 (森七菜) が犯人に!? そんな中、逃げ出そうとしたホームレス (六平直政) に突き飛ばされた藤木の腹部に鉄骨が突き刺さり、藤木は自分で自分のオペに挑む…! 藤木達は、全員での脱出を試みるが、涙の別れが…。一方、研究データを狙う長谷川 (桐山照史) が都波教授 (酒向芳) に襲いかかる…!!

反撃編スタート! 都波 (酒向芳) を殺したことで佐々木 (安田顕) に手を引きたいと願い出る長谷川 (桐山照史) だが、難病を抱える妊娠中の妻･浩子 (大後寿々花) を盾に迫る佐々木に逆らえない。一方都波の最期の言葉を頼りに研究データを手に入れた藤木 (成田凌) 達は、佐々木の尻尾を掴むため長谷川の家を訪ねる。データを狙う長谷川は藤木と揉み合いになるが、その最中浩子が倒れた! 藤木は裏切り者の妻とお腹の子を救うのか!?

妙子 (桜庭ななみ) が生きていると烏丸 (前田敦子) から知らされた藤木 (成田凌) 達。昏睡状態の妙子を救うためには、佐々木 (安田顕) が開発した「ガイスト」という脳の新薬と妙子が開発した「DDSη」に賭けるしかない。一方、佐々木の命令で妙子の偽の死亡診断書を書いた長谷川 (桐山照史) は、都波教授殺害の件で警察に自首するが…。烏丸の協力の元、藤木･拓郎 (松岡昌宏) ･美香子 (森七菜) の妙子救出作戦が始まる!!

藤木 (成田凌) 達は、恋人･妙子 (桜庭ななみ) の奪還に成功。佐々木フェロー (安田顕) は、留置所内の長谷川 (桐山照史) を殺したことで警察幹部や政府高官から見放され逃亡する…。そんな中、ついに妙子が目を覚まし、事件の意外な真相を語り始める! 藤木が警察に出頭し真実を話す決意をしたその時、佐々木から連絡が! 藤木&拓郎 (松岡昌宏) vs佐々木…最終対決の行方は!? すべての謎が明らかになる、衝撃と感動の最終話!!