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高校入学式当日。受験した学校に全て落ち、２次募集でなんとか合格した私立美南学園に向かう、ごく平凡な高校生・池田龍馬（細田佳央太）のかたわらで、その通学路では女子高生をはじめ、会社員らしき女性やおばあさんまで、多くの女性たちが何やら色めき立っていた。その視線の先には、爽やかイケメン・一ノ瀬塁（内藤秀一郎）や和製イケメン・神宮源二郎（水沢林太郎）、はつらつイケメン・宇治原修（藤枝喜輝）、可愛い系イケメン・若林拓実（藤原大祐）など、眩しいほどのイケメンたちの姿が！　そんな異様な光景にも気づくことなく学校に向かう龍馬だったが、入学式で初めて衝撃の事実を知る…そう、美南学園はイケメンだらけの名門校だったのだ！

選抜イケメン大会に向けて選抜メンバー候補20名が発表され、柳一星(宮世琉弥)をはじめ、若林拓実（藤原大祐）、神宮源二郎（水沢林太郎）、一ノ瀬塁（内藤秀一郎）、宇治原修（藤枝喜輝）などイケメンたちが続々と名前を呼ばれる中、まさかの平凡高校生・池田龍馬（細田佳央太）も選ばれ…！　状況が理解できないまま選抜候補者の証であるバッジを受け取る龍馬を、選抜候補から漏れたイケメンたちが睨む中、ひと際悔しがる野上（田中偉登）の姿があった。辞退してバッジをよこせと龍馬に詰め寄る野上に、自分自身も選ばれたことに疑問を抱いていた龍馬は素直にバッジを渡そうとするが、止めに入った若林から、もし選抜候補を辞退すると退学しなければならないことを知らされる。

池田龍馬（細田佳央太）たち選抜メンバー候補は、朝練が始まるなど選抜イケメン大会に向けて本格的に動き出す。学園内では誰が選抜入りするか話題になる中、情報通の若林拓実（藤原大祐）は、最近動画配信で人気を集めてファンサイトまでできたという宇治原修（藤枝喜輝）が選抜入り確実なのではと予想する。 一方、周りのイケメンたちとは違う龍馬に興味を抱く桜井カンナ（遠藤さくら）から、「池田くんがイケセン選ばれたらいいのに」と言われた龍馬は、自分も頑張ってみようと思い始める。帰宅後、美顔ローラーでコロコロさせていると、そこへ妹の茜（長谷川百々花）が宇治原を担いで帰宅してくる。

美南学園に転校生として藤堂凛音（木村慧人）がやってくる。凛音は韓国育ちの日本人高校生で、メイクを施したその顔はまるで韓流イケメン！　強敵の出現に、若林拓実（藤原大祐）や一ノ瀬塁（内藤秀一郎）、宇治原修（藤枝喜輝）ら選抜イケメン候補は戦々恐々！　そこで、人のいい池田龍馬（細田佳央太）を言いくるめて凛音に近づかせて弱点を探ることにする。が、知れば知るほど凛音はただ美しいだけではなく、イケメンという武器を最大限に使って自分の魅せ方を知る上に、さらに周囲を楽しませる最強のイケメンだということがわかる。 一方、剣道の良さを広めることに真面目に取り組む神宮源二郎（水沢林太郎）は、剣道披露会を計画していた。が、そのチラシも辛気臭ければ、練習する姿も地味で、最初こそ神宮の写真を撮りに来ていた女生徒たちも去ってしまう始末。それでも一人黙々と練習する神宮のもとへ凛音がやってくる。

一ノ瀬塁（内藤秀一郎）がモデルの仕事でグラビア撮影しているところへ、同級生の新島梓紗（小西桜子）から「妊娠したみたい」というメッセージが届く。同じ頃、裏掲示板サイトに選抜イケセン候補の誰かが同級生を妊娠させたと書き込みがあり、美南学園では大騒ぎになっていた！　後日、学校で梓紗に呼び出された一ノ瀬は梓紗から付き合ってと詰め寄られるが、「みんなの一ノ瀬」でいたいから誰か一人と付き合うことはできないと断り、梓紗を怒らせてしまう。

選抜イケメン大会に向けて美南学園にテレビの取材が入り、優勝候補として紹介される。世間の注目が高まったことでイケセン候補者たちは調子に乗るが、エースイケメン・柳一星（宮世琉弥）はそんな浮かれるイケセン候補者たちに「自分は何としてでも全国にいくんだ」と喝を入れて、スパルタ特訓を強いる。柳の特訓はどんどんハードになっていき、ついていけないイケセン候補者たちは我慢の限界！　やがて柳は孤立していくことに。ひとり躍起になっていた柳だったが、そんな中、暴力事件に巻き込まれてしまい、美南学園はイケセン出場停止の大ピンチに!?実はその背景には桜井カンナ（遠藤さくら）が関係していた!? 龍馬（細田佳央太）も知らなかったカンナと柳の秘密が明かされる！！

SNSで暴力事件が拡散されてしまい、柳一星（宮世琉弥）は言い訳もせず退学届けを出して美南学園を去ってしまう。風間勇気コーチ（速水もこみち）から柳を連れ戻すミッションを課せられた池田龍馬（細田佳央太）は、桜井カンナ（遠藤さくら）を頼ってなんとか柳に会うことができるも、「イケメンを放棄する」と告げられ、説得もできずに門前払いを食らってしまう。イケメンを放棄した柳は、以前とはまったく違う姿となり…。 一方、柳と仲間割れを起こしていたイケセン候補者たちは、柳がいなくとも全国に行ってみせると意気込むが、風間コーチから学園内に隠されているイケメンに必要な“イケメンの素”を見つけられなければ全国行きは無理だと告げられる。がむしゃらに探すイケセン候補者たちだったが、どこを探しても見つからず…。 風間の言う“イケメンの素”とは一体何なのか？　そして、柳はこのままイケメンを放棄して美南学園に戻らないのか!?

選抜イケメン大会に出場する代表メンバー５名が決まる期日が２週間後に迫り、イケセン候補者たちに一層気合いが入る中、学園内で若林拓実（藤原大祐）が階段から転げ落ちる事件が発生！　眼帯に車いすという痛々しい姿で現れた若林は、イケセン候補者たちの中の誰かから突き落とされたと訴える。海老名晴子校長（秋山菜津子）は面武両道の精神に反すると激怒し、犯人が見つからない限り大会への出場は取りやめると言い出す。イケセン候補者の中に人を傷つける人がいると思えない池田龍馬（細田佳央太）だったが、若林は自分が情報通でいろいろな人の秘密を知っていたために実は恨まれていたと涙ながらに告白する。やがて、イケセン候補者たちは互いを犯人だと疑い始め、罪をなすりつけ合い、大ゲンカに発展！ 一方、桜井カンナ（遠藤さくら）が他校の男子と会うと聞き、龍馬と柳一星（宮世琉弥）は動揺する。新たなライバルが出現し、三角関係に急展開か…!?

選抜イケメン大会最終選抜メンバー決定まであと５日に迫り、ラストスパートをかけるイケセン候補者たちはやる気に満ちていた。そんな中、柳一星（宮世琉弥）が桜井カンナ（遠藤さくら）に告白する場面を目撃してしまった池田龍馬（細田佳央太）は自分に勝ち目はないと落ち込む。ライバルと認め合っていた龍馬が何も行動を起こさないことに苛立つ柳は、龍馬に果たし状を突き付ける。そして２人は何故かボクシングのリングの上で対峙することになるのだった。柳は「負けた方がカンちゃんを諦める。いいな？」と龍馬をたきつけ、ゴングが鳴り試合開始。柳が本気で向かう一方、龍馬は柳の顔を殴ることに躊躇してしまい…。騒動を聞きつけたイケセン候補者たちが２人の勝負を見守る中、はたして勝負の行方は!?　 勝負の末、意を決した龍馬はある行動を起こすことに――！

ついに選抜イケメン大会最終選抜メンバー決定の日を迎える。池田龍馬（細田佳央太）は緊張しながら登校するが、若林拓実（藤原大祐）や神宮源二郎（水沢林太郎）、一ノ瀬塁（内藤秀一郎）、宇治原修（藤枝喜輝）らイケセン候補者たちに勇気づけられるうちに気持ちが吹っ切れ、いざ発表が行われる講堂へ向かう。ところが、発表の時間になっても柳一星（宮世琉弥）の姿が見えず…。柳を心配した龍馬やイケセン候補者たちは海老名晴子校長（秋山菜津子）の話を遮り、探しに行くことに。その頃、柳はある事件に遭遇していたのだ！ その後、イケセン候補者たちに海老名校長から５人の選抜メンバーが告げられた時、ある事態が巻き起こる！