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六葉町の片隅に双子の兄妹が営む小さな会社があった。宇宙人トラブル相談所、通称“ＵＴＳ”。『ネコさらい星人』を探していた王道遊飛(おうどうゆうひ)と王道遊歩(おうどうゆあむ)は、偶然迷い込んだ宇宙船で、一人の宇宙戦士＝ユウディアス・ベルギャーと出会う。

ＵＴＳを訪れた新たな依頼人。しかし、その依頼人の正体は“ＭＩＫ”こと迷惑異星人監視機構所属のエージェント、蒼月(そうげつ)マナブだった！不法滞在迷惑異星人として投降を求められたユウディアスは、自らの自由を懸けてマナブとデュエルをすることに!

六葉町で次々と巻き起こる襲撃事件。ある者はカードを眺めているときに、また、ある者はイラストを描き上げたときに、そして、ＵＴＳの八木(やぎ)さんまでもが犯人の毒牙にかかってしまう。一見、なんの関連も無さそうな被害者たちの、意外な共通点とは…。

チュパ太郎(たろう)にそそのかされ、集積所へと連れてこられたユウディアス。持ち前の身体能力でチュパ太郎が仕掛ける罠を次々と突破するユウディアスだったが、ついに捕らえられて絶体絶命のピンチに陥ってしまう。一方、慌てた様子の遊飛も集積所に現れ…。

クリーニングに出した服がびしょ濡れだったことに怒り、店長に詰め寄る遊飛。だが、その店長こそ遊飛のアースダマーを奪った宇宙人、合羽井(かわい)テルだった！合羽井にデュエルを挑む遊飛！しかし、濡れたデュエルディスクが壊れて動かなくなってしまい…。

ズウィージョウの行方を追う遊飛たちだったが、気付けば今月の収入はゼロ…。ＵＴＳの評判を上げようと、子どもたちが恐れる都市伝説の真相を突き止めることに。都市伝説の一つ“３メートルさん”を探すユウディアスは、廃工場の中で不思議な椅子を発見する。

自分の未熟さを感じたユウディアスは、ラッシュデュエルの特訓をして欲しいと遊飛に申し込む。特訓メカと特訓ＣＤを駆使してユウディアスを鍛える遊飛。次々と問題を解いていくユウディアス。一見、順調そうに見えた特訓だったが、特訓メカが暴走しはじめ…。

ムツバケーブルテレビ唯一の人気番組、『楽しく学べる・最強ゴーラッシュ！』に天才子役の安立(あたち)マニャがやってくる！マニャの幼なじみとしてデュエルの対戦役を頼まれた遊歩だったが、５年ぶりに再会したマニャの変わりように戸惑いを隠せずにいた。

安立マニャちゃんチームと御当地小学生チームのラッシュデュエル対決、第２戦の対戦相手としてマニャに指名されたのは、なんと、客席にいた蒼月マナブ！そして、そのマナブの対戦相手として現れたデュエリストは…、な、なんと！マニャの愛犬、ボチであった！

ムツバケーブルテレビのスタジオに乱入し、デュエルさせろと暴れるチュパ太郎。心配したユウディアスは対戦相手を買って出る。しかし、チュパ太郎が『魔法羊女(まほうようじょ)メェ～グちゃん』を召喚した瞬間、デュエルディスクから妖しい光が溢れ出し…。

ズウィージョウの居場所を知らないかとユウディアスに詰め寄るマナブ。どうやら先日起きたムツバケーブルテレビでの騒動にズウィージョウが関係しているらしい…。己の無力さを痛感し、自分を鍛え直したいというユウディアスに、マニャが提案する地獄の特訓とは!?

直感を信じてムツバタワーへと向かったユウディアスたちは、ついに、ズウィージョウと相対する。ラッシュデュエルとアースダマーを闘いの道具にしようとするズウィージョウ。道を外れた上官の企てを阻止するために、ユウディアスはラッシュデュエルで勝負を挑む！

ベルギャー星団の平和を求める、二人の宇宙戦士。争いを無くすために、ラッシュデュエルを学ぼうとする者。勝利するために、ラッシュデュエルを武力に変えようとする者。交錯する二つの正義。ユウディアス、ズウィージョウ、譲れない闘いに決着の時が訪れる！

ＵＴＳを訪れ、迷子になった女の子を探して欲しいと依頼する霧島(きりしま)ロンドン。その子がいなくなったのは地下にある『宇宙人居住区』だという…。遊飛たちを危険な場所に行かせたくない田崎(たざき)さんが、依頼人ロンドンとデュエルをすることに！

『ゴーハ・ユウナ』を見つけるために宇宙人居住区へとやって来た遊飛たち。捜索を始めるも『ジャージ・デビルズ』と名乗る三兄弟に行く手を阻まれてしまう。“デュエルパワー”という謎の力を懸け、ユウディアスと長男ジョウジ・ジャージのデュエルが始まる！

ジョウジから「ユウナの居場所は“情報屋”なら分かる」と聞いたものの、遊飛たちは情報屋を見つけることができず、ＵＴＳへと帰還することに。お風呂で一息ついていた遊飛だが、突然照明が消え暗闇に包まれてしまう。すると、不気味なコーラスが響き渡り…。

姿を現した情報屋フィッシャー・須海(すかい)。須海はズウィージョウとの一件以来、ユウディアスに興味を持っているらしい。ユウナの情報が欲しい遊歩は、ユウディアスの情報を取引材料として須海に勝負を挑む。二人の高度な情報戦デュエルが繰り広げられる！

“パーロン城”、そこにユウナがいるかもしれない…。しかし、パーロン城に入れるのはデュエルの最高ランク『マッチョ』のデュエリストだけ！遊飛たちはマッチョを目指してゴロツキが集まる闘技場“ゴロッセオ”を訪れる。遊飛の初戦の相手は謎の預言者ノムラトダマス！

ゴロッセオでデュエルをする遊飛たちは、マナブから宇宙人居住区には来るなと警告を受ける。そこに突然現れたＭＩＫ本部長の七星(ななほし)ランランは、乱れきった宇宙人居住区を即刻封鎖すると言い放つ！そんなランランに対し、マナブの取った行動とは…。

「アタクシのロヴィアン様に何か用ですの？」ゴロッセオで『ゴーハ・ユウナ』の手掛かりを探すユウディアスたちの前に現れた、マント姿の少女…。パーロン城の主、ロヴィアンについての情報を話してもらうため、ユウディアスがその少女にデュエルを申し込む！

地上に戻り、ゴーハ・ユウナについてイチから調べることにした遊飛たち。早速調査を開始しようとするも、ユウディアスの姿が見当たらない…。ゴーハ堂を調査していた遊飛たちは、情報屋須海の一部『へそ８１号(ごう)』からユウディアスの危機を知らされる。

パーロン城へと乗り込んだ遊飛たちは、囚われのユウディアスを助けるため、ロヴィアン盗賊団のリーダー、霧島(きりしま)ロヴィアンに二対一のデュエルを挑む！攻勢を強める遊飛と遊歩だったが、真価を発揮した“パーロン城の女王”が二人の前に立ちふさがる！

地下の地下につくられた街、『ちかちか街』。遊飛たちはこの街の路地裏で一軒のつけ麺屋に出会う。“一杯無料”の張り紙に誘われて店に入った一同は、大森麺ジャブ郎(おおもりめんじゃぶろう)の作る絶品つけ麺に舌鼓を打つ。しかし、麺ジャブ郎の正体は…。

なんとか救い出したものの、変わり果てた姿になってしまったユウディアス…。あの手この手を使ってユウディアスを元に戻そうとする遊飛たちだったが、しまいにはユウディアスを見失ってしまう。再びユウディアスを探す一同は、公園で一枚のカードを発見する。

「このＵＴＳを下さいな」突然ロヴィアンたちとＵＴＳに現れたユウナは遊飛たちに無茶な要求を突きつける！激怒する遊飛をよそに、ＵＴＳを賭けたデュエルをロヴィアンに挑むユウディアス。遊歩の後押しを受け、新たなベルギャードを目指すデュエルが始まる！

装備魔法を自由自在に操り、ユウディアスを追い詰めるロヴィアン。窮地に立たされながらも勝利への執念を燃やし、再びロヴィアンへと立ち向かうユウディアス。ユウディアスが心からデュエルを楽しんだ時、六葉町に奇跡が訪れる…。全力で闘え！ユウディアス！

チュパ太郎は、自分のせいで好感度が下がってしまった『魔法羊女メェ～グちゃん』のイメージを回復させるため、メェ～グちゃんのアニメを作ろうと決意する。ＵＴＳの全面協力でスタートしたアニメ制作だったが、現場は次第に困難を極める状況となっていき…。

六葉町を支配するムツバ重機の社長、六葉(むつば)アサカ。アサカに動力源としてこき使われているバリベルギャーを自由にしてやろうと、遊飛はアサカにデュエルを挑む。デュエルディスクが無い遊飛を盛り立てるために、頼もしい仲間たちが立ち上がる！

アサカの依頼で河原へ“クレーマー”探しに来た遊飛と遊歩。ところがクレーマーのグラット石田(いしだ)はユウディアスと石積みアートをしていた。アートを振動で壊され、アサカの元に怒鳴り込もうとする石田。ユウディアスがデュエルで止めようとするが…。

ＵＴＳの食卓に積み上げられたカレーパンの山…。キャンペーンキラー遊歩の次なるターゲットは、カレーパンに付くシールを集めてもらえるお皿らしい。応募シールを持ってパン屋を訪れたものの、肝心のお皿が在庫切れなことに怒り、店長に詰め寄る遊歩だったが…。

ロヴィアンの宇宙ポエムとシャポー星人カモスの予言が告げる、“恐怖の大王”の襲来…。ムツバ重機の会議室で恐怖の大王対策を考えていた一同の元に、突如、ＭＩＫのランランより連絡が入る。主導者の座をめぐって、アサカとランランのリモートデュエルが始まる！

小雪が舞う六葉町の空に現れた巨大な影……その正体は『恐怖の大王』の宇宙船だった！勇んで宇宙船に乗り込んだ遊飛たちに対し、意外にも“友好ラッシュデュエル大会”を提案する大王。第一戦は大王対ロヴィアン！はたして、『恐怖の大王』の実力はいかに…！

恐怖の大王率いるホッキョキュー星雲チームとの友好ラッシュデュエル第二戦。マニャに対するは宇宙恐竜ザ☆模型田(もけいだ)ムベンベ！模型への想いを早口でまくしたてるムベンベ。しかし、模型に全く興味のないマニャは、お掃除デッキでムベンベに対抗する！

ムツバ重機に発注していた対恐怖の大王用の新カードが届かない！ムツバ重機に向かったニャンデスターとも連絡が取れず困惑する一同。そうこうしているうちに次なる対戦の時が訪れる。六葉町チームのマナブに対し、大王チームの対戦者として現れたのはなんと!?

ロンドンを捕らえたが取り逃がしてしまう遊飛たち。机に残されたカセットテープ、そこにはロンドンの悲壮な覚悟が残されていた。「みんながこのテープを聞いている頃、キリシマちゃんはきっと、大王ちゃんとのラッシュデュエルに挑んでいるでショータイム！」

ロンドンたちが命を賭して暴いた大王の真実。それは、大王自身も気付いていない恐怖の力であった。大王の力を封じる作戦を胸に“友好ラッシュデュエル”へと臨む遊歩。しかし、対戦相手として現れた、ザ☆イエティ雪男(ゆきお)にも何やら思惑があるようで…。

大王の配下になりすまし、城内に侵入していたズウィージョウ。大王の力を狙うズウィージョウは、力を手に入れるためなら手段を選ばないと豪語する。ズウィージョウの横暴な振る舞いが許せない遊飛は、“友好ラッシュデュエル”を利用してデュエルを仕掛ける！

恐怖の大王、ザ☆ルーグから放たれるネガティブ的エネルギー。その強大な恐怖の力に、全宇宙が覆われようとしていた！恐怖をまき散らすザ☆ルーグを成敗するため、ユウナとユウディアスが立ち向かう。宇宙の平和を懸けたタッグラッシュデュエルが幕を開ける！

ザ☆ルーグとのデュエル中に変調をきたしたユウナはある人物に助けられる。その人物こそ、ユウディアスにデュエルディスクとカードを託したあの少年であった。劣勢を覆すべく、ユウナに代わりユウディアスとともにザ☆ルーグに挑むのは、未来からきたアイツ！

ニャンデスターの家族を助けるために遠回りしてニャカヨシ星へ向かうことを決めた六葉町の面々。遊飛は遠回りしている間にラッシュデュエルの修行がしたいと、急ごしらえの道場を作る。いつものメンバーが道場に集って始められた修行の内容は、まさかの召喚口上!?

氷漬けになっていたニャカヨシ星の人々を元に戻すことに成功し、歓喜する一同。しかし、喜びもつかの間、遊飛たちの前にズウィージョウの右腕を自称するディノワ・ベルギャーが現れる。ズウィージョウの居場所が知りたいみつ子は、ディノワにデュエルを挑む！

ベルギャー星団へと超超光速航行するために必要な鉱石『ゴラドニウム』を求めて鉱山惑星へ向かったユウディアスたち。そこで出会った少年、シューバッハもまたゴラドニウムを探していた。希少なゴラドニウムを懸けて、遊飛対シューバッハのデュエルが始まる！

ＭＩＫの業務に励むランランであったが“かわいいのド反対”的存在、アースダマーを苦手としていた。謎のささやきに導かれ苦手を克服しようとするランラン。しかし、謎のささやきの主はアースダマーを狙うズウィージョウの配下、ミューダ・ベルギャーだった！

バリバリベルギャーは誤ってベルギャー星団の辺境デュッディ・デュッカス星系にワープしてしまう。問答無用で六葉町に攻め込んでくるデュッディ艦隊の戦士たち！ユウディアスは司令官に直談判するため、六葉町の住人と力を合わせて包囲網を突破しようとするが…。

“ラッシュデュエルでベルギャー星団の闘いを終わらせる”。ユウディアスはその可能性を示そうと、デュッディ・デュッカス艦隊の司令官、デュッディ・ニーショウにデュエルを挑む！しかし、優柔不断なニーショウが悩み始めると、辺りに奇妙な空間が発生し…。

六葉町に落下してきた謎の物体…。その正体は地球から飛来してきたエネルギー体だった！マナブが言うには、落下地点に居た者にエネルギー体が取り憑いている可能性があるという。憑依された者を探すマナブは怪しい言動を取るロヴィアンにデュエルを仕掛ける！

王道兄妹がおかしい。「きゃはは～！」と、いつになく陽気な様子の遊歩。一方の遊飛は、無駄なＵＴＳビルを取り壊して高層マンションを建てようと言い出す始末…。社長交代の契約を懸けて、遊飛対遊歩のちょっと風変わりな兄妹デュエルが始まる！

ダマムーの力でベルギャー星にやって来た遊飛と遊歩。二人は興奮したダマムーに引っ張り回されて、ベルギャー兵のデュエル訓練場へと迷い込んでしまう。新兵と一緒に訓練を受けさせられる遊飛たち。ところが、目を離した隙にダマムーの様子がおかしくなり…。

ベルギャー最高議会を占拠し、ラッシュデュエルでの武力闘争を宣言したズウィージョウ！遊飛たちのピンチに駆けつけたユウディアスはそんなズウィージョウに異を唱える。正しきベルギャードを見つけ出すため、ユウディアスがズウィージョウにデュエルを挑む！

ベルギャー星団の未来を懸けたユウディアス対ズウィージョウの最終決戦！宇宙空間を舞台にした宿命の対決は、互いの戦艦を突き合わせて闘うスペースデュエルとなる。“アイツ”とダマムーも飛び入り参戦し、空前絶後の戦艦ラッシュデュエルが繰り広げられる！

己が正義を貫き、力の限りを尽くし闘うユウディアスとズウィージョウ。だが、激戦の最中にベルギャー人が背負う過酷な運命が明らかとなる。全てを受け止め、デュエルという戦場を駆け抜ける一人の宇宙戦士。ユウディアス・ベルギャーが銀河の未来を切り拓く！

ベルギャー星団での闘いを終えたユウディアスは、遊飛たちに報告するため、地球への帰還を決意する。「おかえりユウディアス」あの頃と変わらぬ様子で出迎えてくれたＵＴＳメンバーたち。再会を喜ぶユウディアスだったが、同時に僅かな違和感を感じていた…。

遊飛はやさぐれていた。ＵＴＳやラッシュデュエルから距離を置き、やさぐれ仲間とつるんで悪さを繰り返していた。そしてあの日、己の無力さに苛(さいな)まれ彷徨(さまよ)っていた遊飛は、ＭＩＫ総帥、竜宮(りゅうぐう)フェイザーと“アイツ”のデュエルを目撃することとなる。

『オペレーションＭＩＫ』迷惑異星人完全排除を目的としたこの計画は、宇宙人とその関係者を地下宇宙人居住区に追いやった。反旗を翻し、単身ゴーハ堂へと戻ってきたユウナは、社長室で待ち構えていたマナブにフェイザーの行方を聞き出そうとデュエルを挑む！

いつもの朝、ＵＴＳの仕事をこなし慌ただしく登校する遊歩。現在校内は生徒会長選挙の真っ只中。ひょんなことから遊歩とアサカで生徒会長の座を巡る一騎打ちデュエルをすることに！いつも笑顔が溢れる場所。そう、ここは地下宇宙人居住区、第８宇宙人中学校！

ＭＩＫに対しレジスタンス運動を始めた遊歩たち。一方、やめたはずのラッシュデュエルに心を乱されていた遊飛は、思いがけずＭＩＫからの逃亡者、ランランに出会う。ランランを追う竜宮(りゅうぐう)トレモロと相対した遊飛。果たして彼の取った選択とは…。

ムツバ重機のカード製造プラントを襲撃し、デュエルでＭＩＫ隊員たちを打ち破っていくアサカたち反乱軍！しかし、快進撃を続けるアサカたちの前にＭＩＫ幹部“エナジーこぴこ”が立ち塞がる！一方、ゴーハ堂に潜入した遊歩たちは地下室であるものを発見する。

“ＭＩＫの最重要機密”を手にＵＴＳを訪れたものの、裏切り者として捕らえられてしまうマナブ。突然現れたズウィージョウには「お帰り」モードで接するＵＴＳメンバーに納得ができないマナブは、自分も認めてもらおうとズウィージョウにデュエルを仕掛ける！

ゴロッセオへ入っていくトレモロを目撃したユウディアスは、遊飛の仇を討とうとトレモロにデュエルを挑む！自分と兄の周りを嗅ぎ回る須海たちを追跡するため、規律違反を犯してまでゴロッセオにやってきたトレモロ。彼には守り抜きたいある“秘密”があった。

竜宮兄弟に敗れたデュエリストを襲う不可解な現象…。“アイツ”と遊飛がその身を賭して掴んだ真実に近づこうと、アイツの足跡を辿る遊歩の前に、竜宮フェイザーが姿を現す。「見えたヨ、私のロードが」フェイザーとの激しいデュエルが、遊歩を真実へと導く！

遊歩はふと気がつくとフィールド魔法のような不思議な空間に佇んでいた。途方に暮れる遊歩の耳に聞き覚えのある声が入ってくる。その声の主は行方不明となっていた仲間たちだった！しかし、仲間たちと再会を果たしたはずの遊歩はなぜかとても慌てた様子で…。

不思議空間から弾き出された遊飛、遊歩、アイツ。たどり着いた先はどこか六葉町を思わせる近未来都市。こんどはどうやらアイツが暮らしていた世界に来てしまったらしい。ラッシュデュエルを生み出した理由を語っていたアイツは、道すがらある人物に巡り合う。

カード化した遊飛たちを盾に取られ、フェイザーから“オペレーションＭＩＫ”に協力するよう迫られるユウディアス。選択に苦しむユウディアスだったが、カードから元に戻る方法があると知り、フェイザーとのデュエルに全ての仲間の命運を懸けようと決意する！

ついに露となるフェイザーの秘密。宇宙人から弟を護ると誓った優しき兄は、その身に悲しい運命を宿していた。強大なフェイザーの力に圧倒されてもユウディアスの覚悟は揺るがない。本当に大切な物、仲間を信じる強い心がユウディアスをさらなる高みへと導く！

地球宛の宇宙荷物を配達していたシューバッハは宛先が分からずに困っていた。そんなシューバッハを見かねて手伝いを買って出るユウディアス。伝票に記された“上城ギヤカンパニー”になんとかたどり着いた二人だったが、そこで異様な装いの住民に遭遇する…。

地球人宇宙人入り乱れたラッシュデュエル大会、ギャラクシーカップがついに開幕！上城ギヤカンパニー当主、エポックこと上城慧方子(かみじょうえほこ)のデュエル家庭教師となったユウディアスは、エポックに生のデュエルを感じさせようと、遊歩に勝負を挑む！

ギャラクシーカップ中の六葉町に謎の仮面デュエリスト現る！スタディ総帥と名乗るそのデュエリストは、弱そうな相手を狙いポイントを荒稼ぎしているという。悪行を重ねるスタディ総帥の前に一人の男が立ち塞がる。その男の名は、“蒼月(そうげつ)マグト”！

デュエル家庭教師としてエポックにデッキ構築を教え、特訓で秘策を授るユウディアス。あとは実践あるのみ！ギャラクシーカップに参戦すべくエポックの対戦相手を探していると、ラッシュ・ブーターの光が遊飛を指し示す。エポックはじめてのラッシュデュエル！

遊歩たち特別チームは“人間をカード化するシステム”の解明を進めていた。チームメンバーのディノワは、フェイザーがイセキの秘密を隠していると疑いトレモロを問い詰める。兄を疑われたトレモロは逆にズウィージョウを疑い、ディノワにデュエルを仕掛ける！

突如六葉町に強襲してきた格安宇宙家具屋“セツリ”の代表、ザイオン！上城家に姿を現したザイオンは、お値段非情な見積もりで高性能歯車を作るようエポックに詰め寄る。脅迫に怯えるエポックを守るため、家庭教師のユウディアスがザイオンにデュエルを挑む！

何代も続いてきた宇宙家具屋『セツリ』。しかし、度重なる宇宙不況、外宇宙家具店の襲来。ザイオンが店長になってからはいつも火の車だった。ザイオンには夢があった。「めざせ！全宇宙８８８億店舗！」ユウディアスとのデュエルの果てに訪れた夢の結末とは。

ギャラクシーカップ決勝ステージ注目の初戦はみつ子vsズウィージョウ！ズウィージョウに冷たくされ怒りに燃えるみつ子だったがズウィージョウの猛攻の前に苦戦を強いられてしまう。反撃に転じようとしたみつ子は見知らぬ妖しいカードをドローしてしまい…。

熱いデュエルが続く決勝ステージ！アサカvs合羽井、ロヴィアンvsユウナ、遊歩vsニャンデスター、それぞれの想い、それぞれの誇りを懸けて三組が激突する中、不可思議な現象が発生する。存在しないはずのカードが、デュエリストたちの運命を狂わせていく。

決勝ステージ、ロヴィアンに挑んでいくユウナ。幼い頃からロヴィアンを慕ってきたユウナだったが、“アイツ”の存在が大きくなるにつれ、自分の気持ちに戸惑いを感じるようになっていた。ロヴィアンに全力でぶつかることで見出した“アタクシ”のロードとは。

決勝ステージの対戦カードが決まる迷路で、次に巡り会ったのはユウディアスとフェイザー！ユウディアスの前に立ちはだかるフェイザーだったが、その心にはある思惑を秘めていた。一方、イセキの元へ向かった遊飛たちは恐るべき計画の存在を目の当たりにする。

彼は、宇宙の果ての惑星に作り出され、その手で次々と同胞を増やし、巨大星団文明を誕生させた。やがて彼は、ラッシュデュエルに惹かれ、すべての物語を紡ぎ始めた。驚愕の事実が明らかとなる。第一号のカルトゥマータ、“クァイドゥール・ベルギャー”登場。

ギャラクシーカップ最後の闘い！遊飛とのデュエルに臨むユウディアスだったが、クァイドゥールと衝突し、その精神世界へと閉じ込められてしまう。クァイドゥールの心の奥底に封印されていた記憶とは…。哀しきベルギャー創造の物語に王道遊飛が終止符を打つ！

昼下がり、のんびりと公園を散歩するユウディアスたち。突然現れてメェ～グちゃんを返せと騒ぐチュパ太郎、フュージョンに喜ぶダマムー。ギャラクシーカップが終わり、六葉町は日常を取り戻していた。しかし、遊飛は一人、得も言われぬ違和感を感じていた…。

少しずつ、何かがおかしい。六葉町を覆う“クァイドゥール時空”の中では、自らの変化に気づかない限り、本当の姿には戻れないらしい…。異変を察知して皆に事情を伝える遊飛たちだったが、異変を認めないマナブに対して遊歩がデュエルで説得を試みることに！

“高級宇宙家具店セツリ！達成、全宇宙８８８億店！”ついに夢を叶えたザイオン。しかし、全ては仮想空間、クァイドゥール時空での出来事だった。真実を伝えるためにセツリを訪れた遊飛は、聞く耳を持たないザイオンを目覚めさせようとデュエルで勝負を挑む！

ムツバタワーで様子が変なアサカと合羽井を見つけた遊飛たちは、二人を説得しようとするも逆に捕まり手荒な“おもてなし”を受けてしまう。話を聞いてもらうため、アサカにデュエルを仕掛けるユウディアスだったが、アサカたちにも何やら思惑があるようで…。

“あたいディノワ！町一番のパン屋さん「ボイルド・ベーグル・レクイエム」の看板娘、なんだかんね！”ズウィージョウたちもまたクァイドゥール時空に捕らわれていた。次第に暴走の度合いを深めていくディノワをズウィージョウがラッシュデュエルで迎え撃つ！

“怪しい家”を発見したユウディアスたちは、そこで赤ちゃんをあやすユウナに遭遇する。ユウナの妄想に巻き込まれ、可愛らしい姿になってしまったユウディアスたち…。妄想から抜け出そうと、遊飛はユウナにデュエルを仕掛ける。「ラッチュデュエル、バブ！」

「ナイッシュ～～」突如、言葉を発するバスケットゴール！その正体は、みつ子の友人の３メートル星人、バスケゴール子姉さんこと籠たま子(かごたまこ)だった！様子の変なゴール子とみつ子を目覚めさせるため、遊歩とエポックが２ｏｎ２デュエルに挑戦する！

目覚めるとそこは見知らぬ教室だった。集められていたのは遊飛たちクァイドゥール時空の存在を理解できた３９人。そして、教室の外にはユウディアスとクァイドゥール、二人の姿が…。３９人の解放をかけて、ユウディアスとクァイドゥールのデュエルが始まる！

アンジュ、リーム、カレン、なぜか“フェイザー”ガールズと名乗りフェイザーに付き従うトレモロの秘書３人。クァイドゥール時空ではずっとこんな様子らしい…。秘書たちを奪われ、フェイザーにデュエルを挑むトレモロ。ＭＩＫ総帥の座を狙う炬燵の乱、勃発！

どうやら、クァイドゥールにはユウディアスをカードにできない特別な理由があるようだ。クァイドゥール時空の真実を理解できぬようユウディアスの意識に掛けられた強固なロックを外すため、“ユウディアスわからせ作戦”が発動される！どうするユウディアス。

クァイドゥールの手駒として再び“時空教室”に集められた遊飛たちだったが、クァイドゥール時空の真実を理解したユウディアスの力で、クァイドゥールの支配から脱出することに成功する。ユウディアスたち４０人が心を一つにしてクァイドゥールに立ち向かう！

クァイドゥール時空からの解放を懸けてぶつかり合うユウディアスとクァイドゥール！白熱するデュエルの最中、鮮やかな銀河の姿が二人の脳裏をよぎる。突如、異常をきたすクァイドゥールの身体！壮大な夢の行く先に待ち受ける、プロトベルギャーの運命とは…。

衝突する運命にあるふたつの銀河、天の川銀河とアンドロメダ銀河。壮絶な闘いを繰り広げる二人の戦士は、その胸にそれぞれの銀河を宿していた。デュエルの果てにふたつの銀河の融合を図るクァイドゥール！そして、決着の訪れとともに衝撃の真実が明かされる！

クァイドゥールが告げたベルギャー人の過酷な運命。悲劇的な未来を変えるため遊飛たちは奔走する。シャポー星人の秘密の集会があることを知った遊飛は、予言能力を持つカモスにユウディアスたちの未来を尋ねようと、シャポー星人に扮して集会に潜入するが…。

ベルギャー人を救うには遊我の知識が必要だと考え、マニャのコネを使い遊我を捜すことになった遊歩たち。映画の撮影でスタジオを訪れた遊歩たちは“スタァになるまでお別れだ”と勝手に姿を消したボチと出くわす。マニャ対ボチ、お仕置きデュエル、スタート！

歯車を吐き出したザイオンは家具を創り出す能力を失っていた。イセキ修理のためにその能力を復活させたい遊飛たちは、再び歯車を飲むことを拒否するザイオンにデュエルを仕掛ける。ザイオンが対戦相手として指名したのは、長年従属させられてきたザ☆ルーグ！

ベルギャー人の危機に対して自分がやるべき事を探そうとＵＴＳを訪れたロヴィアン。ＵＴＳ社員に混じり片づけをしていると、自身に宇宙ポエムを教えてくれた“プリンセス吟遊詩人”のギターを発見する。驚くロヴィアン。そして、そのギターの持ち主は何と…。

８８８万人の同胞たちは、自分たちが消滅の危機に瀕していることをユウディアスに悟られないようにしてほしいと田崎に頼む。田崎は同胞たちの願いを聞き入れアサカに協力を仰ぐが取り付く島もなく断られてしまう。諦めきれない田崎はアサカにデュエルを挑む！

遊我が現れるという自販機コーナーで待ち伏せをするユウナ。しかし、姿を現した遊我はマナブが仕掛けた捕獲装置に捕まってしまう。遊我に会いたい一心でユウナはマナブにデュエルを挑む。「アタクシが勝ったら、遊我に会わせなさい！」ユウナ対マナブ、再び！

イセキから発見されたロボ型記録装置の解析中に乱入してきたミューダとディノワ。ベルギャー人の運命を受け入れた様子の二人は、ロボを奪い、遊飛と遊歩にタッグデュエルを仕掛ける！死力を尽くすミューダとディノワだったが、消滅の時が二人に迫っていた…。

悲劇の訪れを前に、ズウィージョウは抑えきれない衝動と喜びを感じていた。この不可解な感情の正体を知ったとき、彼はユウディアスとのデュエルを望んだ。誰もこのラッシュデュエルを止められない。ズウィージョウ・ズィル・ベルギャー、最後の闘いが始まる。

本日宇宙人中学校は臨時休校。思いがけないお休みを使いみんなで遠足に出かけるユウディアスたち。思い出の場所を巡るうちにタウン誌で見つけた“超穴場テーマパーク”へとたどり着くが、ユウディアスはそこで目にした無気力なデュエルショーが我慢できず…。

クァイドゥールの残したロボ型記録装置には、“ベルギャー人復活カード”の情報が秘められていた。そのカードを完成させ、『ベルギャー人復活作戦』を実行しようとするアサカたちだったが、何者からかの妨害を受けてしまう。立ちはだかる者、その正体とは…。

遊我のゆずれないものと遊飛の背負うもの、二人の強い気持ちが月面上でぶつかり合う！白熱するデュエルの裏では、遊我の思惑を超えて『ベルギャー人復活作戦』が進行し続けていた。デュエル制御システムから閃光が放たられるとき、禁断のカードが発動される！