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逆銀河系にあるパルタ星の寿命はあと２年。そこでパルタ皇帝は、パルタ星と環境がよく似ている地球への侵攻を開始した。スタジアムで行われていたファン交流イベントに参加していたレインボー戦隊は、ベルがキャッチした怪電波を調査するべく宇宙へと出撃する。

早くもアフリカ大陸の一部がパルタ軍に制圧されてしまった。作戦の指揮を担当したデビル２号は、次にヨーロッパを狙おうと準備を整える。一方、ヨーロッパ戦線には世界連邦軍ロメロ将軍が指令官に着任。パルタ軍との交戦を控え軍備を整えていた。

アフリカ大陸完全制圧のため、デビル３号がさらなる攻撃を開始した。それと時を同じくして、現地でささやかれる「黒い象神」の噂。その調査に向かった世界連邦の研究者が失踪したことで、レインボー戦隊に調査隊保護の任務が下る。

パルタ軍は、アンチコバルト装置により、地球を凍らせはじめる作戦を開始。相次ぐ遭難事件に調査を依頼され、動きを探っていたレインボー戦隊はスパイロボットを逆に捕らえることに成功、反撃のための作戦を開始する。

パルタ軍は、北極圏でレインボー戦隊を壊滅させる作戦を考える。極寒の氷の世界に誘い込まれたレインボー戦隊は、敵の熱線銃と冷凍銃によって、次々と氷の中に閉じ込められていく。ロビンもまた冷たい海に落ち、生命の危機を迎えるが…。

羽を伸ばし、夜の散歩に出たリリは、瀕死の青年に出会う。リリは青年の命を救うが、相手であるロメオは、パルタ星のスパイで、地球防衛軍の最高機密である暗号解読テープを狙っていた。そうとは知らずロメオと心を通わせるように…。

パルタ軍により、東アフリカ攻撃が行われ、レオパトラ共和国が狙われた。ただちに向かうレインボー戦隊だが、西アフリカで逃げ遅れたマリーランド領事館の子供達を救出しながらレオパトラ共和国に向かうことに…。だが、マリーランドと仲の悪いレオパトラ共和国は好意的ではなく…。

強力な誘導電波によるミサイル攻撃を受ける地球防衛軍。ロンドンのどこかに、パルタ星のアジトがあると睨んだレインボー戦隊は、ロビン、ウルフ、リリが変装をして、ロンドンを調べることにした。だが、ロビンは正体を見破られ、地下の秘密基地に閉じ込められてしまう…。

世界連邦軍・特別巡洋艦アンドロメダ号が謎の渦巻きで破壊された。艦と合流予定だったロビンたちは、調査が済むまで待機任務を言い渡される。だが彼らもまた、気分転換のために乗り込んだ豪華客船クイーン・マリエラ号で謎の渦巻に襲われてしまう。

パルタの円盤部隊に狙われていた中国人の少女・春蘭。春蘭を救ったロビンは、彼女のオルゴールが母の思い出がつまった自分のオルゴールと同じ曲だったことに気付く。そして彼女に母の面影を重ねるなど、不思議な親近感を抱くのだった。

世界連邦設立50周年の観艦式、その象徴たる戦艦オリオン号が謎の爆発に見舞われて轟沈した。検出された放射線から推測すると、どうやら今回の事件にはパルタ軍が関与しているらしい。そこで連邦軍は、完成したばかりの最新鋭艦空母RX20をその海域の調査に回すことにする。

デビル12号が、ついにレインボー戦隊を全滅させた！　しかしそれはデビル12号だけではなく、他のパルタ兵からも「全滅させた」との報告が入っていた。実はロビンたちは無人火山島・ロック島の秘密基地に潜んでおり、自分たちそっくりの人形を使ってある作戦を実行していたのだった。

地球攻略のための前線基地を建設しようと、パルタ軍は地球に一番近いグリース星に目をつけた。その頃、飛べないことを仲間たちからバカにされた教授とベルは、ロビンの父・ポルト博士の研究室にこもって専用飛行機の制作にとりかかる。

ロビンたちが宿泊するホテルにやってきた少女シゲ子。どうやら国際会議場の掃除係をしている父・今村がもう３日も帰って来ないらしい。彼女に接触し、深入りするなと警告を発した男の存在も気になるところだ。しかし捜索を依頼したその夜、何と父が何事もなかったかのように家に帰って来る。

パルタ軍の攻撃もなく、ここしばらく平穏な日々が続いていた。そんなある夜、グリニッジ天文台が謎の円盤をキャッチする。６ケ月ぶりの襲撃かと出動したレインボー戦隊は、宇宙空間でパルタ皇帝を乗せた巨大ロケットと遭遇。その護衛円盤と戦闘に入った。

墜落の危機にあった所属不明の戦闘機。それを発見したレインボー戦隊は、機体を近くの島に不時着させパイロットを救助した。だがそのパイット、実はたった一機で世界連邦軍の戦闘機部隊をキリキリ舞いさせたパルタ軍のエースパイロット「パルタの鷹」だった。

世界各国の防衛軍基地が謎の爆発によって次々と壊滅していった。しかし現場にパルタ軍の痕跡はどこにもなく、ハンカチやハイヒールなど婦人の高価な衣装小物程度しか発見されず謎は深まるばかり。とりあえず次に狙われるだろう、最新式のマンモス宇宙ロケットが配備されたパリの基地の警備をロビンたちは始める。

ロビンの元に届いた一通の招待状。それはブラックサーカス団からのものだった。しかし会議に出席しなければならないロビンは欠席。残されたリリたちは「ロビンが働いているのに自分たちがサーカスに行くわけにはいかない」と言うウルフに黙って観覧に行ってしまう。

南極に仕掛けられた秘密メカ「デッドヒーター」。それが放つ熱エネルギーによって、12時間後には地球全土が未曾有の洪水に見舞われる危機に直面していた。南の島で休日を過ごしていたレインボー戦隊は、世界連邦からの召集を受けて調査を開始、南極へと急行する。

施設の一つをパルタ軍に明け渡すことを条件に、和平交渉を進めようと常任理事のコントスが派遣された。パルタ軍のブラック将軍は「利用次第では侵略の一歩になる」とコントスとの会合を快諾。しかしコントスが搭乗していた専用機が、護衛のラムダー大尉によって乗っ取られ近くの島に強制着陸されてしまう。

ある夜、ロビンとリリは謎の飛行物体を発見した。その墜落現場でロビンたちはステラという少女を保護する。彼女はトラブルを抱えているようなのだが、記憶を失っていて何ひとつ状況がつかめない。どうやらおかしな二人組に追われている様子だが…。

ロビンの父・ポルト博士が作った暗殺ロボットX、Y、Z。Xの強力スパーク光線は知覚を破壊し、Yは電磁気マシーンを搭載、Zも強力乱気流発生マシーンで武装しており、対レインボー戦隊にはこれ以上ない刺客だ。だが地球侵略に手を貸すような行為に博士は苦悩。「ロビンは殺さない」という約束を心の支えにするものの、デビル23号にその約束を守るつもりなかった。

パルタいちの生物学者ペソ。彼はクジラを操って艦隊を形成し、地球の港という港を破壊させ世界を混乱させようとする「くじら艦隊作戦」を立案する。そしてパルタ皇帝の了解を得ると、さっそくマイアミビーチに数千匹のクジラを差し向けた。

世界連邦が誇る秘密研究所では日夜、対パルタ軍兵器の開発が行われていた。その情報が研究員のひとりによって漏洩、研究所への誘導が行われ攻撃を受けてしまう。レインボー戦隊はただちに出撃し、寿命が縮むとされる緊急用の燃料「ウルトラウラン」で交戦中の秘密研究所へと急いだ。

パルタ軍のエースパイロット・ベラは、女性で唯一、攻撃隊長に任命された栄誉ある軍人。そのベラ率いる円盤部隊が、マリー珊瑚礁の連邦軍基地を襲撃した。しかしその行動にいち早く気付いたロビンたちの報告で、ベルの部隊は基地の戦闘機隊とレインボー戦隊の挟み撃ちに遭ってしまう。

惑星爆発のタイムリミットもあと３ケ月となり、パルタ軍はついに総攻撃を仕掛けてきた！　何と宇宙ロケットを使って本星から直接攻撃を展開してきたのだ！　そこでレインボー戦隊はパルタ星に潜入して、惑星間ロケットミサイルの破壊作戦を開始する。だが到着したのもつかの間、レインボー戦隊は将軍に囚われてしまう。

ミッチェル博士に新発明品の視察を依頼されたロビンと教授は、彼の邸宅で何の説明も受けず謎の機械に座らされた。しかしその機械を「神が乗り移って作らせたもの」と表現し、自分を神の子だと語る偏屈な博士は、ロビンたちを騙して実験のモルモットにしようと考えていたのだった。

休暇を楽しむレインボー戦隊の目の前で突然爆発した豪華ヨット。それは３日後に戴冠式を控えたキレイーネ王女の乗るヨットだった。王女が敵対国からの殺し屋に狙われていることを聞いたリリは、男子禁制の王宮に護衛役として乗り込むことを思いつく。

リリが豪華客船ミューズ号の「ミス・ミューズ」に選ばれた。しかも世界的な富豪が乗り込む世界一周のデラックス航海に出かけることになって大喜び。ロビンたちに見送られ、さっそく航海を楽しむ。そんな彼女に、鷹をデザインしたライターを持つ宝石商のサンゴールが接触した。

ロンドンの公園で発見された変死体。それは女優ベティ・クロフォードのものだった。スコットランド・ヤードのパーク警部は、その血液が抜き取られた変死事件の重要参考人として、行方をくらましてるクロフォードの運転手、ルゴシを手配。だが捜査を開始したロビンたちは、そのルゴシの死体を発見してしまう。

サイエンスギャング団のボスは、手下のハーゲンシュタイン博士が開発した電送マシンをテストするため、たまたま監視カメラに映ったドライブ中の教授とベルを連れ去ってしまう。だが実験は教授とベルの身体の一部が入れ替わってしまうアクシデントで失敗してしまった。

レインボー戦隊に中央情報局の長官から出動要請があった。世界連邦を脱退した独裁者・ペトロフ総統の国「南アドニア」が隣国ベネリアの侵略を企んでいるらしい。どうやらサムソンと呼ばれるミサイルを設置し、犯罪者をサイボーグ化させた部隊「コンドル」を結成したようだ。

人気急上昇中の歌手フランソワーズと間違えられて、リリとベルが誘拐されそうになった。自分が人違いされていることに気付いたリリは、フランソワーズになりきって誘拐犯たちについて行く。そこでボスがいることを知ったリリは、真犯人を捕らえるべく意気込んだ。

ドライブに出かけたロビン、リリ、教授、ベル。彼らは人里離れた山奥で嵐に見舞われてしまい、偶然発見したホテルで一夜を明かすことにする。そんなロビンたちを、不気味なマネージャーは満室との理由で宿泊を拒否。しかしベルが高熱にうなされていたため、車椅子の宿泊客マクベインが部屋を譲ってくれた。

宇宙から飛来した楕円形の隕石。それは宇宙生物バロンの卵だった！　卵からかえったバロンは突然地中から出現したかと思うと、主食の石油を狙って世界中に出没。世界連邦軍の戦闘機部隊すら手を焼くほどの戦闘力を見せつける。

連邦軍を狙う謎の組織が、軍基地に侵入し世界平和を揺るがす書類を盗んだ。無人衛星で長官からその調査を依頼されたロビンは、もう一方の秘密書類が保管されているF19空軍基地の警護にあたる。しかしそこにも黒マスクの集団が襲撃してきた。

害虫駆除のために散布された殺虫剤イチコロリン。それが雨で地中に染み込み、一匹のセミの幼虫を突然変異させた！　巨大化したセミの幼虫は世界各地で暴れた末、ニューヨークのビルの上で脱皮。成虫になるなり、超音波のような鳴き声でレインボー戦隊と防衛軍を圧倒した。

ボウリングで手加減できず、レーンを破壊してしまったベンケイ。ウルフの新車に乗せてもらったのに、重すぎて破壊してしまったベンケイ。ダイエットのつもりでロビン宅を破壊してしまったベンケイ。平和な世界ではパワーの使い道もなく、ベンケイはすっかり落ち込んでしまう。

ドライブの最中で道に迷ったロビン、リリ、ベル、教授。一同はそこで山猫にさらわれた男の子・ポールを助けた。その子の母親・ジュリアの招きで自宅に招待されたロビンたちは、彼女の不自然な言動と、ベルが感じた放射線反応に釈然としないものを感じつつ帰途につく。

ばら星雲の中心、惑星ベテルギウスの隣にあるクローン星に謎の爆発が確認された。そこでロビンたちは教授の提案で調査を開始。現場で謎の戦闘宇宙船に攻撃されていた脱出挺を救助する。そこに乗っていたのは、ウルフですら一目惚れするほどの美少女タリアだった。

スキー旅行に訪れたレインボー戦隊は、幽霊城の噂を聞きつけた教授の提案で調査へと赴いた。近くのホテルの管理人の話では、城に向かった者は決して生きて戻れないと言う…。それでも探検に出かけた教授、ベル、リリは、城で執事をするブルースと山道で偶然遭遇。彼に城へと案内される。

世界的富豪リッチモンドが宿泊先のホテルに預けた「ゴライアスの眼」。それが盗まれてしまった！　「ゴライアスの眼」とは、インク帝国発掘の際に出土した世界最大のダイヤ。その事件を担当していたカルロス警部は、ヤジウマに来ていた教授とベルを逮捕。しかも迎えに行ったリリまで掴まえてしまう。

スキー休暇を楽しんでいたレインボー戦隊に、世界連邦の長官から任務の依頼が入った。地球征服を企てるMMM(スリーエム)団のメンバーを逮捕したらしいのだが、殺人犯のユンケルを逃してしまったらしい。そこで彼が逃げ込んだ雪山のホテルを捜査せよというのだ。

ここはとある惑星の都市ウラガンシティ。西部劇を思わせる街に一機の円盤が降り立った。円盤から姿を現した指揮官のガリトンは、３日のうちにシティを明け渡せと町長に要求。抗う手段もなく困り果てた市長だったが、助役のダンカンが刑務所から引き取ったロボット３体で対抗しようと考える。

世界一周レースに挑むことになった日本代表プロレーサー・武田。彼がライバルと認めるのは、アメリカ代表の「黒いイナズマ」ことジャッキー・ルーニーだ。だがその注目の対決は、「ゴライアスの瞳事件」に関わった強盗団トリオ・ロス・ドロボゲスが参加したことで夢と消えてしまう…。

一ヶ月前に行方不明になった宇宙船が突如帰還した。乗組員たちは無事だったものの、どうやら脳神経に異常をきたしたらしく意味不明な言動ばかり。ロビンたちが宇宙船の中を捜索すると光る不思議な食品が発見され、事態解明のカギになるかもしれないと教授が研究に着手する。

月基地の総司令官ホッブス将軍の愛弟子で、ロビンたちと一緒にパルタ軍と戦ったブラックタイガーがついに結婚した。「新婚旅行先の月基地には将軍がいる」と再会を楽しみにしていたタイガーだが、将軍は重病に犯されていて面会すらできない状態。しかも基地の様子がどこかおかしい…。

大陸全体を撮影用のセットに作り替えた惑星で、映画俳優のムウゲイが撮影中に殺された。その人物が世界連邦の諜報部員だったため、事件の調査のためにレインボー戦隊が派遣される。彼らは混乱を避けるために一般俳優として西部劇の衣装に着替えると、さっそく調査に取り掛かった。