S1 · E1 · 2000年5月9日

連帯責任第1話

平成12年春、成田空港に一人の男が降り立った。原匠（大友康平）39歳。八ヶ岳山麓にある中央航空学園の特訓班の担当教官として招かれた。ここ数年、航空大学に一人の合格者も出せないことから理事長の氏家（酒井和歌子）が、原を選んだのだった。原は選んだ特訓班の8人の生徒を八ヶ岳の麓の森の中に置き去りにする。そして「連帯責任」の名のもとに過酷な訓練を課してゆく。理不尽なまでの原の命令に、茜（片瀬那奈）は反発し、退学覚悟で勝手に学校の飛行機を飛ばそうと計画する。その事に気づいた他の特訓班のメンバー達が見ぬふりをする中、康介（石川伸一郎）と涼太（鳥羽潤)が手伝い、茜は何とか飛び立つ。後を追いかけた原は茜を誘導して無事に着陸させる。退学届を出した茜に、原は「おまえを辞めさせない。」と言い放つ。

S1 · E2 · 2000年5月16日

康介の秘密第2話

教頭・野々村（佐藤B作）らは原のことが今一つ信用できずにいた。一方、特訓班の8人もなかなか一つにまとまらない。特に菊馬（鮫島巧）は原のいう「連帯責任」など眼中になく、勝手な行動でチームワークを乱していた。千歳（清水千賀）や志穂（城山未帆）、悟（忍成修悟）たちは何とか原を陥れて教官を辞めさせようと計略をめぐらすが、原には通用しない。そんな中、優等生の康介の様子がおかしい。茜は康介と仲の良い涼太に理由を訪ねるがはっきりとしない。以前つきあっていた茜と涼太は久しぶりに二人きりで話をしてたことで互いに安らぎを感じる。そんな二人の様子が涼太に想いを寄せる千歳には気になって仕方がない。やがて茜は康介の視力が急激に低下している事を知る.....。

S1 · E3 · 2000年5月23日

特訓班除名第3話

康介の悩みを知った茜は、授業中何とかかばおうとするが限界があり、それに気付いた千歳とけんかになってしまう。千歳は恋人の涼太が昔、茜とつきあっていたことで対抗意識に燃えていた。ある日、千歳の初めての飛行訓練が誰かの整備ミスで失敗。皆の気持ちがバラバラの中特訓班を除名されるメンバーが発表される。

S1 · E4 · 2000年5月30日

友情のあかし第4話

除名になったのは康介（石川伸一郎）と邦子（山口あゆみ）だった。康介の事を原は気付いていたのだ。診断の結果、網膜はく離とわかり、康介はパイロットの夢を断たれ退学を決意する。ある日、千歳の初めての飛行訓練が誰かの整備ミスで失敗。一方、邦子は姿を消し、電話で千歳の失敗が実は自分のせいだと告白。自殺未遂を起こすが立ち直り、それを見た康介も学校にとどまる。

S1 · E5 · 2000年6月6日

まわり道の恋第5話

千歳の様子がおかしい。付き合っている涼太が茜のことを益々気にかけているのもあって涼太にキスをしまくる。実は両親の離婚話が原因だった。千歳を傷つけたことを悔やむ涼太は学校をやめようとするが本当は涼太を好きな茜の気持ちを察した康介が後押しして涼太と茜はお互いの気持ちを確かめ合う。

S1 · E6 · 2000年6月13日

２つのキス第6話

公彦（高岡蒼佑）が千歳（清水千賀）に大けがをおわせ、千歳は航大受験が危うくなる。しかも、その公彦が新たに特訓班に加わることになり、騒然となるが、本当にパイロットになりたいという公彦の本音を知っていく。そんな中、邦子の母親が倒れ、邦子が学校を辞めると言い出し、悟（忍成修悟）はショックを受ける。

S1 · E7 · 2000年6月20日

別れ第7話

最後の模試が行われ、そのあと邦子は学校を去って行く。試験の結果、茜（片瀬那奈）と涼太（鳥羽潤）の成績は下がった。菊馬（鮫島巧）は志穂（城山未帆）の昔の恋人・公彦（高岡蒼佑）に対抗意識を燃やし改めてパイロットへの夢を確信するが、ある晩、神社で待つ志穂を迎えにバイクを走らせるが....

S1 · E8 · 2000年6月27日

航大入試第8話

バイク事故で菊馬は死に、志穂は放心状態になる。葬式の日、涼太と悟は喧嘩騒ぎを起こし特訓班を外されるが涼太はそれでも航大入試をあきらめない。悟はレスキュー隊への道を模索し始めていた。そして航大の一次試験が行われるが茜は自分の体の変調に気づき、悩んでいた。

S1 · E9 · 2000年7月4日

決断の時第9話

茜は妊娠していて一人で悩んでいた。一次試験の発表があり茜、千歳、涼太、公彦が合格するが、茜は涼太に事実を打ち明け、それが特訓班のメンバーにばれてしまう。全員で話し合うが結論は出ない。その時、公彦が「パイロットにして下さい」と父親に頭を下げる姿を見て、涼太は決心し、茜の実家に乗り込む。

S1 · E10 · 2000年7月11日

ＦＬＹ～航空学園グラフィティ～

シーズン1