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埼玉県にある吾野駅。住民たちにとある異変が起きてしまったこの田舎町で、高校生の静留は日々を過ごしていた。ある日、町に届いた荷物の中に、静留がずっと探していた親友の手がかりを見つけ……。

静留たちを乗せた電車が駅を出発した。景色も、町と町を繋いでいるレールもすっかり変わってしまった世界を車窓から眺めながら、葉香がいるであろう池袋をめざして進んでいく。すると、遠くから謎の人物が……？

隣駅の東吾野駅に着くと、頭からキノコが生えている住民たちから出迎えられた静留たち。おすすめされたミストサウナ、さらにキノコ料理まで堪能して旅の疲れをリフレッシュ！でも晶だけは、なんだかここの人たちが怖くて……

変な動物、妙な人参、ゴルフボール的なものと、色んなものから逃げながら、静留たちを乗せた電車は池袋へ向かって進んでいく。しかし、それらをくぐり抜けたと思ったのもつかの間、晶の体には異変が……？

どうにか脱出した静留と玲実は、一帯を牛耳っているボスに幽閉されていた“ドクター”を助けに向かう。市民にも協力してもらい、なんとか救い出したドクターを連れて玲実は晶の元へ急ぐ！

みんなで電車をアポジー号と名付けたのも束の間、ちょっとした口喧嘩から、静留は電車を降りてしまう。ポチさんは静留についていくものの、撫子たちとは分かれてしまう……。

静留を追いかけて撫子、玲実、晶は森へ入ることを決めた。ゾンビに遭遇してピンチに陥るも、ゾンビの女王・黒木と一緒にいる静留を発見！撫子たちはなんとか静留を助け出そうと、こっそりその後を追っていく。

大泉学園駅が“練馬の国のアリス”の町“ネリアリランド”になっているという話を聞いて、期待に胸を膨らませる玲実。しかし到着した町は、ヒロインのアリスの姿がないどころか、悪夢の様相を呈していた。

池袋駅まであと10駅。大泉学園駅を出発した静留たちは以前に会った仙人のスワンボートを見つける。そこで再会した仙人はこれまでの旅路について話し始める……。

葉香のいるという池袋へ向けて、アポジー号を走らせる静留たち。しかし、終点・池袋駅を目前にした椎名町駅では、静留たちを足止めする刺客が待ち構えていた！

長い道のりを経て、アポジー号はついに終点・池袋に到着した。葉香の匂いを嗅ぎつけたポチさんを追いかけて、静留たちは走り出す……！

ポンタローによって、葉香は装甲列車で連れ去られてしまった。葉香と、ついでに世界を元に戻すため、静留たちはアポジー号に乗って必死に装甲列車を追いかける。そして、静留は再び葉香と向き合う。