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時は未来。日本の人口の1割を占める「ヒューマノイド」を専門に診る医師・須堂光のもとに、ある男から「裏」の診察依頼が届く。自分の人格を違法にバックアップした妻が、体の不調に悩まされていたのだ。相棒の看護師・樋口リサの困惑をよそに、須堂は闇医者・モッガディートとして依頼主のもとへと駆けつける。

陸上部で短距離走に励むヒューマノイドのジュンは、記録が伸びずに悩んでいた。ボディの「仕様」が決まっていて成長に限界があるのだと語るジュンを、須堂はやさしく励ますが、彼の気は晴れない。そんな折、須堂のもとに学生時代の旧友・カオルが訪ねてくる。世界の「仕様」をアップデートするため、超高度AI「MICHI（ミチ）」の大規模改修プロジェクトに参加するよう須堂を説得するカオルだが…。

壊れたクマのぬいぐるみ型ロボット・ポッポを修理した須堂。持ち主の少年は大喜びだが、母親はポッポに強く感情移入する息子を心配していた。時を同じくして、ある女性が恋人ロボットのジョーに別れ話を切り出していた。人間の恋人ができて、ジョーとの生活を続けられなくなったのだ。人の心を癒すために作られたポッポとジョー。2体のロボットの運命が邂逅する。

好きな女の子の姿をAIに学習させ、恋愛VRゲームのキャラクターとして召喚……そんな裏技に手を出してしまった高校生の野崎は、須堂に「リアルとバーチャルの区別」の大切さを諭されるも、ゲームの虜となってしまう。するとある日、「本物」の好きな子から意外な提案が…。愛と煩悩の狭間で繰り広げられる、喜怒哀楽のショウケース。

ヒューマノイドは人間とは異なり、電脳を書き換えることで様々な精神治療ができる。生きづらさを抱える患者に、そうした「調律」はどこまで許されるのだろう。睡眠に悩むワケありの男と、学校に馴染めずピアノを弾いてばかりの子供。2人の患者が須堂の心を揺さぶる。

今やAIは、驚くべき学習速度で人間をあっという間に追い抜くことが珍しくない。伝統工芸の技を記録するため、山の鍛冶屋に弟子入りしたロボット・覚える君と、人とのコミュニケーションを学ぶために小学校に入学したロボット・パーマ君。彼らの目覚ましい成長が、人の心にもたらすものとは。

電脳に障害を負った老人の感情が、音楽に触れると戻ってくる――。そんな美談に裏の事情を嗅ぎ取った人権団体の男が、須堂新医院の門を叩いた。「人間の謝罪」にこだわるモンスタークレーマーに気を病んだヒューマノイドもまた、須堂に診察を求める。信念の交錯が生み出す、患者たちの意外な結末とは。

バレンタインデーに愛情を伝える風習は未来も健在だが、人間の不器用さや鈍感さもまた健在だ。すれ違うこともあるけれど、勇気を出して踏み出せば、物語は動き出す。リサ、須堂、サバちゃんの3人も、例外ではなく……。

テクノロジーへの称賛と嫌悪は、いつの時代もセットでやって来る。AIを駆使して「不健全」なアニメを作る人気クリエイターは、果たして「悪」なのか？　AIを拒否して人の指導による公平を目指した小学校は、果たして「善」なのか？　多様性が綱を引く、倫理観の攻防が始まる。

「MICHI」を始めとする超高度AIによって人間社会が維持管理されることに、いつしか人類は疑問を抱かなくなった。しかし、AIのゆりかごに収まらない魂は密かにくすぶり、今も世界に戦いを挑む。時に信仰や、血を伴いながら。

明るく元気なリサには、忘れられない過去がある。その過去は、リサと須堂が出会ったきっかけとなり、今は彼女の元に思いもよらぬ来訪者を呼び寄せていた。消えない過去を背負うことは、リサと須堂にとって暗黙の「絆」のはずだったが……。

闇へと流れた母親の人格コピーを探すため、旅に出ることを決意した須堂。寄り添おうとするリサを突き放し、二人の距離は広がろうとしていた。しかし、須堂とモッガディートが出会ってきた人々との「縁」が、静かに彼の心を動かす。