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3年Z組はものすごく成績が悪かった。そんなZ組を目の敵にするハタ校長は、Z組の担任である坂田銀八にひとつの課題を出す。それは一科目でいいからテストでクラス全員が80点以上をとること。もし達成できなければZ組全員の補習と銀八の給料カットのペナルティを科すという。銀八と3Zの生徒たちは対策会議を開き、カンニングするしかないという結論に至るがーー。

[見た目が変わっても中身は変わらないのが人間] いつものように銀八が教室に向かうと、なぜか3Zの生徒たちが小学生になっていてーー！？ [テストはいくつになっても嫌なもの] 定期テストの季節がやってきた。 銀八の作った現代国語のテストを受けた新八は、その滅茶苦茶な問題にツッコミが止まらない。 [人に相談する時って、たいがい相談する前に自分の中でもう答えが出てる] 生徒相談室を開くことになった銀八。 すると悩みを抱えた生徒が続々と詰めかけてーー。

「ステッカー騒動」という事件が起きていた。 「極悪」と書かれたステッカーを強引に売りつけるという恐喝まがいのもので、 拒んだ者は暴力を振るわれることもあるという。 銀魂高校の生徒の中にも被害者が出る中、銀魂高校一の不良・高杉の停学が明けた。 ステッカー騒動と高杉の復学が重なり、生徒たちの不安感は高まるばかり。 事態を重くみたハタ校長は担任の銀八に高杉に対して「個人指導」をするよう指示を出す。

深夜の学校に忘れ物を取りにきた新八は、神楽、銀八とばったり行き合う。 二人も忘れ物を取りにきたのだ。暗く不気味な夜の校舎を歩く三人。 そこで新八は生徒の間でささやかれる怪談話「銀魂高校七不思議」を思い出す。 その一つは「むせび泣く職員室」。深夜、誰もいないはずの職員室に自殺した教師の霊が出るという。 そんなものあるはずないと銀八は鼻で笑うが、無人のはずの職員室から何者かの声が響いてくる。

銀行強盗犯が逃亡中であるという。 事件発生から二週間が経った今も行方不明のままで、容疑者の八留虎三兄弟の首には100万円の懸賞金がかけられていた。 その容疑者たちが潜伏していたのは、なんと銀魂高校のボイラー室。 その姿を目撃した校長は、学校の名声を高めるため自分たちの手で捕えるよう教師たちに指示を出す。 銀魂高校教師総出の大捕物が始まった！

新八と妙は転校することになった。 父親が亡くなった後、生活の面倒をみてくれていたおばのところに引っ越すのだ。 そんなおばがいることすら知らなかった新八には寝耳に水であった。 新八はクラスメイトに転校することを伝えるが、みんな寂しがる様子もなくあっさりとその事実を受け入れる。 ひとり感傷に浸る新八。特別なことは何もないまま最後の登校日を迎えるがーー。

大掃除をすることになった。 銀八が指示を出し、教室のワックスがけ、トイレ掃除、グラウンドの草むしりなどの分担を決める。 生徒たちが掃除に精を出す中、定春が土の中から何かを掘り出した。 徳川家の埋蔵金ではないかとにわかに盛り上がるが、弾丸のようなかたちをしたそれはまさかの不発弾！？ 銀八は即座に警察に通報。すると爆発物処理班を名乗るやけにハードボイルドな男がやってきた。 脚本：金杉弘子 絵コンテ：辻橋綾佳 演出：安部保仁 総作画監督：竹内進二 作画監督：尾崎正幸、平岡雅樹、米山浩平、中村ユミ

修学旅行のため京都にやってきた3Z一同。 はしゃぐ生徒たちを尻目に、風紀委員会・副委員長の土方はひとり険しい顔をしていた。 風紀委員には旅行中の生徒たちの安全を守る責務があるのだ。 生真面目な土方は修学旅行中に守るべき鉄の掟「修学旅行法度」を破る生徒を次々に取り締まる。 そんな中、土方は転校生の花子が怪しげな連中にちょっかいをかけられているのを見かける。

文化祭で映画を撮ることになった。 ヒロインはたま。たまに好意を寄せる山崎は、その相手役のオーディションに挑んだ。 しかし結果は落選。やはり地味だからダメなのか……と、鬱々とした気分のまま文化祭当日を迎える。 風紀委員として土方らと校内の見回りをする山崎。 そんな中、トイレで異変が見つかった。 「文化祭を中止しろ」――そこには真っ赤なスプレーで書かれた不穏な落書きが残されていた。

街の不良たちの間でボンタン狩り、通称「ボンハン」被害が続発していた。 高杉一派の関与が疑われたが、捜査の結果、事件に関係している可能性は低いことがわかる。 しかしボンハンをきっかけに不良同士の抗争が広がれば、一般の生徒たちも巻き込まれるかもしれない。 そこで土方らは高杉一派の監視を続けることにする。その役を担うことになったのはなぜか新八！？ 密偵となった新八は高杉に取り入ろうとする。

ちょっとした小競り合いから火がつき、銀魂高校と夜兎工は抗争状態に突入した。つまらないケンカを嫌った夜兎工の番長・神威は事態を納めるため銀魂高校に果たし状を送りつける。高杉と神威を総大将にした戦争で決着をつけようというのだ。校長や生徒たち、さまざまな思いが交錯する中、決戦当日がやってくる。銀魂高校は高杉を含めて5人。対するは夜兎工100人。不良たちのメンツをかけた決戦の火蓋が切られた！

銀魂高校を卒業した新八はチェーンの飲食店で働いていた。就職してから8年目になった今でも失敗しては店長に叱られてばかりの毎日である。そんなある日、納戸の奥にしまい込んでいた高校のアルバムが見つかる。楽しかった日々を懐かしむ新八は、旧友を集め同窓会を開くことにする。居酒屋に集まった一同は近況を報告しあうが――。