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「TOKYO MER」の正式認可から半年。全国の政令指定都市にMERを展開するため、チームを去ることになった音羽（賀来賢人）の代わりとなるセカンドドクター問題に喜多見（鈴木亮平）は頭を悩ませていた。チーム内では比奈（中条あやみ）の昇格を望む声も上がるが、音羽は比奈に循環器外科の道に進むべきだと断言。比奈も音羽の代わりになれるのかとプレッシャーを感じ、悩んでいた。そんな折、サポートドクターとして青戸（伊藤淳史）がMERにやってくる。青戸は音羽と同じく厚生労働省の医系技官で、表向きはセカンドドクター候補としての派遣だが、そこには厚労省側のある思惑が･･･。 そんな矢先、隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。多数の負傷者を乗せたまま、コントロールを失った屋形船は暴走。現場に急行したMERのメンバーたちだが、接舷できないため乗り込むことさえできない。さらに船底内部での燃料漏れにより、多くの患者を乗せたまま爆発する可能性が発覚！喜多見たちは取り残された人々の救助のため、予想外の作戦に出る。それはまさに、決死の挑戦だった･･･。