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ウェイの死から１年。新たなハローズスーパーGT選手権が開幕するが、初戦でベイブはETAの新人ウィリーに負けてしまう。一方、チャーリーはピットの研究所で能力を消す薬の開発に協力していた。そんなある日、アメリカから新たな研究員が加わることになるが…。

ベイブはウィリーに負けた悔しさでいらだつも練習に打ち込む。Xハンターではキムの代わりにノースが昇格し、さらに整備士として意外なメンバーが加わることに。チームは順調に再スタートしたかに見えたが、そんな中、ジェフは能力をコントロールできなくなっていた。

何者かに車で追突され、ケガを負ったベイブ。未来を見ていたジェフは意図的な犯行だと話すが、犯人が見つからない。さらに、ジェフが能力が戻ったことを黙っていたと知り、アランは怒ってしまう。そんな中、Ｘハンターの面々の前にケンタが現れ、恐ろしい真実を明かす。

チャーリーは、ベイブが案ずる中、自らの体で能力分解薬の実験を続ける。チャーリーから諭されたジェフは、いつまでも怒りを解かないアランに自分が見た２人の未来を明かし、一緒にいることを約束する。そんな中、ピートは亡くなったウェイそっくりのクリスと急接近し…。

みんなを守るべく、トニーの研究所を探すピート。そんな中、ウェイに似たクリスに惹かれていき心を許すが、クリスは怪しい動きをする。一方、ベイブはウィリーにも特殊能力があることを疑い始める。確かめようとウィリーに近づくが、チャーリーに誤解を与えてしまい…。

ベイブが自分に嘘をついてウィリーに近づいたことに激怒したチャーリーは、家を出てしまう。ベイブは必死にチャーリーとの関係を修復しようとするが、チャーリーはベイブの言葉を聞き入れない。そんなチャーリーをウィリーは挑発し、ベイブを賭けた勝負を持ちかけるが…。

ベイブへの誤解が解けたチャーリーだったが、トニーの目的を知り、ベイブを守るためにXハンターを抜けベイブの元から離れる。一方、ケンタはトニーの研究の手がかりを得ようと、手に入れたデータの人物にキムと会いに行くが、ひどく怯えたその人物から攻撃されてしまい…。

ジェフの未来予知能力を吸収したチャーリーは、ウィリーが自分に近づく未来を見てしまい、そのまま気を失う。そんなチャーリーを助けるためにも能力分解薬の被験者としてピートが名乗りでる。一方、1人でトニーの研究施設に忍び込もうとするケンタをキムが必死で引き留め…。

チャーリーはウィリーによってどこかに連れ去られてしまう。その行方を追うベイブたちは、トニーの研究所に潜入したケンタからの情報で、ウィリーがチャーリーを人質にとりトニーと交渉しようとしていることを知る。さらに、レース会場でチャーリーを引き渡すことが分かり…。

ベイブは無事チャーリーを救出するが、ウィナーと対決したディーンが行方不明になってしまう。ベイブたちがディーンは死んだと考える中、アランだけは無事を信じていた。一方、ピートの研究所では、ウィリーを利用して能力分解薬を改良するアイデアを得ようとするが…。

ピートたちは、ウィリーからトニーが研究する能力増強薬に意外な物が使われていることを聞き出す。一方、トニーとの取り引きで健康な体を取り戻したアランはジェフにプロポーズし、ベイブたちからも祝福される。そんな中、キムだけはアランの異変に気づき、ピートに相談するが…。

ベイブは、記憶を失ってしまったチャーリーを家に連れ帰り面倒を見るが、自分によそよそしい態度をとるチャーリーに落胆する。一方、チャーリーの血を使って能力増強薬の実験を続けるトニーは、その被験者としてケンタを利用する。薬を投与されたケンタは驚くべき能力を手に入れ…。

ベイブはトニーに捕らえられてるアランたちを解放させようと、チャーリーを連れてトニーの元へ向かう。そこへウィリーやピート、Ｘハンターの面々も駆けつけトニーと激しい銃撃戦となる。チャーリーを盾にとり、ベイブと対峙したトニーだが、実はそれはベイブとチャーリーが企てた計画で…。