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近代化が進む明治時代。病に倒れた家族を抱えて苦しむ元侍の嵯峨愁二郎は、莫大(ばくだい)な賞金を懸けた危険なゲーム"蠱毒"(こどく)への参加を決意する。

元伊賀忍者の響陣(きょうじん)が、愁二郎と双葉に対して生き残るための同盟を提案。その頃、ゲームの存在を知った政府高官は、侍による反乱の可能性が高まっているとの報告に危機感を募らせる。

誰が最初に次の通過点にやってくるかをめぐり、賭けに興じる主催者たち。双葉に自らの過去を語った愁二郎は、生き別れになっていた"妹"彩八(いろは)と再会する。

蠱毒の主催者の正体を暴くため、参加者たちの死体がどこに運ばれるかを突き止めようと提案する響陣。そこで愁二郎は、かつての同志である櫻と対峙(たいじ)する。

蠱毒の真のねらいが明らかになり、水面下で進む陰謀について警告すべく大久保に電報を打つ愁二郎。同時に双葉の身の安全も確保しようとする。

冷酷な京八流の処刑人、幻刀斎(げんとうさい)に追い詰められる彩八。宿命のライバル、無骨と激しい戦いを繰り広げる愁二郎。そして大久保は、蠱毒の黒幕に近づいていくが...。