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目覚めると、封鎖されたマンションに取り残されていた女子高生・涼花。母からのメッセージでこのマンションには謎の生物「X（サイ）」 がいることを告げられる。

幼馴染の修平もマンションに取り残されていることを聞き、電話をかける涼花。 合流する修平を待つ涼花に母が話した「X（サイ）」 の生態とは……

間一髪のところで「X（サイ）」 から逃げ切ることに成功した涼花と修平。マンションから離れようとする二人だが、突然意識を失ってしまう。

耳がよく、二足歩行するX (サイ)。夢で見たものとは異なる特徴をもつX (サイ) に困惑する涼花だったが、まずは合流するべく、修平の待つ4階に向かう。

修平の機転により、何とかX（サイ）の意識をそらすことに成功する。しかし、X（サイ）の追跡は止まらず、ついには修平がX（サイ）に捕まってしまう。

目が見えないX（サイ）の習性を利用し、無事エレベーターに辿り着いた涼花達。存在しないはずの31階で2人を待ち受けるものとは――

マンションに存在しないはずの31階にたどり着き、レベル2をクリアした涼花と修平。レベル3に臨もうとする涼花と修平だったが、修平の部屋に見知らぬ女の子が入ってきて―――!?

お菓子の家を発見した涼花。そこにはレベル3のX（サイ）である魔女がいた――。再びループした涼花は、ヘンゼルを救うため、修平とグレーテルと共に魔女との対決へ向かう。

捕まったヘンゼルとグレーテルを救うべく、魔女と戦う涼花と修平。蜘蛛の糸を使って身動きを封じる魔女が、4人を徐々に死に追い詰めていく。果たして勝負の行方は――⁉

魔女を倒した涼花たちは、エレベーターで32階へ向かう。そこに残された１枚の写真と自由帳に描かれていた内容を見て戸惑う二人。レベル4に進んだ涼花が部屋を出てみると、廊下に出ただけで死んでしまい…⁉

自由帳から何の手がかりも得られないまま、レベル4に挑む涼花と修平。為す術なく幾度も殺される恐怖に絶望しそうになる涼花だが、修平との会話の中で少しずつX（サイ）の姿が明らかになっていく。

X（サイ）の正体を掴み、決死の覚悟でレベル４の攻略に挑む涼花と修平。迫りくる住人たちを搔い潜り、やっとの思いで33階にたどり着いた２人は、そこで驚くべき事実を知る。