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レナたちが所属する美浜学園A組に、初等部のタイガがやってきた。タイガの上官に任命されたのは前線での戦闘要員ではないクリス。クリスはその理由をハンドラーのハルトに問う。そして、射撃訓練のためにはまず体力が必要だと指摘されたタイガは、厳しいトレーニングを自主的に繰り返していた。トレーニングで疲れて眠ってしまったタイガを背中に感じながら、クリスはある想いを抱くのだった。

タイガが研修に出かけた医科大学でテロによる爆発事件が発生。その犯人は新興宗教組織のメンバーで、兵器として転用可能なウイルスを手に入れることを画策していた。事件を知った国連は、ウイルスが世界中に広がるのを防ぐため熱処理兵器による空爆で建物ごと殲滅することを決定する。その知らせを受けたA組に指示されたのは、出動禁止命令。しかし、クリスは命令を無視してタイガの救出へと1人向かうのだった。

爆弾を使いテロリストを立ち向かうクリスだったが、敵の銃弾によって負傷してしまう。そんなクリスを救護するタイガはテロリストに囲まれ窮地に陥る。一方A組は、作戦失敗時には現場処分されることを条件に学園長から許可を得て現場へ出動。タイガとクリス救出のため、美浜学園A組がテロリスト殲滅作戦を開始する。

ムラサキの姉・ユーキが海外赴任を終えA組に帰ってきた。ユーキは人の懐に入ることや嘘が得意で学園長やハルトとも仲が良く、その慣れ慣れしさにレナは多少苛立ちを感じてしまう。また妹のムラサキは、ユーキがA組に戻ってきてから調子を崩していた。ユーキとムラサキの間に何があったのか。ハルトは2人と出会った頃の話をレナたちに語る。

SORDが生まれるより数年前。ハルトは山奥にあるユーキの実家を訪れていた。彼女の村には「幻刀(ファントムブレード)」という特殊な技が伝えられているらしい。師匠を超えるため剣の技を会得するまでは帰らないと決めたハルトは、村で生活することに。そこでユーキの妹・サキ（ムラサキ）と出会う。サキは人見知りだったが少しずつハルトに心を開いていく。そんなある日、村が襲撃され、サキはその犯人がハルトだと思い込み暴走してしまう。

まだSORDが「ファントムトリガー」と呼ばれていた頃の話に遡る。とある実験で生まれたハルトは美浜学園の生徒である仙石イチル、野上たちによって育てられ、その中の1人・蒼井アオイによく懐いていた。日々、裏稼業をこなしながら慣れない子育てに振り回されるアオイたち。そんな人殺し集団の中で、ハルトはすくすくと成長していく。いかにして「蒼井ハルト」という存在が生まれたのか。その過去が遂に明かされる──

ハルトは幼いながら現場を経験し、人斬りとしての才能を見せはじめていた。ある日、宗教組織を壊滅させる仕事がファントムトリガーのもとに舞い込んできた。ハルトもアオイたちと共に、敵の本拠地に向かい作戦を決行する。しかしそこに居たのはハルトたちがよく知る人物だった。

美浜学園A組に海外派遣の話が浮上し、担任の有坂は決断を迫られていた。有坂はレナたちと面談をして、彼女たちそれぞれが何を守るために戦いに赴こうとしているかを見定めようとする。そしてA組が向かう戦場には、エニシとクロエがいる新興宗教組織“ザ・フェイタル・アンサー(TFA)“が待っていた。

SORD全部隊が招集される前代未聞の大規模作戦。レナとマキは前線に向かい、トーカとグミは狙撃のため森に潜み、ムラサキとユーキは情報収集のため敵基地に潜入し、クリスとタイガは救護を担当する。各々が自分の仕事をする中でハルトはクロエが率いる敵部隊と遭遇する。アオイを殺した宿敵に、ついにハルトが刃を向ける。

一般市民のパトリックとブルーノは、戦場の死体から装備品を剥ぎ取る生活を繰り返していた。 戦争が激化し緊急サイレンが鳴り響く中、彼らは地下壕で幼いシスターたちと出会う。 シスターたちを連れて戦場からの逃亡をはかろうとするパトリックたちだったが、高射砲が塹壕を破壊し、熱波が悪夢のように少女たちを襲う。 ただ生き残りたい…と願う彼らが戦場で見たものとは。

新興宗教組織“ザ・フェイタル・アンサー(TFA)“との戦いが最終局面を迎える中、トーカたちは山岳地帯で少年兵に囲まれ絶体絶命の危機に陥る。一方、前線で孤立してしまったレナは、マスターであるハルトのため強敵クロエと戦っていた。美浜学園のメンバーたちがそれぞれの戦場で戦う中、かつてのファントムトリガーが大きな決断をするのだった。

ダム崩壊の情報を聞きSORD全軍は撤退を決断するが、美浜学園のメンバーが前線から戻ってこない。マキはロシアで殺し屋をしていた頃に恨みを買った男に苦戦を強いられていた。そしてレナは、クロエに追い詰められ死の境を彷徨いながら、ハルトに拾われた頃のことを回想する。

美浜学園A組のメンバーを探すハルトは敵軍の本部に侵入しクロエと再び邂逅する。一方、銃弾を受けたエニシは負傷しながらもエレベーターで基地からの脱出を試みる。そんなエニシを追うのは美浜学園学園長・仙石イチル。最後に生き残るのは誰か。SORD vs TFAの戦いが終結する。これは、血と硝煙に彩られたファントムトリガーたちの物語──