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倉庫で働く青年ホシミコウセイは、自分の作った焼きそばを盗み食いする記憶喪失の謎の男に出会う。突如走り出した男を追ったコウセイは、街で発生した怪獣被害に巻き込まれてしまう…！避難所で出会った少女を気遣うコウセイの優しさに触れ、怪獣から街を守る決意をした男の手に、赤き光が宿る！

記憶喪失の男は自分の名をオメガと名乗った。コウセイは男を倉庫に連れ帰り一緒に住み始める。依然として記憶を取り戻さない男だが、2人はニュースに映る怪獣の正体を探りに森に向かう。向かった先の森の中で生物学者のイチドウアユムと出会う。男の名前をソラトとアユムに紹介するコウセイ。3人は力を合わせ、怪獣の捜索を開始する。

いまだに記憶を取り戻さないソラトに聞きたいことが聞けずアユムは残念に思う。何かを感じ突然移動するソラトと、それに付いていくコウセイとアユム。着いた場所はソラトが目覚めた山奥だった。ソラト達は記憶を取り戻すための何かを探すが、そこでコウセイが不思議な石を発掘する。そのタイミングで暗雲に覆われ、空から冷気を纏う怪獣が現れる。怪獣の目的もこの石だった！怪獣に襲われ絶体絶命のコウセイの前に、石の中から超能力を操る青いカイジュウが現れる！！

休日の太陽倉庫にオーナーのオオヤサブロウが訪ねてくる。釣りに出かけようとする3人だが、アユムからも怪獣のことで連絡が入り、感情のすれ違いによりソラトとコウセイは喧嘩をしてしまう…。それぞれの想いが交錯する中、透明怪獣に苦戦するソラトを助けたいというコウセイの想いに、レキネスが応える！

コウセイが送り忘れてしまった荷物を届ける為、1人で田舎町に向かうソラト。そこでソラトは鉄を食べる大蛇をミコトと呼ぶ少女ミコと、叔母のササコと出会う。彼女達と仲良くなったソラトだが、ミコトとミコの間にはとある秘密が隠されていた…！

山奥の工事現場に怪獣が出現！だが、その怪獣は何故か突然死んでしまった！？山奥に怪獣の調査に向かうアユムと後輩のカミヤだったが、その山中に同種の怪獣が現れ、追いかけ回された2人は遭難してしまう…。ひたすらに街へを歩み続ける怪獣の本当の目的とは？

度重なる戦闘の疲労によりソラトが風邪をひいてしまった！コウセイは看病の傍ら、オメガのフェイク動画で再生数を稼ぐオオカミ君の配信を視聴する。レキネスに共鳴する三日月型の石を、再生数を伸ばす為狙うオオカミ君と野次馬達から守るため、ソラト不在の中、コウセイは街中を走り回ることに！？

度々超常現象が発生するという霧降山。そこで濃霧の中に発生するというブリガドーン現象を研究するオカルトサークルを、ソラトとコウセイを連れて訪ねるアユムだったが、偶然発生したブリガドーン現象によって開いた異空間にアユムが遭難してしまう！

朝食のバナナを取り合うソラトとコウセイに、冬眠中の怪獣が発見されたというニュースが舞い込む。調査に来ていたアユムと合流し、冬眠中の怪獣を匿う日本有数の大企業「カネナリコーポレーション」に潜入する3人だったが、そこでアユムは怪獣保護を謳うカネナリ社長にスカウトされてしまう…！

ソラトとコウセイに密着取材の依頼が舞い込んだ！？ 熱心な記者のマキによる本気の密着取材で、いつもの調子がでないソラトとコウセイ。 遂に、温泉地に出現した怪獣を取り逃がしてしまった事をきっかけに、2人は大喧嘩になってしまう！

怪獣退治にも置いて行かれ、オメガが世間からなかなか支持を得られないニュースにも苛立つコウセイは、再びグライム出現の知らせに飛び出してしまう。 一方、NDFのタイラ カズヤスと合流したアユムはグライムの捕獲作戦を実行するが、事態は思わぬ方向に動き出す。

怪獣と向き合う事にコウセイを巻き込んでしまっていた事を後悔し、太陽倉庫を出ていく決意をするソラト。\nソラトが去り、失意の中さまようコウセイは、現場調査をする研究者の女性との出会いと交流の中で、自らのやりたかった事を問いなおす。 その頃、ドグリドまでも取り込み、更に強力になったエルドギメラを倒す為、NDFでは一大作戦が計画されていた。

エルドギメラとの戦いの中で、レキネスを呼び出す姿をアユムに見られてしまったコウセイ。 コウセイはソラトと共に、脱線しながらも今までの出来事を思い返し、アユムへの説明の仕方に悩む。 アユムが到着し、緊張に包まれた太陽倉庫の中に、1匹の珍客が訪れる！？

大仁市に黒いメテオを首に掛けた謎の男が舞い降りた。 一方その頃、太陽倉庫にコウセイが現場調査で知り合ったウタ サユキが突如訪れる。 アユムの師でもある天才科学者のウタ サユキとのマイペースなやりとりも束の間、ソラトの命を執拗に狙う侵略者の魔の手が襲い掛かる…！

謎の生命体ゾヴァラスは、黒いメテオを持つメテオカイジュウ・ヴァルジェネスと、オメガの過去に深く関わっていた。\n怪獣を操る強力な能力を持つゾヴァラスからヴァルジェネスを救う為、サユキとアユムに頼る決心を固めるソラトとコウセイ。 オメガ抹殺と地球支配を目論むゾヴァラスを打倒する為、4人はNDFも巻き込んだ決死の作戦を開始する！

サユキから怪特隊特務班の誘いを受け、チームへの参加を決心するソラトとコウセイとアユム。 活動拠点として太陽倉庫に機材を準備する中、いきなり初任務として、漁港に現れた怪獣の調査任務が舞い込む！？ 謎の怪獣調査の為、ソラト達は新型装備を手に、怪特隊として初出動する！

NDFの開発した新兵器により、人類は遂に怪獣の単独撃破に初成功する！\nしかし、確かに倒されて死んだはずの怪獣が突如活動を再開！？ 怪特隊とNDFは連携して防衛作戦を展開するが、事態は刻々と悪化していく…。 不死身の怪獣の弱点を探る為、ソラトとサユキは北の永久凍土へと飛ぶ！！

コウセイはレキネス・トライガロン・ヴァルジェネスの実戦トレーニングとして、ソラトに勝負を挑む！ しかし練習場として訪れた山奥は、メテオカイジュウをお宝としてつけ狙うバロッサ星人ザーゴンのアジトだった！？ ザーゴンに捕まってしまったソラトとコウセイだが、コウセイの前に不思議な少女、ギルダが現れる。

苦労するけど最高に面白い？　トクサツ撮影に夢中な少年エーイチは、突如大仁市に現れた怪獣の撮影中に不思議な赤い結晶を拾ってしまう。 その結晶は、人々のネガティブな感情を吸収してエネルギーに変えてしまう、宇宙から落ちてきた未知の物質であった。

謎の重力波の調査に廃工場へと出動した怪特隊ウタ班。そこに居たのは、時を渡る能力を持つ、傷付き怯えた小怪獣だった！ 小怪獣に導かれ、辿り着いた世界でソラトとコウセイが見たものは、怪獣を殲滅する為に発展を続けてしまった来たるべき人類の未来の姿で…。

サユキが不在の隙に、怪特隊本部からサユキのライバルを自称する監督官、雷音寺マコトがやってきた！ 謎のタケノコ怪獣出現の知らせに調査を開始するソラト達だったが、居丈高な雷音寺によって意見を全て拒絶されてしまう…。街の平和とウタ班の誇りを守る為、班長代理を任されたアユムの決断とは！？

世界中で頻発する怪獣災害に対抗するため、人類は怪特隊を超える国際的組織の発足に乗り出した！ 一方、謎の信号をキャッチしたソラトとコウセイはアユムの指揮の下、現地へ向かう。 しかし、そこには怪獣ではなく、かつて地球に落ちてきたばかりのソラトを助けてくれた人物からの、ソラトの過去に関わる重大なメッセージが残されていた！

明らかになったソラトの過去に、動揺するソラトとコウセイ。 ソラトは、「もう１人のソラト」から真実を伝えられたことで、遂にかつての自分を取り戻していく！ だが、その間にも世界では刻一刻と「目覚めの刻」の影響が広がり続けていた。人類と怪獣の苛烈な生存競争は、その激しさを増す一方で…。

オメガの目的が明かされ、太陽倉庫に流れる重い空気を切り裂くように、突如怪獣襲来の警報が鳴り響く！ だが、モニターに映し出された怪獣の姿は、既に倒したはずの強敵、エルドギメラに酷似していた。 かつて敗北を喫した宿敵の面影までも宿す怪獣と対峙し、オメガが下した決断とは…？

オメガの冷徹な瞳が、滅びゆく人類の未来を観測し続ける。 怪特隊とNDFは、今までの経験から得た知識と技術を総動員するが、ゾメラの圧倒的な進化は、留まるところを知らない…。 ソラトの遺してくれた大切なものを必ず守ってみせる！ かけがえのない友と培った決意と誇りを胸に、生還をサユキとアユムに誓ったコウセイは、最後の逆転を賭けた決死の戦いに駆け出す！！