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捜査一課の刑事・涼宮亜希（杏）は、相棒の高木（濱田岳）と共に河川敷で発見された変死体の検分のため現場に臨場するが、死体は全身の血を抜かれ、奇妙な焼き印を押された上に、“愛”の意味を持つ花を手にしていた。同じ頃、フィンランドでも同様の手口で殺された遺体が発見される。亜希は上司の反対を押し切り単身フィンランドに渡る。フィンランド国家捜査局のヨン・ライネ（ヤスペル・ペーコネン）と共に捜査を開始するが…。

謎の暴漢にホテルで襲われた亜希は、ヨンの家に居候することに。ヨンやカトリーナ（アリナ・トムニコフ）とともに捜査を開始するが、有力な手掛かりは得られぬままだった。一方日本では、亜希の弟・涼宮龍二（高杉真宙）が父・涼宮徳朗（國村隼）の意向でこの事件の指揮を執ることに。そんな中、亜希は殺人事件の起こった日付と遺体の焼き印に重大な意味があることに気付く。焼き印を解析すると、奇妙な紋様が現われて……。

亜希はヨンの知人でドイツ人天才ハッカー・ゼター（ゼファン・スミス=グナイスト）の助けを借り、紋様が日本の祭りのものと酷似していることを突き止める。亜希はヨンとともに捜査のために日本に戻ると、鹿山警察署副所長・北島（古舘寛治）の案内で祭りの行なわれる神社を訪れるが、そこで、ついにフィンランドとのつながりを発見する。また、一見無関係に思われた被害者にも重要な共通点があることに気づくのだが……。

本鹿山神社の神木を譲り受けたのがフィンランド人のエサであったことを突き止めた亜希とヨンはフィンランドに戻るとエサの家に向かう。だが、監視下にあったはずのエサはすでに息絶えていた。重要な手掛かりを失った亜希だったが、日本で手に入れた資料の英訳を通訳・田中（早乙女太一）に依頼する。一方日本では高木と龍二が本橋殺しの犯人につながる重要な証拠を手に入れ亜希に送るが、そこに写っていたのは意外な人物だった！

カトリーナと一緒にいたヨンは事情聴取を受け、事件の担当から外れることに。一方、カトリーナの自宅で見つかったUSBデータの解析を頼まれた亜希はゼターに相談する。解析の結果、本鹿山神社の神木が保管されている場所が分かる。単身その倉庫に捜査のために向かった亜希は、意外な人物が自分を待ち伏せしていることを知る。

銃撃戦で重傷を負ったヨンは病院に運ばれるが一命を取り留める。警察の監視下に置かれることになったヨンは、ヴィルヤミとニコとのやりとりで、亜希が行方不明になっていることを知る。高木の協力を得て、亜希の向かった先を突き止めたヨンは病院を抜け出すが、そのせいで警察に追われる身となってしまう。

謎の団体に連れ去られた亜希は、自身がその団体の象徴的存在であることを知り混乱する。ゼターが残した手掛かりで、亜希が連れ去られた場所を突き止めたヨンは、亜希を救い出し逃げようとするが……。

再び捕らえられた亜希とヨン。一連の連続殺人事件には第2次世界大戦時にさかのぼる因縁があることが分かる。亜希の身に刻々と迫る危機。2人は離れ離れになってしまい……。