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青森出身の少年・南響也（キョウヤ）は、親戚であり、大人気音楽ユニット「SI-VIS」のリーダーでもあるYOSUKEに憧れ、新メンバーオーディションのために上京する。渋谷で謎の少女・凪と出会ったキョウヤは、「SI-VIS」の新曲プロモーションを目撃すると共に、謎の災害「ミラージュ」に巻き込まれてしまう。

世界を消滅させる謎の災害「ミラージュ」での戦いの中、YOSUKEは命を落とした。さらに、彼の存在の一切が人々の記憶から消えているという現実を目の当たりにしたキョウヤは、立ち直れないほどの絶望感に苛まれる。そんな彼に、「SI-VIS」の一員であるソウジは、青森に帰れと告げ……。

「SI-VIS」の新メンバーとなったキョウヤ。だが、類まれな身体能力を持ちながらも、アーティストとしての繊細な表現力やメンバーとの連携に苦戦する。凪に背中を押されつつ、聖那に与えられた課題をこなすキョウヤがついに初ステージを迎えるそのとき、「ミラージュ」の出現予告が飛び込んでくる。

初ステージと初バトルを無事にこなしたキョウヤ。ようやく持ち前の明るさを取り戻し、何かと反りが合わないソウジとぶつかったり、μにSNSのネタにされたりしつつも、充実した学園生活を送っていた。そんなキョウヤのもとに、絶望的な表情を浮かべた泪からある「お願い」が……。

ニューアルバム制作とチームワーク再構築のため、「SI-VIS」の一同は山奥での合宿を開始する。最初はぎこちなく、互いに距離を感じていたメンバーだったが、共同生活や音楽作りを通じて少しずつ心を通わせていく。だが、そんな空気をぶち壊すかのように、セイレーンからとんでもない爆弾が投下される。

合宿以降、「SI-VIS」はメンバー間の結束が高まり、また新PVも注目を集めるなど、いい流れを掴めていた。だが、そんな空気に水を差すかのように、新たなミラージュの出現が観測される。それは、東京臨海副都心、全域。今までの10倍以上の規模の滲出に対し、アルバム発売記念ライブで迎撃するよう指示が下る！

学園祭の招待チケットを渡すため、凪をデートに誘ったキョウヤ。μとJUNEがこっそり見守る中、初めてのデートはぎこちなくも、どこか温かい時間に。しかしその穏やかな時間の裏で、「SI-VIS」を待つ新たな運命が静かに動き出していた。

ついに幕を開けた学園祭。キョウヤ、μ、ソウジはそれぞれのスタイルで注目を集める。そんな中、JUNEのライブに訪れたクリオスは、彼の歌声に心を動かされ、自らの “目的”と向き合う葛藤に揺れる。熱気に包まれた学園祭は、不穏な影をまとい後夜祭へ……。

三枝学園に「ミラージュ」が出現！ 「XENOS」からの攻撃を受ける中、「SI-VIS」メンバーは生徒たちを守りつつ、ライブステージでの反撃を計画する。だが、「XENOS」の正体を知ったJUNEは、憎しみに囚われてしまう。激動の学園祭、いよいよクライマックス！

夏休みが明け、学園生活が再開。凪が学園祭で歌った映像が話題になる中、泪たちは脅威を増す「XENOS」に対抗するため、凪の育成に本格的に取り組む。しかし、キョウヤは凪が「SI-VIS」の新メンバー候補に挙げられていることに動揺してしまい……。

セイレーンとキョウヤの溝が埋まらぬまま、リフレッシュのため、社長所有の無人島を訪れた「SI-VIS」メンバーたち。そこでμたちが発見した洞窟に記されていた文字に、キョウヤと泪はYOSUKEの影をみる。一方、セイレーンは凪にキョウヤの隣で戦う覚悟を問う。

次なる「ミラージュ」発生地は、キョウヤの故郷・青森だった。人口の少ない土地で不利を強いられる「SI-VIS」。全国へのライブ中継でイデアを集めようと奮闘するが、リュコスの猛攻に追い詰められていく。「SI-VIS」、逆転の一手は……!?

キョウヤをかばい、重傷を負ったセイレーン。「SI-VIS」メンバーは、葛藤の中で新体制に向けた特訓を開始。センターとしての覚悟を決めた凪は、心には不安を抱えつつも、過酷なレッスンに身を投じていた。そんな彼らの様子を、遠くから見つめる人物が……。

セイレーン離脱の危機に揺れる「SI-VIS」。心折れ、故郷に戻ったキョウヤのもとへ、ソウジが訪ねてくる。ぶつかり合いながらも、互いの想いを確かめていく二人。だが、戦いの中でリュコスを失ったクリオスが、復讐のために動き出していた！

突如六本木上空にミラージュが滲出。キョウヤとソウジが不在の中、「SI-VIS」は凪を新センターに、ゲリラライブで迎え撃つため準備に奔走する。一方、後れを取ったキョウヤとソウジも、合流を目指し命懸けの行動に出る。

セイレーン負傷の復帰を信じて奔走するキョウヤと、センターとしての重圧と向き合い続ける凪。一方で、ハルモニア内部にはこれまで隠されてきた“ある秘密”が浮上し、スタッフの間に波紋が走り……？

異変が起きたハルモニアビルに集結するキョウヤたち。中では凪やμが奇妙な迷宮「ラビリンス」に閉じ込められていた。敵の狙いが徐々に明らかになる中、分断された「SI-VIS」メンバーたちは、それぞれの信念と仲間への想いを胸に「XENOS」に立ち向かう！

ハルモニアビル前でライブを終えた「SI-VIS」の前に、謎のカウントダウンが出現した。それは、「XENOS」からの合図だった。現れたのは、「XENOS」の指導者アポロン。かつてないほどの強大な存在を前に、キョウヤたちは……!?

アポロンとの激闘の直後、崩落したハルモニアビルの映像が世界へ広まり、「SI-VIS」は消息不明として扱われる。混乱が渦巻く中、メンバーたちは新たな拠点で体勢を立て直し、凪やYOSUKEにまつわる隠された事実と向き合っていく。一方、「XENOS」側でも大きな変化が進行し、地球と凪を巡る状況はさらに複雑さを増していく。やがて、次の戦いに向けて運命の選択が迫られようとしていた。

世界に「XENOS」の存在が知られ始め、世界中が混乱に包まれる。「SI-VIS」は凪を取り戻すため、地球を離れ「XENOS」本星へ向かう準備を進める。その頃、凪は異星のコロシアムに立ち、かつて歌姫が担ってきた使命に触れる。戦いの舞台は、ついに宇宙へ……！

「XENOS」本星へ辿り着いたキョウヤたちは、凪が囚われているコロシアムを目指して進む。その裏で、地球各地の政治中枢に同時発生するミラージュ。サマエルはすべてを見下ろし、「SI-VIS」に“競争”を仕掛ける。凪を舞台に引き上げ、地球を人質にした歪なゲーム。狂気と愉悦の狭間で笑うサマエルの真意を測れぬまま、「SI-VIS」は決断を迫られる。

「XENOS」本星では、アポロンがついに地球の全てを奪うための最終計画を発動しようとしていた。その中心にいるのは眠り続ける歌姫エデンと、彼女の力を引き出す装置。そして鍵となる凪の存在。満身創痍な状況の中、キョウヤが立ち上がる……！

地球を滅ぼそうとする巨大兵器コキュートスに対し、「SI-VIS」はミラージュでの決戦へ。メンバーは無重力の戦場を駆け、凪は眠る母エデンに語りかける。地球に絶望が広がる中、ステージに向かったのは、スーパースター・セイレーン。「SI-VIS」史上最高のライブが始まる！

富士山頂に現れたアポロンを前に、「SI-VIS」は世界中を巻き込む壮大なステージを展開する。地球の命運を懸けたライブは、新たな未来を掴むためのアンコールへーー！