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高校一年生の夜科アゲハは、人助けで事件を解決する万屋をやっている。だが実際は、暴れる理由が欲しいだけの空虚な少年だ。アゲハは、通りすがりの公衆電話で、怪しげなテレホンカードを見つける。それは幼馴染の雨宮桜子が持っていたものと同じものだった…。その後、雨宮は「助けてよ…」とアゲハに言い残し、行方不明になる。アゲハはカードを調べ、とある都市伝説に行き着く。『秘密結社サイレンとその使者・怪人ネメシスＱが、人間達を楽園へ導く…』噂を鼻で笑うアゲハだったが、カードを狙い、謎の刺客達が現れる。追い詰められるアゲハ…。助けを求め、鳴り響く電話に出た次の瞬間、その身は見知らぬ荒野に飛ばされていた。

サイレン世界で再会したアゲハと雨宮。しかし、雨宮は疲労で意識を失ってしまう。その時、アゲハは廃墟に集まった人々と遭遇。それはサイレンのゲームに参加した金の亡者達だった。サイレンの謎には多額の懸賞金がかけられていた。だがその中、朝河飛龍だけは行方不明になった友、タツオを探していた。突如、人々の脳裏に声が響き渡る。『サイレンに辿り着いた者に世界の全てを！ゲートを探せ！』「外には怪物がいる！」アゲハの制止を聞かず、欲に駆られた人々は次々と外へ出て行く。助けようと後を追うアゲハだが、その思い虚しく、怪物が次々と人々を殺害していく。

飛龍は衰弱した雨宮を連れゴールを目指す。しかし、その前にタヴーが立ち塞がった。絶体絶命となった時、目を覚ました雨宮がPSIの力でタヴーに立ち向かう。PSIとは脳を超覚醒することで発揮される力である。更に、駆けつけたアゲハの一撃がタヴーの弱点を貫き、一同はゴールに辿り着く。その後、アゲハと飛龍は、雨宮から世界的ピアニスト、八雲祭の待つ場所へ呼び出される。祭は、二人にサイレンのことを語り始める…。

雨宮の元でPSIの訓練を始めるアゲハと飛龍。次の呼び出しまでにPSIを使いこなせなければ、生きて帰れる保証はない。飛龍は順調にコツを掴むが、アゲハは苦戦していた。一方、テレビ局では、人気俳優の望月朧がサイレンの特集番組に出演していた。朧もまた、サイレンのカードを手にした一人だった。カードの話をしようとした朧だが、突然、心臓発作に襲われる。カードを手にした者は、サイレンの話を誰にも漏らしてはならない。守らなければネメシスＱから死の制裁が下されるのだ。また一方、お調子者の霧崎兜もサイレンのカードを手に入れ、それで一攫千金を狙っていた。そんなサイレンドリフト達に、運命の電話が鳴る。