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ピカピカに掃除されたリビング、綺麗に畳まれた洗濯物、丁寧に手洗いされた食器。全てはここ日向家に居候している宇宙人「ケロロ軍曹」による仕業であった。冬樹と夏美、そして友人たちは、ケロロから日頃の感謝を込めてまるで現実世界を再現したかのようなミニチュアの街に招待され思い思いの時間を過ごす。しかしこの至れり尽くせりのおもてなしはケロロ小隊によって仕組まれた地球（ペコポン）侵略作戦の一環だった！

第1話から時は遡りケロロが地球に来て間もない頃の話。日向冬樹と姉の夏美は偶然自宅に潜入していた宇宙人ケロロ軍曹を発見。オカルト大好き少年の冬樹はケロロと友達になることを提案する。／宇宙人のプライベートに興味がある日向秋から専用の部屋を与えられるケロロ。早速居心地の良い空間へ改造するも、実はこの部屋には知られざる秘密があるらしく…？

冬樹に密かな想いを寄せる同級生、西澤桃華が冬樹とお近づきになりたくて用意したのは、ケロロ以外に地球に来ていた新たなケロン人だった！？／全ては日向君に急接近するため。南の島を舞台に西澤家による完全バックアップのもと、恋の大作戦＆バカンスが幕を開ける。一方で同行したケロロたちはこの島に伝わる奇妙な現象の真相に直面するのであった。

「1999年7月に地球は滅亡する」という大予言は外れて時は21世紀。冬樹のもとに空から降ってきた女の子によると、自分があの時地球を滅亡させる予定だった「恐怖の大王」らしく…？／じめじめした天気が続き嫌気がさす夏美。その一方で絶好調のケロロ。彼は故郷であるケロン星の気候に近い日本の「梅雨」の湿度によってパワーアップしたのであった。

日向家の3人を遠くから偵察する赤い影。彼はケロロ小隊のメンバー「ギロロ伍長」。全く地球侵略が進んでいない隊長の怠けっぷりに痺れを切らし、ケロロの元へ現れたのだった。／青空に鳴り響く号砲を敵襲と勘違いするケロロ小隊。否、これは運動会が開催される合図。運動が苦手な冬樹は憂鬱な一方、ママと親子二人三脚に出場するのを楽しみにしている夏美だが…