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小学校教師・一ノ瀬生琉（向井康二）の人生はどん詰まりだった。それまで勤めていた学校で、やることなすことすべてが裏目に出てしまう。しかし、心機一転とばかりに4月から転任した渋谷区立渋谷第三小学校でも、1ヶ月も経たないうちに保護者からのクレームの嵐にため息が止まらない。そこで生琉が出した答えは「期待を捨て無難に過ごす」というものだった。 ある日、生琉の不注意で同僚教師・梨木彩葉（上白石萌音）が持っていたプリントを散乱させてしまう。生琉はプリントを拾いながら自分の不運体質をこぼしていると、彩葉はそんな生琉のことを前向きに肯定する。意外な言葉をかけてもらい胸を衝かれた生琉だったが、一方の彩葉はどこか思い詰めた顔をしていた…。 そんな中、公立の小中学校教師などの有志で、GW中の渋谷をパトロールする集まりに生琉は参加していた。同じく参加予定の彩葉だったが、なぜかあてもなく渋谷を彷徨っていた。やがて雑居ビルの屋上へ。そして、手すりの外に立つ彩葉は、ある思いを胸に抱いていた。 同じ頃、パトロール中の生琉は屋上の手すりの外にいる彩葉を見つけ、「もしや」と思い駆け出していた。やっとの思いで屋上に辿り着き、彩葉に駆け寄った生琉だったが、その不運体質が邪魔をして…！？ 二人の運命が大きく動き出す！？

江戸時代からやってきて、梨木彩葉（上白石萌音）となったいろは（上白石萌音）にとって、現代社会は驚きの連続だった。すべてに大げさな反応を見せる彼女を連れて帰った生琉（向井康二）は、うんざりしながらも、いろはが嘘をついているようには見えず、現実を受け止めるしかなかった。一方、一緒に暮らす不登校中の妹・沙耶（白山乃愛）は、いろはの事情を話すと意外にもあっさりと理解してしまう。 連休が明け、いよいよ学校が始まる日が訪れたが、いろはと彩葉が元に戻ることはなかった。沙耶の手助けにより、なんとか現代人らしく話せるようになったいろはだが、江戸の手習い所とはまるで勝手が違う令和の学校で、いろはに教師など務まるはずがない――生琉はそう確信していた。 始業当日、なんとか朝の職員会議を乗り切ったいろはは、いよいよ受け持ちの3年3組の教室へと向かう。しかし、いろはの挨拶に応える児童は一人もおらず、教室はまるで無法地帯と化していて･･･！？

梨木彩葉（上白石萌音）に入り込んでしまったまま、いろは（上白石萌音）は生琉（向井康二）との同居生活を送っていた。生琉は、いろはに「格好いい」と言われて以来、動揺を隠せずにいた。一方のいろはは、ひょんなことから自分の生きていた時代の行く末を知り、複雑な思いを抱く。しかし、いろはの尊敬する算学者・関孝和（大森元貴）が現代では“算聖”と呼ばれていると生琉から聞き、いろはは関に想いを馳せるのだった。その表情からただならぬ関係を感じ取った生琉は…！？ そんな中、生琉は幼馴染の佐伯凜花（剛力彩芽）に呼び出され空港へとやってきていた。幼馴染とはいえ、これまでも度々生琉に連絡をしてきていた凛花との関係は一体…。 月曜日、学校へ出勤したいろはは、タブレットを使った授業を行わなかったことで、いろはは同僚教師の真島玲二（山中柔太朗）と言い合いになってしまい…！？

関（大森元貴）との約束を思い出したいろは（上白石萌音）は、ある絵馬を探しに生琉（向井康二）と一緒に現代にも残る神社へと向かった。だが、いろはの関に対する思いが強いことを知った生琉は、複雑な感情を抑えきれずいろはと口論になり、一人で帰宅してしまう。 残されたいろはは、あてもなく渋谷の街を歩いていると、裏路地で夜遊びをしていた3年1組の児童の佐野直也と偶然出会う。怒るでもなく夜も遅いからと直也を自宅まで送るが、そこで直也の複雑な家庭環境を知ったいろはは、家に上げてもらい晩御飯を作ってあげることに。しばらくすると、直也の父・蓮司（大森元貴）が帰宅。そこには関と瓜二つの姿が！ 驚きののち、いろはの胸には慕情が込み上げてきて･･･。 後日、学校で直也が原因のトラブルが発生！？ 怒鳴り込んできた保護者に担任の真島（山中柔太朗）をはじめ、いろはや生琉は･･･。