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유전학을 연구하는 대학원생 하루카는 4년 전에 폭우로 실종된 의붓여동생 시하루가 아직 살아있다고 믿고 있다. 어느 날, 하루카는 은사인 이시미자키 교수로부터 인도 루프쿤드 호수에서 발굴된 200년 전 인골의 DNA 감정을 의뢰받는다. 그런데 그 DNA가 시하루의 것과 100% 일치한다는 놀라운 결과가 나온다. 하루카는 이 불가사의한 비밀을 풀기 위해 움직이기 시작한다. 그런 하루카 앞에 이시미자키의 조카 유이가 나타나 뜻밖의 사실을 전하는데...

이시미자키 교수의 부탁으로 200년 전 뼈를 감정하던 하루카는 그 뼈의 DNA가 실종된 의붓여동생 시하루의 DNA와 똑같다는 사실에 당황한다. 이시미자키의 조카인 유이는 사촌 마리도 실종됐다며 함께 진실을 밝혀내자고 제안한다. 두 사람은 그 과정에서 발생 생물학 권위자 센바 카요코가 무슨 관계가 있는 게 아닌지 의심하게 된다. 하루카의 새아버지 쿄이치는 이시미자키가 좋지 않은 방법으로 뼈를 손에 넣었을지도 모른다며 더는 관여하지 말라고 하는데...

쿄이치에게 강제로 입원당할 위기에 놓였던 하루카는 유이에게 그 일을 털어놓고, 유이는 이시미자키 교수와 친분이 깊었던 쿄이치가 고대 인골 사건에 얽혀 있을 것으로 의심한다. 한편 니치에 제약을 취재하던 기자 오노데라의 집이 털리고, 동료 기자 히라마에게 오노데라의 휴대폰으로 의문의 전화가 걸려 온다. 하루카와 유이는 이 사건의 내막을 아는 센바 카요코를 뒤쫓으며 시하루와 200년 전 고대 인골의 유전자가 같다는 기묘한 비밀을 밝혀내려 하는데...

하루카는 우시오와 대치하는 상황에 놓인다. 쿄이치는 센바로부터 '로그제로' 처리를 서두르라는 압박을 받고, 형사들은 하루카를 의심하며 그의 행방을 쫓는다. 유이와 합류한 하루카는 200년 전 인골이 발굴된 루프쿤드 호수에 사건의 단서가 있을 거라 추측한다. 한편, 히라마 기자는 코지마를 통해 니치에 제약을 둘러싼 심상치 않은 움직임을 포착하고, 마에하라는 어떤 시설에서 증거 인멸을 시도하는데...

시하루가 원래 이 세상에 존재하지 않는다는 형사의 말에 하루카는 충격을 받는다. 풀려난 하루카는 니치에 제약의 사장이자 의붓아버지인 쿄이치에게 어떻게 된 일인지 캐묻지만 예상치 못한 대답이 돌아온다. 한편 히라마 기자는 27년 전 사건을 파헤치다가 니치에 제약과 종교 단체 ‘주모쿠회’ 사이의 연결고리를 발견하고, 마침내 그곳의 홍보부장인 카스가와 마주한다. 그 무렵 하루카 역시 모든 것을 뒤집을 충격적인 진실을 마주하는데...

200년 전의 인골과 시하루의 DNA가 일치하는 이유를 조사하던 유이는 니치에 제약의 사장인 쿄이치를 찾아가서 시하루의 행방을 묻는다. 쿄이치는 이시미자키에게 부탁한 일이 있었다고 밝히며, 그가 살해된 이유에 대해 충격적인 사실을 털어놓는다. 한편 하루카는 진실을 확인하기 위해 무모하다고도 할 수 있는 계획을 세운다. 마침내 루프쿤드 호수에서 진행됐던 연구의 전모가 드러나기 시작하는데...