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세손 시절 할아버지인 영조가 아버지인 사도세자를 죽게 했던 일이 회한으로 남아 있었던 정조는 죽은 아버지의 환갑잔치(사갑연)를 치르기 위해 정약용을 암행어사에 임명하고 환갑잔치가 열리는 수원까지의 원행길을 살펴보라고 명한다. 정조의 개혁에 반대하는 벽파 세력인 김종수와 심환지는 사도세자 죽음을 둘러싼 금등문서의 출현으로 진실이 밝혀질까지도 모른다는 사실에 커다란 위협을 느낀다. 또한 새로운 세상을 만들려는 민초 세력의 우두머리인 문인방은 정조 암살을 계획하고, 당쟁으로 인해 소외당한 무사 장인형에게 가담하라는 제의를 하는데...

장인형은 기생인 소향비와의 삶을 위해 정조 암살 계획에 동참한다. 정약용은 화성 부석소 살인사건을 조사하던 중 정조를 암살하려는 세력이 있음을 간파하고 진상을 밝히기 위해 단서들을 추적해 나간다. 그리고, 벽파 세력은 심환지가 병조판서로 임명이 되면서 정조를 몰아내기 위한 반정의 음모를 본격적으로 꾸미기 시작하는데...

정약용과 체제공은 벽파가 군사권을 쥐게 된 일로 불안해하고, 벽파의 수장이 된 심환지는 오군영 군사의 동향을 파악하여 은밀하게 군사 훈련 계획을 세운다. 정조는 원행길에 떠나기 전날 어머니 혜경궁 홍씨에게 아버지의 죽음을 지켜보기만 했던 이유를 물어보지만, 혜경궁 홍씨는 정조를 외면하면서 서로의 갈등은 깊어만 가는데...