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건프라 배틀 전미 선수권 결승전. 전 세계가 주목하는 경기에서 활약하는 옛 팀 동료를 바라보는 미사의 마음은 복잡하다. 이라트 게임 파크에서 건프라를 조립한 미사는 기분전환이라도 하려는 듯이 배틀을 시작하는데...

드디어 개최된 건프라 배틀 이벤트 ‘GB 페스티벌’. 행사장은 많은 사람으로 붐비고, 특별 이벤트 배틀 부스에는 긴 줄이 늘어서 있다. 배틀 시뮬레이터 체험을 위해 줄 서 있는 류세이, 사나, 토우마는 각자 새로 만든 건프라의 힘을 시험해 보기 위해 기대감에 부풀어 있었다.

GB 페스티벌의 이벤트 배틀 중에 가면의 남자가 갑자기 나타나자 행사장은 술렁댄다. 남자가 조종하는 수수께끼의 시스템, ‘런너 프리즌’에 의해 무력화되는 건프라들. 아슬아슬하게 공격을 피한 류세이 일행에게 남자는 또다시 놀라운 공격을 선사한다.

분투에도 불구하고 런너 프리즌에 갇힌 류세이 일행. 가면의 남자는 만반의 준비를 하고 자신의 건프라인 건담 발바타우러스를 소환한다. 압도적인 힘으로 전장을 유린하는 악마의 기체 앞에서 세 사람은 절체절명의 위기를 맞이한다.

놀랍게도 가면의 남자는 건프라 배틀 전미 선수권 결승전에서 타쿠마에게 패배한 마하라였다. 미사의 도움으로 위기를 넘긴 류세이 일행은 마하라가 개조한 특수 AI 캐릭터가 조종하는 건프라에 전력을 다해 맞선다.

드디어 나타난 타쿠마 앞에서 마하라는 건담 발바타우러스의 숨겨진 힘을 모두 해방한다. 모든 건프라 파이터의 상상을 초월한 건프라 배틀, 그 마지막 결전이 시작된 것이다.