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인기 미소녀 게임 '매지컬★익스플로러'의 세계에 '친구 캐릭터' 타키오토 코스케로 전생한 주인공. 게임 안에서는 밝혀지지 않았지만 코스케는 친척이 없고, 마력량은 많지만 방출계 마법에는 재능이 없는 꽤나 고달픈 인생을 살고 있었다는 것을 알게됐다. 그러던 중, 츠쿠요미 마법학원의 학원장인 하나무라 마리노가 코스케의 집에 찾아왔는데-

사신교의 뤼디 습격 이벤트에 휘말리고 만 코스케. 힘을 합쳐 겨우 공격을 물리쳤지만, 계속해서 목숨의 위협을 받고 있는 뤼디 일행과 하나무라가에서 공동 생활을 하게 됐는데?! 예상 밖의 플래그가 세워지는 한편, 코스케는 '지키기 위해 강해진다'는 각오를 새로이 다진다--

코스케는 심안 스킬을 습득하기 위해 선도부 부대장이자 수속성 마법을 사용하는 미즈모리 유키네에게 수련을 부탁한다. 그렇게 수련에 매진하던 어느 날, 뤼디와 라면을 먹으러 상점가에 나갔다가 뤼디 납치 사건이 발생한다. 원래라면 한참 뒤에 벌어질 이벤트가 갑작스럽게 발생하고, 코스케는 유키네와 함께 뤼디를 구하기 위해 던전으로 향하는데…

하루라도 빨리 강해지기 위해 솔로 전용 던전인 ‘박명의 산굴’을 공략하는 코스케. 던전 안 거대한 알에서 태어난 고성능 메이드 나이트 시리즈인 나나미를 동료로 맞이하며 만반의 준비를 끝냈다. 마침내 다가온 츠쿠요미 마법학원의 입학식 날. 코스케가 마주친 사람은 게임의 진짜 주인공 히지리 이오리였는데…

츠쿠요미 마법학원 입학식부터 지각한 코스케와 이오리는 루이자 선생님께 혼이 나기도 하지만 게임 속 히로인인 카트리나와 반 친구들을 만나며 꿈에 그리던 학원 생활이 시작된다… 그런 줄 알았는데 코스케의 쓸데없는 한마디 때문에 카트리나와 모의전까지 벌이게 되는데?!