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1997年・夏。アオイ（清原果耶）は看護師見習いとして「由比産婦人科」へやって来た。いきなり中絶手術の現場を目撃して衝撃を受けるが、はじめて出産にも立ち会い、産まれて来る赤ちゃんの生命力に心を揺さぶられる。院長の由比（瀬戸康史）、看護師の紗也子（水川あさみ）・榊（原田美枝子）らが妊婦ひとりひとりに向き合う中、田中さん（安藤玉恵）という女性が訪れる。彼女はいわゆる未受診妊婦で、出産直後に失踪してしまう…。

アオイ（清原果耶）は、出産直後の赤ん坊が医院の表に捨てられているのを発見する。由比（瀬戸康史）らの必死の処置で赤ちゃんは一命を取りとめ、アオイがお世話をすることに。その愛くるしさにアオイは知らず知らず愛情を抱いていくが、紗也子（水川あさみ）に「あまり入れ込まない方が」とたしなめられる。一方、里佳子（平岩紙）という妊婦が、妊娠を継続すべきか悩んでいた。彼女は、無理に出産すれば失明する恐れがあって…。

アオイ（清原果耶）は恐れおののいていた。妊婦の安部さおりさん（田畑智子）はいつも不機嫌で、アオイが些細なミスをするたびに激怒してののしり、由比（瀬戸康史）が診察で「特に問題ありませんよ」と言っても信用しようとしない。そんな折り、アオイは看護学校の実習で市民病院へ行くことに。安部さんから離れ、のびのびと励むアオイだったが、そこのある病室で、安部さんが悲しそうな顔で誰かに付き添っているのを目撃する…。

真知子(マイコ)の分娩が始まった。無事に女の子を出産し、夫の陽介(葉山奨之)は感激のあまり言葉も出ない。だが由比(瀬戸康史)は、真知子の体調の異変にいち早く気づいていた。出血がなかなか収まらず、意識も低下。榊(原田美枝子)、紗也子(水川あさみ)らも加わって必死の処置をするが、由比は大学病院への搬送を決意。救急車で運ばれてゆく真知子を、アオイ(清原果耶)はなすすべもなく見送る。そして…。

ある日アオイ（清原果耶）は、自分の後ろをぴったりついてくる男の子に気づく。問いただすと、由比産婦人科へ行くのだと言う。その由比産婦人科では、由比（瀬戸康史）が榊（原田美枝子）に「これからの分娩は大きな病院に任せるべきかも知れない」と打ち明けていた。「先生らしくもない」と、反論する榊。二人の脳裏に、かつて自分たちが担当した、１４歳で妊娠した少女・真理（花田優里音）と母・弘子（長野里美）の姿が蘇る…。

アオイ（清原果耶）はハルミ（モトーラ世理奈）と名乗る不良っぽい少女に誘われ、山道を登っていた。妊娠しているハルミは「山奥にある古い家へ行けば、格安で簡単に中絶してくれる」と事もなげに言う。アオイは怒って引き止めようとするが、たどり着いた家から迎えてくれたのは何とも優しそうな老夫婦（イッセー尾形・角替和枝）だった。一方紗也子（水川あさみ）は、結局自分が妊娠していなかったことを知り、落胆していた…。

アオイ(清原果耶)がヤカンを焦がしたのがきっかけで、最近平穏だった母・史香(酒井若菜)との関係が再びギクシャクしはじめる。そんな時、アオイの小学校の友達だったミカ(片山友希)が入院して来て、ふたりは再会を喜び合う。ミカは夫も両親もいない孤独な状況での出産が迫っていたが、自分が赤ちゃんだった時の母子手帳を肌身離さず持っていた。それを見たアオイは、母に怒られてばかりだった子ども時代を思い返す。

紗也子(水川あさみ)がついに妊娠した事が分かり、アオイ(清原果耶)はじめ産婦人科の人々は祝福する。休暇を最小限にとどめ、今まで通り全力で仕事すると強気だった紗也子だが、フタを開けてみると猛烈なつわりに襲われ、仕事が覚束なくなるほどに。夫・広紀（柄本時生）は優しい男だが鈍感で、紗也子の苦労を今ひとつ分かってやれない。そんな折り、キャリアウーマンの妊婦・弥生（滝沢沙織）を巡って、ある事件が起きる…。

それは一本の電話から始まった。「小学生の娘が性被害に遭ったようだ」との訴えを聞き、榊(原田美枝子)はじめ産婦人科の面々は受け入れ態勢を整える。由比(瀬戸康史)は男性である自分が応対しない方が良いと考え、旧知の婦人科医・長谷川(原田夏希)を呼び寄せる。やがて母親（占部房子）に付き添われ現れた女の子を見て、アオイ（清原果耶）は言葉を失う。それはアオイが図書館で知り合った友達、亜美（根本真陽）だった…。

由比（瀬戸康史）は初産の妊婦・辻村灯里（鈴木杏）のお腹の胎児に、重い病気があると気づく。産まれても長生きするのは難しいと知った灯里と夫・拓郎（金井勇太）は中絶をも考えるが、榊（原田美枝子）や紗也子（水川あさみ）らが見守る中、産むことを決意する。大学病院の協力も得て、誕生後の対応や積極的治療の準備が進められていく。だがある日、灯里はアオイ（清原果耶）に、それまで秘めていた悩みを打ち明ける…。