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アンシーに学園の理事長代行にして兄の鳳暁生と、そのフィアンセ･香苗を紹介されるウテナ。暁生は鳳家の養子となるらしい。その頃、地下では“黒薔薇会”がアンシーの命を狙って動き始めていた。

双子の兄である薫幹に対して屈折した愛情を抱いている薫梢は、幹に近づく者を力づくで排除する。彼女のその思いを利用しようと、黒薔薇会の魔の手が梢に迫っていた。そして、ある決闘が行われることとなる。

七実は届けられたカウベルをアクセサリーだと思い込み、毎日自分の首に付けていた。樹璃もアクセサリーを好んでおり、それを見た七実はある行動に出る。やがて、七実は身も心も牛へと豹変していってしまい…。

有栖川樹璃の幼馴染みである高槻枝織が鳳学園に帰ってきた。しかし、樹璃は彼女に対して冷たく接していた。人には決して見せない枝織への密かな樹璃の思いを、黒薔薇会が暴こうと動き出すが…。

石蕗美蔓、鳳学園の生徒で初等部の少年である。彼は、憧れの七実に子供扱いされて苛立ちを感じてしまう。どうしたら、七実と同等に付き合える“大人”になれるのだろうか？様々な方法を試みるが…。

ウテナの親友でありクラスメートである篠原若葉の前に現れたのは、彼女が小学生の時に“タマネギ王子”と呼んで慕っていた風見達也だった。しかし、彼はウテナに交際を申し込もうとしていたのだ。

学園に追われた西園寺莢一を匿い、居候として同棲することになったのは篠原若葉だった。普通の少女が手に入れた“特別な時間”だったが、その幸福は長くは続かなかった。決闘の最後で若葉が見せたものとは…。

桐生七実の取り巻きの一人であり、そのリーダー･苑田茎子は冬芽に憧れを抱いていた。それを知ってしまった七実は、彼女に非情な罰を与えた。以来、茎子の中には激しい怒りと嫉妬が渦巻き始めてしまい…。

高等部3年の生徒であり、御影ゼミを主宰する天才･御影草時は回想する。かつて、根室教授と呼ばれ、ある研究を行っていた時を。“世界を革命する力”計画の始まり、そして、千唾時子と馬宮との出会いを…。

デュエリストは薔薇の刻印をしている。ウテナは御影草時がデュエリストを操っていた黒幕だと知る。そしてウテナは、彼に決闘を申し込む。自分の思い出が、彼のものとは違うことを証明するために…。

私立校鳳学園に暴れ馬が出現した。石蕗は七実を助けようとするが、気絶してしまう。その後、保健室で彼の手帳から他人には話せない様々な秘密が明らかになる。その中には、彼が思いを寄せる七実のことも…。