Wszystkie odcinki

Miasto pogrąża się w ciemności po pojawieniu się tajemniczego filaru światła. Moto Tonomura wspomina czas, gdy nie potrafiła zaakceptować samej siebie – cały odcinek to retrospekcja.

Hisashi Jonouchi widzi dziwne pająki nad sercami ludzi i uzależnia się od ich usuwania. W końcu napotyka Boogiepop Phantom i zostaje zabrany.

Misuzu stara się kontynuować miłość do świata po śmierci przyjaciółki, ale zostaje zmanipulowana przez obcą istotę. Próbuje zwabić Kirimę w pułapkę, lecz Boogiepop Phantom przerywa spotkanie.

Yoji, samotny fan gier randkowych, zakochuje się w cyfrowej postaci. Rzeczywistość i fikcja zaczynają się zacierać, prowadząc do jego zagubienia.

W odcinku przeplatają się różne punkty widzenia i linie czasowe. Główna oś to rozmowa dwóch policjantów, która z czasem odsłania coraz więcej tajemnic.

Rika dzieli się z matką zmarłej Shizue ich wspólnymi dziennikami. Kobieta poznaje zupełnie nowe oblicze swojej córki.

Brat odsuwa się od siostry, a jego obsesja na punkcie demontażu wszystkiego przybiera na sile. Siostra ujawnia zdolność spełniania jego życzeń.

Z perspektywy Ichiro Kishidy poznajemy próbę powstrzymania Manticore’a. Nagi Kirima i Boogiepop Phantom wspólnie stawiają czoła potworowi.

Kilka osób zaczyna odbierać dziwne telefony i dostaje czerwone baloniki. Gdy Saki popełnia samobójstwo, nadchodzi Boogiepop Phantom, by zatrzymać kolejne ofiary.

Tajemnicze dzieci rozdają baloniki w parku. Boogiepop pojawia się, gdy Manaka traci kontrolę nad swoją mocą i przedwcześnie się starzeje.

Manaka odkrywa swoje korzenie i ucieka przed Boogiepop Phantom. Gdy przemienia się w światło, wpływa na wspomnienia ludzi, przywracając je do życia.

Rok później Toka ponownie spotyka Boogiepopa, który niszczy ostatecznie Manticore’a. Seria kończy się chwilą refleksji nad tożsamością Boogiepopa.