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La Shuriken School reçoit un inspecteur de l'éducation, chargé d'évaluer le matériel et le professeur Kubo Sense. Celui-ci décide donc d'organiser une course d'orientation dans un labyrinthe pour prouver ses qualités de pédagogue...

Le directeur de Katana, école rivale de Shuriken, demande à Naginata de voler les tongs de Tokiro, afin que la Shuriken School soit ridiculisée lors de la cérémonie en l'honneur de la cité...

Kubo est aux anges : le Kabuki approche à grands pas, et il en est le metteur en scène depuis plusieurs années. Cette année, il a décidé de tirer les rôles au sort, et le rôle principal revient finalement à Eizan… à son grand désespoir ! Au moment de monter sur scène, Eizan s'effondre, surtout en sachant que la moitié de la ville viendra assister au spectacle !

Cette fois, l'école est vraiment en ruine. Vieux matériel usé, plancher cassé… tout le monde se plaint au directeur, qui doit chercher sur Internet la solution la plus économique pour remettre les choses en ordre : une sorte d'ordinateur domestique automatisé appelé Alice…

Grand moment à Shuriken School, les élèves doivent se préparer pour la photo de classe… Un exercice ninja de disparition éclair s'éclipser entre l'annonce "souriez" du photographe et le déclic de l'appareil... Mais Katana vient semer le trouble...

Le Grand Maître Otomo visite l'école Shuriken et donne une conférence sur l'art ancestral de manger des boulettes de riz. La classe s'ennuie à mourir et le directeur observe Otomo engloutir boulettes de riz l'une après l'autre avec suspicion. Voyant que ni la classe ni les professeurs ne s'intéressent à la question, Otomo annonce qu'un Grand Philosophe vivant dans la montagne surplombant la ville lui a transmis ce précieux savoir, qui a permis à l'ermite philosophe de vivre plus de 300 ans ! Les élèves, impressionnés, réclament à cor et à cri de le rencontrer. Le directeur propose une randonnée d'une journée en montagne pour les premières années.

Pour augmenter les revenus de l'école, le proviseur a accepté d'héberger trois jeunes stars de la musique en quête de calme et de tranquillité. Les stars snobent leurs hôtes, leur manager est insupportable et le gymnase est interdit aux ninjas en herbe. Dehors, fans, photographes et camionnettes de production télé ont afflué, comme par miracle. Shuriken ressemble à un fort assiégé. Le proviseur annonce à Eizan, Okuni et Jimmy qu'ils s'apprêtent à accomplir leur première véritable mission ninja…

L'hiver a recouvert Shuriken de son manteau de neige et de brouillard. La visibilité est réduite au strict minimum et le brouillard donne un aspect effrayant au moindre buisson. Comment les élèves pourront-ils passer leurs importants examens pratiques de fin de trimestre par un temps pareil ? Kita, feuilletant un livre d'Eizan, a une idée… Le lendemain, sans savoir comment ils sont arrivés là, les élèves se réveillent à bord du « Dragon Noir », un vaisseau en route vers… le domaine du Maître des Ténèbres Terribles !

Lorsque tous les enfants commencent à faire des bêtises dans leur sommeil, ils risquent d'être tous expulsés de l'école Shuriken. C'est comme si tous les démons intérieurs de chaque élève se libéraient dans leur sommeil. Eizan, Okuni et Jimmy doivent percer ce mystère… il ne leur reste plus qu'à ne pas s'endormir…

Alors qu'Eizan, Jimmy et Okuni déambulent dans le centre commercial, une femme se fait voler son sac. Nos héros se lancent à la poursuite du voleur et, avec l'aide d'Ami, en pleine course, ils l'arrêtent net de façon spectaculaire. Lorsqu'ils rapportent le sac à son propriétaire, Ami reconnaît le célèbre présentateur de « Whiz Kids ». La présentatrice est tellement impressionnée par leurs talents qu'elle veut les filmer au Shuriken pour élire son « jeune génie » des arts martiaux pour son prochain spectacle ! Le directeur accepte, à une condition : personne ne doit découvrir les techniques secrètes du Shuriken. Il n'en faut pas plus pour éveiller l'insatiable curiosité de la journaliste.

Quelque chose a terriblement mal tourné avec le commerce de boulettes de riz du père d'Eizan. Tous les clients se plaignent des boulettes de riz. Elles ont un goût amer. Les affaires chutent à vue d'œil. Et Eizan découvre bientôt que pire que toutes ces boulettes de riz, c'est l'absence de boulettes de riz ! Le commerce de boulettes de riz faisant faillite, la famille d'Eizan va devoir déménager et retourner à la ferme familiale sur une île lointaine… ce qui signifie qu'Eizan devra déménager avec eux !

Laura et Sam, deux détectives privés tout droit sortis d'un roman policier, souhaitent suivre une formation chez Shuriken afin de se perfectionner. Ils doivent être capables d'arrêter une bande de voleurs audacieux. Le proviseur se laisse convaincre grâce à une épaisse liasse de billets que Laura lui offre. Mais hors de question qu'on leur enseigne des techniques ninja secrètes, qui, comme leur nom l'indique, doivent rester secrètes ! Vlad tombe immédiatement sous le charme du jeune détective. Les élèves, quant à eux, sont captivés par les histoires de Sam ! La détective-mania s'empare de Shuriken...