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O sinistro cientista doutor Lo, desenvolve um poderoso raio capaz de aumentar em proporções gigantescas qualquer ser vivo, e começa a chantagear líderes de cidades submarinas, exigindo exorbitantes quantias sob pena de ser atacados por seus monstros, mais que um desafio para Tutubarão, Bife, Leila, Bolha e Linguiça que terão que encarar todos os tipos de atrocidades.

Uma espaçonave extraterrestre chega a Terra sob o comando do alienígena Dumax, com a missão de conquistar o planeta. O primeiro território a ser dominado é a cidade subaquática Hydrostan, onde o grupo Netuno, de Tutubarão e sua turma irá se apresentar mas, não sem antes confrontar-se com os inconvenientes visitantes.

O primeiro ministro de Atlantis, Dorsal simula um ataque a cidade submarina com o objetivo de convencer a rainha Atlanta a contra-atacar os territórios vizinhos, conquista-los e depois senhor de tudo, derrubar o reinado da alteza. Sem ter nada haver com a história, Tutubarão e o grupo Netuno acabam chegando acidentalmente ao reino, envolvendo-se com todos incidentes e perante todas maldades, ajudam e impedem os atos nefastos do vilão.

Tutubarão, Bife, Leila, Bolha e Linguiça, desembarcam na cidade de Oysteralia para participar dos Jogos Olímpicos de 2076, mas, acidentalmente Tutu engole uma pequena caixa que contém um microfilme que seria entregue a um suposto agente X, pelo androide construído pelo cientista doutor Chemo, a pedido de um dos maiores líderes da espionagem subaquática, o perigoso vilão Maximus.

Um conceituado arqueólogo, o doutor Acosta recebe da polícia de Aquantina um valioso disco contendo os hieróglifos que revelam onde se encontra o tesouro escondido de Panaqua, guardado por uma antiga civilização da tribo de Panaquan, mas, seus planos correm riscos, pois o super vilão Polvo também deseja as preciosidades, ao chegarem a cidade para uma apresentação musical, Tutubarão e os Netunos acabam se envolvendo na aventura por engano e agora terão que ajudar a resgatar todas as relíquias.

O professor Ortega projeta uma das mais importantes descobertas e invenção da humanidade, o Capacete do Poder, desenvolvido para ajudar as pessoas a realizar seus maiores desejos, só que o cobiçado objeto desperta a cobiça de uma perigosa organização conhecida como Irmandade do Mal e novamente a turma do Netuno aparece para impedir a ação.

O vilão conhecido por comandante Tubarão, em um plano ousado sequestra o embaixador da cidade subaquática de Aquatania, e seus crimes tendem aumentar e tomar proporções dantescas ao praticar o mesmo ato com outros líderes de grandes nações, tornando-se assim senhor de todo mundo submarino, a grande confusão se dá quando Tutubarão é confundido com o criminoso do mares e acusado por seus delitos monstruosos.

O gelado vilão Dedo Frio após roubar todos os mineradores de Aqualaska, possui a escritura destes locais e seus tesouros, porém uma ainda falta para seu cartel estar completo, a região pertence a Tutubarão, que casualmente com Bife, Leila, Bolha e Linguiça resolvem visitar a propriedade, sendo perseguidos pelo determinado bandido afoito em conseguir seu objetivo.

Ao visitar o reino submarino de Hydrabia, Tutubarão e o grupo Netuno acabam defrontando-se com o poderoso Voltron, uma imensa massa de energia do mal que habita com toda ferocidade um eletro campo de magia, e terão com suas artimanhas se livrar do maléfico ser e libertar a cidade de sua garras.

Tutubarão e toda a turma do Netuno precisam encarar dentro do parque Aqua Internacional Corporation, um exército de gigantescas e ferozes plantas pré-históricas, que obtiveram imensas formas devido efeito de um raio de crescimento desenvolvido e aplicado pelo infame vilão Fantasma.

O brilhante professor Thorstein no ápice da inteligência e abnegada busca pelo futuro e passado encontra-se em fase de desenvolvimento de uma incrível máquina do tempo, mas, antes de concluir sua grande realização, a mesma é roubada pelo sinistro vilão Sculpin, agora cabe a Tutubarão, Bife, Leila, Bolha e Linguiça impedir maléfica atitude destruidora.

Em um golpe de azar, durante uma turnê em um transatlântico, Tutubarão e o grupo Netuno, são capturados pela horripilante feiticeira Madame Sargasso, e precisam de qualquer maneira se livrar das garras enlouquecidas da insana bruxa dos oceanos profundos.

Durante um rodeio em Aqualand, o intuitivo Tutubarão testemunha o sequestro abrupto de Rajah seguido de uma troca de identidade, onde o mesmo é substituído por um androide, após colocar o pessoal de Netuno a par da situação começa a ser perseguido pelo bandido Cybron que tenta de todas as formas eliminá-lo para que a notícia não se espalhe.

Tutubarão e seu grupo Netuno participam da grande corrida submarina Transmarine, com objetivo de conquistar e ganhar o prêmio de primeiro lugar, mas, seus planos começam a ter como empecilho as atitudes desonestas do maligno doutor Robek e seus capangas brutamontes.

O grupo Netuno resolve viajar para Amsteraqua a bordo de um navio-tanque, como forma mais barata de transporte, só não contavam que a embarcação seria sequestrada pelo vilão Piranha, que tem como plano governar os Estados Unidos e rouba o combustível para abastecer seus mísseis radioativos.

O misterioso El Enguia é uma espécie de ditador que explora seu povo cobrando exorbitantes impostos, sob ameaça de transformar cada ser vivo em pedra, só não esperava que pela região aparece o impiedoso El Tutubarão e seus destemidos – nem tanto – companheiros, para desbancar o bandido e proclamar a paz na região.