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Pyontaro, Hiroshi e Tsubame pegam um DVD estranho do professor e colocam para rodar. Em um momento de distração, Futaba, a irmã caçula de Pyontaro, desaparece.

Presos em um novo mundo, os três garotos percebem que tem poderes incríveis. Eles encontram outras versões de si mesmos e descobrem mais sobre essa nova realidade.

Enquanto alienígenas submetem Futaba a vários testes, ela só quer rever Pyontaro. Já o trio continua a busca e acaba envolvido em um confronto tenso.

Segami luta para sobreviver em seu mundo distópico. Ele recebe um panfleto de uma colega atraente e acha que vai conhecer garotas, mas acaba encontrando algo diferente.

Atordoado, Segami cruza o caminho do trio. Juntos, eles veem um piloto audacioso enfrentar uma nave alienígena. Será o início de algo maior?

A Rebellion anuncia um ataque de guerrilha em Shibuya, e Segami decide se juntar ao grupo. Abalada, Futaba encontra uma criatura peluda com asas.

Alienígenas cercam Futaba enquanto ela dorme. Em Shibuya, Segami e seus companheiros lutam bravamente, mas são forçados a recuar. Ao se afastar, ele vê Tashiro sendo atacada.

Futaba enfrenta um esquadrão alienígena para proteger uma nova amizade. Após sofrer grandes perdas, Segami e a Rebellion recorrem a uma arma secreta.

Genius assume o controle de um robô alienígena e lidera um contra-ataque. Mas dois temíveis soldados inimigos estão a caminho. Doc e os demais buscam respostas.

O trio se dirige a Shibuya, mas Genius fica sem alternativas diante de um guerreiro alienígena impiedoso. O reforço chega, mas será que vai ser suficiente?

The "Small Three" arrive as live-streamed reinforcements to battle alien invaders, save Futaba, and officially debut as "THUNDER 3".

The cry rings out around the world for the Thunder 3! Humanity's last hope and their saviors against the aliens!