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翔子は流星学園中等部に通う中学生。仲良しだった姉・響子は、5年前に海外留学してから一切の連絡を絶っていた。そんなある日、得体のしれない何者かが突然翔子を襲う。襲ってきたのは、かつて女神アテナが封じ込めた邪神エリスの手下・邪精霊（ドリアード）たちだった。翔子、そして銀河戦争を目前に控えた城戸沙織が出会った時、運命の歯車が動き出す…！

「邪神の器」である自分の身代わりに、響子が邪精霊に連れ去られたことにショックを隠せない翔子。アテナの侍女で身辺を警護する「女子」のまま聖闘士となることを許された「特別な存在」を知った翔子は、自身が強くなり姉を救いたいという思いから、その「聖闘少女」になることを決意。沙織は白銀聖闘士パーヴォのマユラに翔子の修行を託すが…。　 一方、聖域のミロとアイオリアは、邪神エリスの不穏な動きを感じていた。

邪神エリスの配下である邪精霊、マリス（悪意）のエモニ、マーダー（殺戮）のフォノスが、アテナの首を取りエリスに捧げようと沙織を急襲。「出来損ないの神様」と沙織を罵倒するエモニに、美衣は立ち向かう。マユラとの修行で燃え上がる翔子の小宇宙。聖衣箱の異変からアテナの危機を察知した翔子は、果たして、沙織を救うことはできるのか…！？

逃げ去るフォノスを追い、エリスの神殿に乗り込むことに成功した翔子。姉・響子を救うため神殿を捜索するなか、アテに衝撃の事実を告げられる。愕然とした翔子の隙をつき激しい攻撃が降りかかったその時、黄金の閃光が翔子を包みこむ――！　 翔子に加勢する為、エリス神殿へと向かった美衣、そして沙織も合流するが、そこで少女たちが目の当たりにしたのは、変わり果てた響子の姿だった。

エリス神殿での闘いで、響子の小宇宙は消えた。邪神を討つために彼女を救えなかった自身の存在意義に心揺れる沙織。しかし城戸光政の遺志を継ぎ、「銀河戦争」は無情にも始まってしまう。一方、闘いで負傷した翔子は沙織から別れを告げられ納得が行かず落ち込む中、姉にもらったペガサスのペンダントを落としてしまう。拾ってくれた少年は、「銀河戦争」に参戦する、ペガサスの星矢だった。

教皇への忠誠を誓う冠座のカティアらに聖域への反逆を疑われ、襲われた沙織たち。翔子は、新たな聖闘少女・こぐま座のシャオリンらと共に闘うが苦戦。駆け付けたマユラらに危機から救われた。しかしその最中、沙織はアフロディーテの手により、聖域の教皇のもとへと連れ去られてしまう。アテナを前に教皇は、涙ながらに思いがけない願いを沙織に吐露するのだが…　一方不甲斐ない自分に落ち込む翔子たち。そこに鷲座の魔鈴が現れてー？

黄金の矢が沙織を襲うー　時を同じくして、蠢き活性化する邪霊たち。邪神の器であった翔子は邪気に引きずられるように、意識を失ってしまう。邪霊の沈下に励むマユラと聖闘少女たち、そして星矢たち青銅聖闘士は、アテナを救うため聖域に向かう。今、十二宮の死闘が始まったー。

十二宮の死闘の末、聖域の聖闘士たちの忠誠を得たアテナ・沙織。一方、封印されたと思われた邪神エリスは依り代・響子と融合し、桁違いの力をつけていた。翔子を守る為立ち向かった沙織は、林檎の呪いを受けてしまう。人々の心を憎しみで満たす争いの種・「イヴィル・シード」を撒き散らす邪神の阻止とアテナ救出の為、聖闘少女たちと共に、黄金聖闘士はエリス神殿へと向かう。そこでアイオリアが目にしたのは、自身に拳を向ける、兄の姿だった。

邪神と融合した姉を討てるのかー？ ムウの問いかけで、架せられた運命に葛藤する翔子。そんな翔子の前に立ちはだかったのは、元白銀聖闘士の邪霊士、オリオン座のリゲルだった。 聖闘士時代から響子に寄り添うリゲルの哀しい瞳から、本当の思いを感じ取った翔子はー？ 美衣vsエモニ、アイオリアvsサガ、エリス神殿での、それぞれの闘いが幕を開けた。

ついに対峙した翔子と邪神エリス。沙織の小宇宙が弱まる中、翔子、美衣、シャオリン、カティア、エルダたち聖闘少女は、心をひとつに邪神への闘いに挑む。神殿を聖域に激突させようとするエリスの思惑を察知した黄金聖闘士たちは、聖域を守り続けていた。サガとの死闘を繰り広げるアイオリアとミロは神殿の破壊を企てるがー？聖闘少女、黄金聖闘士、邪神エリス、城戸沙織をとりまく凄絶な運命。最後の闘いが始まった。