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É o novo ano letivo na Academia Coal Hill, e os estudantes estão se preparando para o Baile de Outono. Mas quando a escola fica sob ataque, quatro estudantes alienados devem formar uma improvável aliança para enfrentar uma nova ameaça. Mas essa invasão é apenas o começo... Charlie, April, Ram e Tanya, auxiliados por sua professora de física Srta. Quill, assumem uma grande responsabilidade dada pelo misterioso alienígena conhecido como o Doutor: Lutar contra criaturas terríveis que querem nada mais que encontrar um jeito de tomar a Terra.

Após os eventos trágicos do baile, devastado, Ram se isola dos outros três enquanto luta contra sua nova realidade. Desesperado para se manter calmo em uma partida de futebol, quando pensa que testemunhou alguém ser esfolado vivo, ele se convence de que está ficando louco. Mas logo Tanya, April e Charlie estão enfrentando a mesma realidade: um terrível e monstruoso dragão escamado, eles entendem que estão sob ataque. A gangue precisa se organizar para lutar contra o monstro e tentar manter a escola à salvo.

Londres foi invadida por um alienígena misterioso com a habilidade de se transformar na forma de entes queridos. Tanya tem uma visita inesperada entrando pela sua janela no meio da noite e ela não é a única. Ram e Miss Quill enfrentam suas próprias visitas inesperadas. Confrontando esses encontros emocionais, o time deve superar a persuasão dessa estranha nova ameaça e batalhar pelas ruas para impedir que Tanya se perca para sempre.

April começa a sentir os efeitos de compartilhar seu coração com Corakinus, e suas tentativas de cortar a ligação apenas a deixam mais forte. Quando o pai distante de April faz uma aparição surpreendente, ela o confronta com a força dos Sombrios, manifestando as habilidades deles. Assustada com este extraordinário poder recém-descoberto, April procura conforto em Ram, que promete recuperar o coração dela. Enquanto isso, algo estranho está acontecendo com os outros - Londres está lentamente a ser infestado com incomuns, pétalas de flores sinistras.

Batalhando pelo reino dos Sombrios, April percebe que não há volta: ela tem que derrotar Corakinus. Na Terra, a invasão das pétalas é se torna uma bola de neve. Confrontada com a ameaça da extinção do planeta, a nova diretora Dorothea tenta forçar Charlie a tomar uma decisão transformacional. Mas Miss Quill tem outras ideias para ele. Enquanto Charlie, Matteusz e Tanya tentam impedir que as pétalas aniquilem a raça humana, April deve lutar contra a terrível força de Corakinus, anos-luz longe de casa.

O grupo todo é preso na detenção por Miss Quill. Trancados em sua sala de aula, eles ficam aterrorizados quando uma explosão os tira do espaço e do tempo: presos, claustrofóbicos e flutuando na escuridão sem nenhuma maneira de escapar. Embora um misterioso fragmento de asteróide possa ser sua chave para a liberdade, o grupo é forçado a confessar seus segredos mais profundos e mais escuros um para o outro. À medida que as verdades terríveis saem, os rompimentos começam a aparecer na amizade do grupo. E então eles fazem uma descoberta arrepiante. Eles não estão sozinhos. Há mais alguém preso com eles.

Com o grupo preso na detenção e longe de seu caminho, Miss Quill aceita a surpreendente oferta de Dorothea de remover o Arn de sua cabeça e recuperar sua liberdade. Ao lado de Ballon, um deslocador de forma preso, Miss Quill viaja em um motor metafísico e é levada para mundos impossíveis, extraordinários e perigosos, coletando materiais em preparação para seu procedimento de mudança de vida. Depois de um encontro emocional com seu cirurgião e uma operação quase fatal, Miss Quill deve encontrar uma maneira de retornar à Terra: transformada e pronta para a guerra.

Incapazes de se recuperar das verdades que encararam, o grupo se separa. Liberada da escravidão, Quill se prepara para ter a sua vingança. Mas todos terão que se unir quando os Sombrios retornam, gerando um confronto implacável. Resolvido de tomar o coração de April e a arma de Charlie, Corakinus ameaça matar suas famílias até ele ter o que deseja. E os amigos deverão lutar para impedir ele. Mas desta vez, nem todos sairão vivos.