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Quando a maligna Shadow Line começa a usar seu trem das trevas, o Kleiner, para sequestrar crianças, um jovem chamado Right está entre os quase capturados. Ele vê a prismática Rainbow Line e seus trens Ressha aparecerem, junto com quatro dos ToQgers, inspirando-o a ajudar a proteger as crianças com eles.

Os ToQgers chegam a uma estação de trem dominada pela Shadow Line que foi renomeada como 'Kettougahara', controlada pelo Saber Shadow, que força todos a duelarem. Os ToQgers fazem o máximo para proteger um garoto assustado com o que a Shadow Line fez ao seu bairro e buscam uma maneira de encerrar esse controle.

Depois que Ticket avisa aos ToQgers que os trens Ressha não vão esperar por eles, Kagura acaba sendo deixada para trás e, apesar de seus medos, precisa enfrentar o Chain Shadow sozinha.

Durante uma pausa em uma parada de estação, Tokatti perde seu Rainbow Pass em algum lugar, forçando-o a seguir os outros usando transportes convencionais. Enquanto Right, Hikari e Kagura lutam contra o Stove Shadow, Mio ajuda Tokatti a procurar pelo passe perdido.

A Rainbow Line faz uma parada abrupta em um rio, exigindo o uso do CarCarrierRessha para atravessar, mas a Imaginação deles não é suficiente para energizá-lo. Enquanto os outros ToQgers tenta bolar um plano, o Bucket Shadow começa a coletar escuridão deixando as pessoas famintas ao devorar cada pedaço de comida delas. No entanto, Right encontra um acampamento com pessoas livres do ataque ganancioso do monstro.

Right consegue encontrar um dos Support Ressha perdidos na floresta, então ele e Tokatti saem para recuperá-lo. No entanto, o General Schwarz estava espionando os ToQgers e parte para capturar o Support Ressha para a Shadow Line.

Depois de se envolver emocionalmente demais com um filme de ninja, Kagura quebra sem querer o brinquedo de kendama do Hikari e acha que ele não vai perdoá-la. Contudo, o Ressha para em uma nova Estação Escura onde o Seal Shadow fez todos perderem a motivação, e Right, Tokatti e Mio caem sob o seu feitiço.

O sinal do DieselRessha perdido é encontrado, mas por estar muito fraco, há uma chance de que ele não funcione de novo. Right é enviado para encontrá-lo, já que sua forte Imaginação pode restaurá-lo. Eles descobrem que o inimigo anterior plantou uma bomba em Tokatti forte o suficiente para destruir os Resshas, e quando os freios do Ressha quebram, todos temem que a Shadow Line tenha plantado uma bomba neles.

Enquanto os Resshas principais passam por manutenção devido à batalha anterior, o grupo usa o Support Ressha. Na próxima parada, Right quer experimentar um novo rodízio, mas Mio reencontra alguém de seu passado que aparentemente estava apaixonado por ela.

Depois que Tokatti conhece um jovem chamado Hiroki Fujisawa, que parece incapaz de enxergar o Ressha, o Type Shadow condena Tokatti a morrer ao pôr do sol.

Enquanto os ToQgers aproveitam um dia em um parque de diversões, Right conhece um jovem com balões que parece estranho. O Barão Nero lidera uma ofensiva contra eles para receber o Imperador das Trevas na Shadow Line, demonstrando também um interesse particular no homem dos balões.

Os outros ToQgers não conseguem mais ver o Ressha e parecem desprovidos de sua Imaginação. Right tenta dialogar com eles, mas o Lamp Shadow revela que Zet hipnotizou todos para esquecerem o tempo que passaram na Rainbow Line. Right deve descobrir como fazê-los voltar ao normal enquanto lida com novas memórias de sua cidade natal na infância.

Uma série de ataques dos Kuliner Robos deixa o Ressha principal precisando desesperadamente de reparos, deixando mais uma vez o Support Ressha e o Diesel-Oh como as únicas opções dos ToQgers. O Condutor os avisa que eles precisam achar outros Support Ressha para impulsionar os poderes do Cho ToQ-Oh. Enquanto Right e Mio buscam por eles, o Loupe Shadow aparece e deixa Mio furiosa.

Ao pararem na estação seguinte, Right, Tokatti, Mio e Kagura are todos presos por um crime que não cometeram, por conta da incompetência do policial local. Hikari agora precisa descobrir o verdadeiro culpado e libertar seus amigos.

Após ser revelado que Mio tem a Imaginação mais fraca do grupo, eles tentam ensiná-la a melhorar sua habilidade. No entanto, a aparição do Hammer Shadow e da estranha criatura Mikey complica os planos.

Tokatti e Kagura descobrem um plano da Shadow Line para deixar as crianças extraordinariamente felizes, mas Kagura também precisa lidar com uma jovem chamada Aoi, que diz que seu irmão foi sequestrado pelos Kuliners que estão capturando crianças pela cidade.

O Condutor revela que encomendou os itens de transformação para o sexto ToQger, e um trabalhador de manutenção da Rainbow Line chamado Zaram, ex-membro da Shadow Line, não foi escolhido para ser o ToQ 6gou. Right desce do trem para convencê-lo a se juntar à equipe, mas Zaram não quer se envolver, especialmente quando revela sua forma original de monstro Shadow. Mesmo após a batalha contra Schwarz, ele se recusa e vai embora.

Embora Zaram tenha deixado a Shadow Line e se transformado no ToQ 6gou, ele não quer permanecer com os ToQgers. Quando o Ring Shadow prende as pessoas colocando anéis com seus nomes em suas cabeças, Zaram, que deveria rejeitar seu antigo nome das sombras, precisa achar um jeito de ajudar os ToQgers e escapar de suas antigas correntes como Shadow.

Enquanto Tokatti tenta fazer amizade com Akira, o Ressha fica preso em um desabamento de mina orquestrado por um Kurainer Robo, forçando Tokatti e Akira a trabalharem juntos para encontrar o Ressha pessoal do ToQ 6gou.

A habilidade do Jack-in-the-Box Shadow de arremessar as pessoas para longe se elas derem risada afeta todos os ToQgers, exceto Akira. Isso leva os outros a tentarem ajudar Akira a encontrar seu senso de humor, caso contrário ele pode ser destruído.

A habilidade do Soap Shadow de trocar as mentes e corpos das pessoas acaba trocando Gritta e Mio de lugar bem no momento em que Gritta estava prestes a se casar com o Imperador Zet.

Mio de repente recupera uma memória de sua cidade natal, lembrando que nessa época do ano eles tinham um festival para as estrelas, e Right se lembra também. Enquanto procuram por sua terra natal, o casamento do Imperador Zet e da Senhorita Gritta começa, e o General Schwarz assume o controle do Ressha na ausência dos ToQgers.

Os ToQgers precisam derrotar a Senhorita Gritta e o General Schwarz enquanto tentam recuperar suas memórias de sua cidade natal há muito perdida.

Para encontrar sua cidade natal, Subarugahama, os ToQgers precisam mover o Ressha para a Shadow Line para libertá-la da escuridão que a engoliu, mas as sombras que cobrem o ponto de junção os impedem de usar seus poderes.

Na próxima Cidade das Sombras, os ToQgers encontram vários personagens fictícios. O super-herói de infância favorito de Tokatti, Ryo Knight, aparece diante dele para encorajá-lo, mas nem tudo é o que parece.

Na parada seguinte, os ToQgers ficam perplexos ao encontrar roupas espalhadas, mas nenhum monstro Shadow. No entanto, Kagura e Akira descobrem que algo muito estranho está acontecendo na casa de banho pública local.

Right tenta usar o HyperRessha para libertar a próxima Cidade das Sombras, mas seu corpo não aguenta a pressão. Em outro lugar, novos membros da Shadow Line aparecem.

A Madame Noir usa seus poderes para virar Right contra os outros ToQgers, cabendo a Tokatti liderar o grupo para trazer seu amigo de volta.

O General Schwarz aborda os ToQgers para que eles unam forças para derrotar o Imperador Zet.

Kagura se lembra de que hoje é o aniversário de Mio e planeja assar um bolo e fazer uma festa surpresa para ela. Porém, enquanto ela cozinha, os outros ToQgers são atacados pelo Wig Shadow, cujas perucas os matarão assim que um pássaro nascer do ninho no topo de suas cabeças.

Os ToQgers viajam para o Terminal Hyper Ressha para se encontrar com o Presidente da Rainbow Line, e o Imperador das Trevas Zet decide aproveitar a oportunidade para dominar o terminal pessoalmente.

Após o Presidente da Rainbow Line debandar os ToQgers, Right sente que isso está errado e insiste que ele e os outros continuem a luta contra a Shadow Line.

Com suas memórias de volta, Right e Hikari precisam usar o treinamento de karatê que receberam do avô de Right para derrotar um monstro Shadow que transformou as pessoas ao redor da próxima Estação Escura em seus lutadores.

Enquanto tenta lutar contra o Billiard Shadow, Mio é abordada por um homem que se apaixonou por ela. Para evitar as investidas dele, Mio diz que Akira é seu namorado, o que não é muito bem aceito por Tokatti.

Com o Terminal Hyper Ressha ocupado pelas forças da Shadow Line, o Presidente decide autorizar os ToQgers a usarem todos os seus treze Resshas juntos para retomá-lo. Mas primeiro, eles precisam recuperar o DrillRessha do General Schwarz.

Hikari descobre que a antiga professora deles ainda está viva, pois havia deixado a cidade para ir à universidade. Ele lidera os outros para protegê-la do ataque de falha do Fountain Pen Shadow para que ela possa revelar a localização de Subarugahama.

Na próxima Cidade das Sombras, o Keeper Knight força os ToQgers a responderem a um quiz, deixando Tokatti inseguro sobre como responder ao ser questionado sobre Mio.

O Ressha para em uma estação sob o poder do Film Shadow, levando os ToQgers a ajudarem a produzir um filme rival para derrotar o monstro.

Com o Natal se aproximando, a Imaginação começa a correr solta, o que enfraquece a Shadow Line. Right, no entanto, percebe que Akira sumiu, enquanto o General Schwarz planeja uma ofensiva contra o Imperador Zet e vários monstros derrotados ressuscitam um após o outro.

Akira, como Zaram, junta-se ao General Schwarz em seu ataque ao Castle Terminal, mas outra pessoa consegue o AppliChanger e ataca os ToQgers como o ToQ 6gou.

Descobre-se que Subarugahama está guardada sob o Castle Terminal, levando os ToQgers a tentarem uma invasão ao castelo para libertar sua cidade natal.

Right quer invadir o Castle Terminal para libertar Subarugahama, mas Akira e Mio percebem que ele está sendo teimoso demais. Wagon revela que pode entregar uma carta para eles, mas ela deve conter seus verdadeiros sentimentos, e Tokatti não se sente pronto para isso.

Quando o Dollhouse Shadow ataca os ToQgers, Hikari e Kagura ficam presos dentro de sua casa de bonecas, que irá queimar e matá-los se não encontrarem uma saída ou se os outros não detiverem o monstro.

A Senhorita Gritta ajuda os ToQgers a alcançarem o Castle Terminal para salvar sua cidade natal, mas o Imperador das Trevas Zet continua em seu caminho.

Os ToQgers conseguiram libertar Subarugahama e Tokatti descobriu um jeito de eles voltarem a ser crianças, mas Right não tem certeza do que fazer após se transformar no Dark ToQ 1gou em sua luta contra o Imperador Zet.

Akira impede Right de enfrentar o Imperador Zet como Dark ToQ 1gou sozinho por temer por sua segurança, prometendo lutar ao seu lado. Em outro lugar, os outros ToQgers, como crianças novamente, vão à sua base secreta e encontram algo totalmente inesperado.

A escuridão do monstro massivo engoliu Right, os outros ToQgers nos Resshas e toda a cidade. Right não consegue enfrentar Zet nem mesmo usando a escuridão e é incapaz de se imaginar vitorioso. Justo quando suas opções acabam, os outros ToQgers aparecem para salvá-lo. Então, em meio à escuridão, eles conseguem ver as luzes das lanternas do Festival das Estrelas.