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Com a morte do Last Ninja, o Yokai Army volta a ficar livre. Seus cinco descendentes — Takaharu, Fuka, Yakumo, Nagi e Kasumi — precisam se tornar os Ninningers para proteger o mundo, começando por enfrentar uma horda de ashigaru.

Após o primeiro confronto com o Yokai Army, os cinco Ninningers treinam no Ninja Dojo. Takaharu tenta orientar os colegas, mas Yakumo discorda de seus métodos, e a tensão entre os dois cresce durante o treinamento.

Obcecado por licenças e manuais, Nagi decide enfrentar sozinho o Yokai Kasha usando estratégias aprendidas nos livros. Enquanto isso, Kyuemon Izayoi aparece diante de Takaharu, e Raizo Gabi confronta Yakumo, Fuka e Kasumi com um poder que eles nunca enfrentaram.

Enquanto os Ninningers continuam treinando, o Yokai Tsuchigumo surge para atacar. Ao mesmo tempo, Kyuemon tenta convencer Gabi a reunir o medo dos humanos, mas recebe uma resposta inesperada.

Um novo Yokai, Ungaikyo, aparece na cidade alegando querer apenas conquistar popularidade. Enquanto os Ninningers vigiam a criatura, Kasumi luta para conciliar os estudos universitários com sua vida ninja. Logo, Takaharu e Ungaikyo desaparecem.

Após uma avaliação do treinamento, Takaharu é o único obrigado a refazer a prova. Enquanto os outros Ninningers enfrentam o Yokai Tengu, Raizo exige que tragam Takaharu e mantém Fuka refém. Kyuemon oferece a Yoshitaka uma troca pela liberdade dela.

Após a derrota diante de Raizo Gabi, Tsumuji convoca Sasuke/NinjaRed, dos Kakurangers, e Yosuke Shiina/HurricaneRed, dos Hurricanegers, para treinar a equipe. Ao observarem os Ninningers em ação, os dois mestres apontam que ainda lhes falta força, especialmente a Takaharu.

Durante a batalha contra o Yokai Nekomata, os Ninningers viajam ao passado e encontram Takaharu e Fuka ainda crianças. Agora, precisam deter a criatura antes que suas ações afetem o tempo e o espaço.

Os Ninningers encontram um Sealing Shuriken purificado e tentam descobrir quem derrotou o Yokai antes deles. Enquanto isso, Harukaze Kato, mãe de Yakumo, incorpora o End Shuriken a um vestido, e Kyuemon invoca o Yokai Ittan-momen para atrapalhar os planos da equipe.

Após Yoshitaka ser atacado, os Ninningers armam uma emboscada e descobrem que o responsável é Kinji, um misterioso guitarrista capaz de se transformar em Star Ninger. Quando o Yokai Daidarabotchi aparece, Kinji já está no local, deixando a equipe em dúvida sobre suas intenções.

Kinji passa a trabalhar no dojo enquanto tenta cumprir a tarefa de derrotar os netos de Yoshitaka. Ao mesmo tempo, Raizo prepara um novo confronto com Takaharu, e os Ninningers enfrentam os Yokai Enraenra e Gashadokuro quando Shinobimaru foge para as montanhas.

Os seis Ninningers precisam aprender a trabalhar juntos para combinar Shurikenjin e BisonKing em King Shurikenjin e enfrentar Raizo Gabi. Enquanto isso, Kyuemon começa a reviver outro general caído.

Os Ninningers se preparam para participar do Festival Esportivo Ninja, que reúne equipes de outras escolas, mas o Yokai Yamawarawa ameaça o evento. Enquanto isso, Yoshitaka alerta Kinji de que sua proximidade com os Ninningers pode comprometer sua formação como ninja.

As disputas entre Kinji e Takaharu ficam cada vez mais intensas, irritando Fuka com a confusão que deixam para trás. Então, Takaharu recebe um pedido de socorro de Fuka: o Yokai Yamabiko teria roubado seu Nin Shuriken de transformação, e os demais também seriam necessários para recuperá-lo.

Enquanto Kasumi ajuda Nagi e Fuka nos estudos, Kinji enfrenta a pressão de uma missão dada por Yoshitaka. Ao mesmo tempo, Aka Ninger e Ao Ninger procuram o Sky OtomoNin, enquanto Masakage e Kyuemon planejam tomar o controle de um dos OtomoNin com a ajuda do Yokai Futakuchi-onna.

Masakage planeja usar um novo Yokai para atacar Tsumuji, pai de Takaharu e Fuka. Ele abandonou seus sonhos de ninja depois de perder a capacidade de praticar ninjutsu.

O novo Yokai tem Kinji como alvo, justamente quando está prestes a terminar o prazo que recebeu para derrotar os Ninningers. Com o tempo se esgotando, Kinji precisa enfrentar as consequências de sua missão.

Um novo Yokai chamado Otoroshi aparece com a capacidade de controlar mentes. Yakumo começa a agir de maneira estranha em relação à criatura, deixando os outros Ninningers desconfiados.

Depois que um Advanced Yokai danifica seus equipamentos, os Ninningers procuram Tetsunosuke Saika, um especialista em máquinas. Eles esperam que ele possa ajudá-los a recuperar o que perderam.

Os Ninningers voltam ao Shishi Temple para se aproximar de Shishi-Oh, o espírito do OtomoNin dos céus, Lion Ha-Ojo. Enquanto Tetsunosuke Saika exige a Ninja Ichibantou em troca de ajuda, o poderoso Advanced Yokai Nue reaparece.

Kinji começa seu aprendizado com Yoshitaka e percebe que precisa dominar os fundamentos do ninjutsu. Enquanto treina, conhece um garoto que sonha em se destacar no beisebol, mas o Yokai Baku surge e ameaça os sonhos dos dois. Enquanto isso, Kyuemon traz de volta Ariake no Kata.

Tetsunosuke cria um novo Nin Shuriken para liberar o poder de Lion-Ha-Oh, mas os Ninningers não conseguem combiná-lo com suas outras máquinas. Enquanto Yakumo e Kinji tentam superar suas limitações, o Yokai Nurikabe surge para criar obstáculos que alimentam o desespero.

Para descobrir uma fraqueza de Kasumi, Nagi organiza um desafio de coragem em um prédio supostamente assombrado. Porém, o Yokai Yuki-onna aparece e congela os outros Ninningers, deixando Nagi sozinho para enfrentá-la.

Insatisfeita com os resultados dos Yokai japoneses, Ariakenokata convoca os Três Grandes Yokai Ocidentais. Durante um passeio ao parque de diversões, os Ninningers são surpreendidos por Franken e precisam enfrentá-lo sem estragar o dia especial de Tsumuji e Fuka.

Fuka é selecionada para uma audição para o papel principal de um filme, ao lado de várias candidatas. Porém, uma a uma, as outras participantes começam a perder a consciência, levantando suspeitas sobre o que está acontecendo.

Quando os Ninningers voltam para casa, Yoshitaka revela como cada um está se saindo na disputa pelo título de Last Ninja. Mas algo em suas avaliações parece estranho, levando a equipe a desconfiar de suas verdadeiras intenções.

Wolf Man, o Yokai responsável pela morte da família de Kinji, aparece e o derrota com facilidade. Yoshitaka questiona se Kinji tem condições de ser um ninja, mas os outros Ninningers acreditam que o companheiro merece uma nova chance.

Hayabusa, ninja do exército de Kyuemon, cria uma barreira contra adultos ao redor de um jardim de infância para reunir o medo das crianças. Para atravessá-la, os Ninningers usam a magia de Yakumo para se transformar em brinquedos, mas precisam proteger os pequenos quando o Kibaoni Army os encontra.

Um novo ninja de Izayoi cria um jogo de tabuleiro baseado na vida de Tsumuji. Yakumo procura a ajuda dele, mas a situação pode revelar a verdade sobre o que aconteceu com os poderes de Tsumuji.

Takaharu leva a ninja Kikyo ao dojo, e ela anuncia que vai ensinar na Ninja Cram School de Kiroku Ise. Interessado, Takaharu se matricula, mas começa a desconfiar dos alunos, enquanto Kasumi e os outros investigam a escola e descobrem uma ligação inesperada com Masakage Tsugomori.

O ninja de Izayoi Mujina rouba o melhor de suas vítimas, deixando Kasumi sem interesse por nada. Para recuperá-la, os Ninningers arriscam suas próprias qualidades, mas o plano sai do controle quando outros integrantes da equipe também são atingidos pelo poder do inimigo.

Após HaOh Shurikenjin ser derrotado pelo robô KarakuriKyubi de Kyuemon, os Ninningers ficam em desvantagem sem seus OtomoNin. Yoshitaka enfrenta Kyuemon, enquanto a equipe procura Tetsunosuke para descobrir se é possível construir máquinas próprias.

A kunoichi Suzumebachi envenena Takaharu e ameaça matar suas vítimas em 12 horas sem um antídoto. Quando Yakumo protege Nagi e desperta o interesse romântico dela, Suzumebachi passa a atacar qualquer um que atrapalhe o casal, obrigando Yakumo a bolar um plano para conseguir o antídoto.

Durante uma luta contra os Hyakkarage, os Ninningers encontram Jiraiya, lendário ninja e figura central da Guerra Ninja Mundial de 27 anos antes. Enquanto ele os confunde com inimigos, um comitê aparece no dojo para impor regras rígidas que podem impedir a equipe de se transformar.

Ao pesquisar novas técnicas, Nagi encontra referências à espada Yokai Sword Urasame, que se alimenta de energia espiritual. Ao mesmo tempo, Kinji descobre que a energia usada por Kyuemon está transformando seu corpo em um Yokai e acaba preso em um labirinto com o Advanced Yokai Oumukade.

Após a traição de Kyuemon, Kinji se transforma em um Yokai, chocando os Ninningers. Aproveitando a confusão, Tsugomori usa shurikens amaldiçoados para criar o poderoso Advanced Yokai Oboroguruma, que coloca Shurikenjin em perigo.

Sem saber qual carreira deseja seguir, Nagi é colocado por Yoshitaka em uma aventura inspirada em RPG para experimentar o caminho até se tornar Last Ninja. Quando o Yokai Mokumokuren começa a prender crianças dentro de videogames, Nagi e seus companheiros precisam enfrentá-lo no próprio jogo.

Elena, filha do diretor da escola de magia onde Yakumo estudou, aparece para visitá-lo. Para sustentar a história de que ele lidera um esquadrão mágico, os Ninningers entram na brincadeira, mas o Yokai Amikiri surge e sequestra Elena.

Um ladrão de lanches causa confusão, e os Ninningers descobrem que se trata de Mangetsu, filho de Kibaoni. Embora pareça preguiçoso e deixe o trabalho para seus guardas Hyakkarage, ele revela ser um adversário muito mais perigoso do que aparenta.

Após ser derrotada por Mangetsu, Kasumi tenta criar um dispositivo para invocar Yokai, mas só consegue chamar Jyukkarage. Enquanto isso, um Papai Noel misterioso distribui anéis que provocam efeitos estranhos em quem os usa, levando Kasumi a investigar sua verdadeira identidade.

Mangetsu convida os Ninningers para uma festa de sucessão da família Kibaoni, e a equipe aceita mesmo desconfiando de uma armadilha. No local, o Advanced Yokai Shutendouji os desafia para uma série de cinco competições, mas os objetivos de Mangetsu vão muito além de um simples torneio.

Depois que Mangetsu Kibaoni captura Shurikenjin, Yakumo elabora um plano para recuperá-lo junto com Lion-Ha-Ojo. Para isso, ele tenta fazer Tsumuji se aproximar do Yokai Nekomata e usá-lo para reconquistar os OtomoNin.

Durante a limpeza de Ano-Novo no dojo, Tsumuji ataca Takaharu, mas logo se revela que ele está disfarçado de Shurikenger, o Sky Ninja dos Hurricanegers. Para testar o conhecimento dos Ninningers sobre os Yokai, Shurikenger os desafia para uma partida de karuta.

Gengetsu Kibaoni e os generais revividos começam a agir, dando início à preparação para a batalha decisiva. Enquanto Aka Ninger se prepara para enfrentar o Last Ninja, os Ninningers encaram as provações que definirão seu futuro.

Takaharu revela que o título de Last Ninja exige derrotar o ocupante anterior e tomar sua Nintality, algo que os Ninningers não conseguem fazer com o próprio avô. Quando Kyuemon Shingetsu Kibaoni aparece e sela seus poderes, Yoshitaka parte para o Castelo Kibaoni, seguido pela família ninja.

As três gerações de Aka Ninger unem forças para enfrentar Gengetsu Kibaoni e o Kibaoni Army Corps. Porém, Gengetsu e Kyuemon Shingetsu também se aliam, tornando a batalha final muito mais difícil do que os Ninningers esperavam.