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No RPG online "Union" havia um grupo de jogadores de escola fundamental, o Subaru. Um dia, dois de seus membros Asahi e Haruto fizeram uma promessa mútua e trocaram anéis. Porém, Asahi se sacrificou para ajudar Haruto e também morreu na vida real. Daí, o jogo foi suspenso e os membros do Subaru se separaram. Seis anos depois, Haruto entra no jogo recém-lançado "Re-Union" e se junta a Asahi.

Haruto is shocked by Asahi's sudden appearance in Re'Union six years after her death. Asahi acts as if nothing has happened, although she's unable to log out from the game. Players have noticed Asahi's existence and try to take her, but the former Subaru member Takanori appears. He had become the leader of the elite guild Illuminati. Asahi suggests reassembling Subaru, but...

Having reunited with Asahi in Re'Union, Satsuki asks Asahi to stay away from Haruto for his sake. However, Satsuki realizes that she was jealous of Asahi after witnessing her share a moment with Haruto six years ago, and vows to herself that she won't lose this time. In order to find out Asahi's identity, the three of them head to the dungeon where Asahi got her game over all those years ago.

Os três membros do Subaru derrotam o patrão Purgatorio, responsável pelo jogo de Asahi. Após sua derrota, eles vêem imagens misteriosas dentro de suas cabeças, e Asahi suspeita que são suas memórias. Eles partem para encontrar os membros restantes do Subaru quando eles são cercados por membros da guild de Southern Cross que estão atrás de Asahi. Eles logo se juntam a uma guild diferente chamada Brill Society.

After telling Haruto that he didn't have the right to protect Asahi, Takanori used his Divine Sense to teleport Haruto and himself to the Monochrome world. Takanori and Haruto butt heads, but Satsuki manages to intervene before it gets too far. They search for one of the former Subaru members Clive, when Takanori reappears to try to take Asahi away with the help of two major elite guilds.

As guilds de elite Southern Cross e a Brill Society capturam Asahi depois que Takanori cai em seu truque. Para salvar Asahi, Haruto enfrenta milhares de inimigos sozinho, mas acaba em desvantagem até que Satsuki e Takanori ajudam. Os três finalmente alcançam Asahi, apenas para descobrir que Angelus assumiu o controle de seu espírito para controlar a Arte Profeta.

Haruto ouve um boato sobre uma espada inquebrável jogada no fundo do mar e se dirige para o mar no navio da Capitã Alwida. Haruto encontra sua velho amiga Pleiades no fundo do mar. No entanto, quando ele tenta retirá-la, um enorme monstro de cobra chamado Aegir aparece. Enquanto isso, Takanori se encontra com Haruto e Satsuki no mundo real e diz a eles o que descobriu sobre o segredo de Asahi.

Haruto acorda, ouve o bipe de um eletrocardiograma e vê Asahi sobre ele. “Eu também ficaria surpresa se fosse você. Você dormiu por seis anos,” diz Asahi, que veio visitá-lo com Satsuki e Takanori. Asahi explica que Haruto foi derrotado no jogo quando protegeu Nozomi de Purgatório. No entanto, Haruto não se satisfaz com a explicação e os questiona sobre o Re-União.

No Re-União, Haruto recupera a posse de Pleiades, que contém o poder dos membros do Subaru. Clive recebeu um pedido de ajuda de Elicia, e diz a todos que Elicia diz que, para impedir que Gnosis acorde Asahi, é necessário acordar todos os membros do Subaru. Enquanto isso, Haruto e Satsuki se reúnem a Nozomi no mundo real e pedem a ela para entrar no Re-União de novo.

Após ser rejeitada por Haruto, Satsuki tenta entender seus sentimentos e lembra a si mesma que eles ainda são amigos de infância. Enquanto isso, Takanori lhes diz que Nozomi desapareceu na vida real. Com a ajuda de Clive, eles descobrem que Nozomi está conectada no Re-União e vão encontrá-la. Porém, eles descobrem que Nozomi ficou magoada quando viu Takanori e Satsuki dançando e entrou no Gnosis.

Haruto, Satsuki e Takanori se encontram na vida real para discutir como salvar Nozomi. No entanto, eles de repente se veem presos em um estranho fenômeno, quando aparece um homem misterioso e lhes diz que, para mudar o futuro, eles precisam do poder de escolher um mundo ideal. Lembrando-se da história de Elicia, eles concluem que o homem deve ter usado um dos sensos do Re-União na vida real.

O som de um tiro ecoa por toda a Torre do Espírito da Água Branca. Satsuki e Clive veem Haruto cair no chão, com o peito sangrando, enquanto Asahi está apontando seu revólver para ele, balançando a cabeça, descrente. Enquanto sua consciência se esvaece, Haruto tenta alcançar Asahi enquanto ela recua. Quando sua mão toca na bochecha dela, uma luz prateada emana do corpo dele.