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Jax e Xander, agora trabalhando para os Serviços de Inteligência da Confederação da Terra, tentam rastrear a fugitiva Tierney e descobrem que ela está procurando por uma arma destrutiva que pode potencialmente destruir todo o Universo. Enquanto isso, Jax fica cara a cara com uma mulher que ela nunca esperava ver novamente: sua mãe, Eve.

Jax, Xander, Ralen e Matta rastreiam os fugitivos Tierney e a mãe de Jax, Eve, para um planeta remoto com um segredo misterioso, apenas para entrar na mira do estranho culto religioso do planeta, que não vai parar por nada para manter sua ordem sinistra .

Jax e sua equipe visitam o planeta distante onde o Professor Osborn descobriu Jax como uma criança durante a Guerra da Terra-Zatarian em uma tentativa de encontrar os Antigos na esperança de salvar nosso Universo. Mas recebe um golpe trágico quando Ralen sofre uma perda que o mudará para sempre.

Jax e a equipe vão em busca de uma raça alienígena perdida que pode ser a chave para salvar o Universo, mas no caminho, eles são atormentados por pesadelos perturbadores que surgem dos traumas pessoais de cada indivíduo e da maioria dos medos pessoais.

Xander e Jett começaram a salvar Ralen, que foi pego no mundo de apostas altas de um clube de luta intergaláctico. Enquanto isso, Jax está em uma missão para Osborn obter informações de uma bela princesa Sumi que está prestes a se casar, mas se apaixona por Jax.

Xander, Ralen e Jett ajudam a defender uma colônia de mineração na Orla Exterior que está sob constante cerco dos Piratas Sumi. Enquanto isso, de volta à Academia, Jax é recrutado por Osborn para uma missão secreta.

Xander, Ralen e Jett descobrem e rastreiam uma remessa de armas ilegais para um cargueiro capitaneado por um piloto de carga desesperado, Roy Scantron, onde descobrem que a carga é clones de soldados mortos do EarthCom.

Xander, Ralen e Jett finalmente retornam à Terra, apenas para encontrá-la completamente desprovida de vida, com exceção de um Jax misterioso e amnésico. Agora eles precisarão trabalhar juntos para desvendar os estranhos mistérios deste mundo surreal.

Como a Galáxia está à beira da guerra, Jax e a equipe devem unir todas as raças da Galáxia na esperança de evitar sua destruição. Enquanto isso, Osborn luta com os fantasmas de seu passado.

Jax corre contra o tempo para salvar o Universo da destruição completa antes que os Antigos possam fazer seu julgamento final, enquanto Xander secretamente persegue seus próprios planos de redenção.