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連合地球暦203年。ついに地球へ向けて総攻撃を開始したラダムに対抗するため、人類は自らの手でテッカマンを造り出すことに成功。アキをチーフとする新生スペースナイツの整備班に所属していた少女ユミは、三人の新テッカマンの最後の一人に選ばれる。しかし、頼りない彼女にナターシャ、ダービットら他のテッカマンは厳しい態度を取る。

テッカマンイーベルとなって訓練を重ね、戦士としての力を付け始めるユミ。彼女に冷たく当っていた仲間たちも、その努力と成長を認め打ち解ける。そんな折、異星人テッカマンが地球に襲来。迎え撃つユミたちであったが、敵にも感情があることを知り攻撃を躊躇してしまう。そこに、ペガスに乗る赤いテッカマンが現れた。

ラダムとの決戦が近づき、特別待機を命じられるユミたち。束の間の安息の日々を過ごす中、ユミは想い人である謎の男に基地内で再会。彼への想いを一層強くするのだが、アキがその恋人であると知りショックを受ける。ラダム艦隊が地球へと迫る中、自分の力を見せて彼を振り向かせようと、ユミは単独で宇宙へと飛び出してしまう。

正体不明のテッカマンと戦い、瀕死の重傷を負ったテッカマンブレード。伝説の男の敗北に動揺する新生スペースナイツの面々は、仇を討とうと意気込むのだが、アキはそれを制する。だが、ユミたちは命令に背き、敵を追って宇宙へと向かう。そして彼女らの前に、ブレードを倒した謎のテッカマン、デッドが立ちはだかった。

無敵であるはずのブレードの敗北は、アキへの想いを胸に秘めたダービットの心を激しく揺さぶる。基地を飛び出した彼は、以前出会った少年、デッド・エンドと再会。意気投合する二人であったが、彼こそがテッカマンデッドであることをダービットは知らなかった。全ては五年前、素体テッカマンの反乱事件「プラハの黒い９月」から始まったのだ。

突然、スペースナイツの基地から姿を消し、行方知れずとなったユミとＤボウイ。そんな中、デッドはプラハに残されていたテックプラントを占拠。それを知った全世界の素体テッカマンたちは、暴動を起こしながらプラハへと集結しつつあった。「プラハの黒い９月」の再来を止めるため、ユミとＤボウイを欠いたままスペースナイツは出撃する。