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1910年代……由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。那里是一个为了获取可用于军事的力量，而收集、研究各地超常现象的特殊机构。栖凤中学三年级的岩元胡堂根据军方的训令，前往各地进行调查。此次岩元前往的，是一个飘落着“黑雪”的村庄。在那里，岩元遇见了一位生活在宛如地下牢房般的石墙中的、显得十分脆弱的少年。这与能够消除痛苦记忆的神秘超常现象之间，究竟有何关联……！？

奉校长之命，岩元前往某座神社对该神社的灵验程度进行“补充调查”。在那里，他遇到了“前任”——原町海。虽然岩元对能力成谜、难以捉摸的原町感到困惑，但他还是与他一同前往神社进行调查。在那里，他们发现了一棵巨树，树上密密麻麻地插满了写着人们怨言的镰刀，俗称“断缘镰”。据说这棵巨树拥有实现插镰者“愿望”的神奇力量，但这种超自然现象的真相究竟是什么……

栖凤中学·前线部队的宿舍里突然出现了一个巨大的“虫茧”。这个一夜之间出现、将各种事物卷入其中的茧，乍一看便知是异形之物。统率前线部队的鸠柳老师对此景象勃然大怒，断定这是隔离设施里学生所为。岩元为了洗清隔离设施的冤屈而展开调查，但其出人意料的结局究竟是……！？随后，奉校长之命前往调查“尸人传说”的岩元面前，出现的竟是那位有辍学倾向的后辈——天羽总一郎。

岩元和天羽正在调查《尸人传说》。两人混在一群可疑的黑衣人中潜入瓦斯工厂，眼前所见却是身着白大褂的男子们正在粉碎冰冻的尸体。面对因对方行为而勃然大怒的岩元，他们却淡然道出了一个令人震惊的事实……！？随后，岩元、原町和天羽三人奉校长之命前往料亭“龙宫城”。抵达后，他们看到的是一大堆尸体和黑玫瑰。就在这时，一个脸上绽放着黑玫瑰的男人突然挡在了他们面前。

刚在与飞沫原的生死搏斗中获胜不久，突然出现了一位一手拿着威士忌的英国人——沃特冈。他专程从大英帝国远道而来，为“推荐”岩元，随即发动袭击企图将岩元带回。面对自称“规格狂人”且拥有操控水之能力的沃特冈，擅长操控火焰的岩元处于下风，陷入苦战。而被沃特冈抓获的天羽则采取了背水一战的行动，然而……！？

A new recruiting mission puts Iwamoto and Haramachi into conflict with witches from England.

The clash with the witches continue, with some unexpected assistance coming from Sazame Ryu's rain.

Iwamoto is recruited by the person who recruited him, Okuaki Oni, to capture the elusive box man.

Iwamoto's investigation into the box man brings him into conflict with one of his recruits.

When mysterious meteor impacts start peppering the entire Japanese countryside, Iwamoto investigates.

Iwamoto visits a girl's school with his classmates to search for the culprit behind a poisoning incident.

Iwamoto learns the past of the poison man in his time since he escaped the military.