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企图侵略地球的异次元人亚波人，向联合工业区派出了超兽贝劳克恩。在贝劳克恩的袭击下，城市惨遭破坏，北斗星司与南夕子不幸丧命。但就在此时，奥特奇迹降临！

来自宇宙的金色巨卵与从地底现身的银色巨卵，在东京合体。TAC 为了在孵化前将其消灭而展开攻击，不料反而被吸收了激光能量，最终诞生出超兽 ——加麦雷王。

正在巡逻的南夕子，亲眼目睹一头撕裂天空现身的超兽袭击客机的一幕。TAC 因无法确认超兽的存在，将事件断定为普通航空事故，而北斗选择相信南夕子，独自展开调查。

被发现的三亿年前远古鱼类，遭到了亚波人的掳走。另一边，美川队员受邀前往校友、人气漫画家久里虫太郎的家中，殊不知这正是亚波人的阴谋。那条远古鱼，经由久里笔下的画作，被改造为超兽嘎兰……

接连发生只有 O 型血女性被异次元蚂蚁地狱吞噬的诡异事件。这一切，都是吉隆人与超兽阿里蓬塔的所作所为。TAC 小队驾驶万能战车出击，却遭到超兽反击，艾斯奥特曼也被吉隆人俘获。

从月球返航的宇宙船新星号，在即将冲入大气层前突然失联。驾驶员小山奇迹般生还，却已被超兽布洛肯附身。儿子阿敦察觉到父亲的异常，打算向 TAC 告知此事……

妖星古兰正沿着即将撞击地球的轨道不断逼近。为避免七天后到来的撞击灾难，TAC 紧急筹备迎击导弹 “玛利亚一号”。然而，复仇恶鬼 —— 美特隆星人，将玛利亚一号彻底摧毁。

美特隆星人、超兽多拉格利，以及怪兽穆鲁奇，皆因妖星古兰的影响从地底复活。在以一敌三的苦战之下，艾斯的体力严重消耗。妖星古兰正分分秒秒逼近地球，玛利亚二号导弹能否及时完工？

杂志摄影师鲛岛纯子，成功拍到了超兽加玛斯。超兽随即消失无踪，可这实则是一场阴谋。能够自由穿梭二维世界的加玛斯，潜伏在照片胶卷之中，伺机借大量印刷完成增殖。

超兽扎伊根突然现身。村野留美子与坂田次郎被卷入这场危机之中。出手救下众人的，竟是本已告别众人、回归故乡的乡秀树。次郎为重逢欣喜不已，北斗却心生疑虑……

TAC 第三雷达基地遭到女忍超兽尤尼唐戈的袭击。尤尼唐戈随即销声匿迹，北斗对事发地点附近的十名女大学生心生怀疑，展开调查。不料，自己反倒落入了亚波人的圈套……

超兽萨博坦德登场。它一度败给艾斯，却化作红色仙人掌之花，静待复活时机。得知有仙人掌会袭击人类的 TAC，从持有者三郎少年手中将其收缴，打算在宇宙空间中将其处置……

星司与夕子确认了浮现于天空的奥特信号。艾斯与奥特四兄弟汇合，一同降落在高格达行星。然而，这正是亚波人设下的陷阱。趁艾斯离开地球之际，超兽巴拉巴突然现身！

艾斯因兄弟被当作人质而战败撤退。TAC 的高仓司令官决定使用超光速导弹爆破高格达行星，并任命北斗担任导弹引导飞行员。与此同时，亚波人制造出了异次元超人艾斯杀手！

返乡回到冈山的今野队员，遇见了一位能和鲎交谈的少年梦二。鲎向梦二与星司传达了超兽来袭的预兆。能够将身体透明化并潜伏的超兽克拉勃王，战斗就此打响！

吉村队员在返乡途中，偶遇一名嬉皮风格的青年高井。青年高井一时贪玩，从供奉牛灵的古冢中取出鼻环，套在了自己的右臂上。当晚，高井的身体发生异变，最终化身成牛神超兽卡奥拉！

萤火虫原旁路作为对抗超兽专用兵器的运输路线，接连频发交通事故。诡异的是，所有遇难者全都化为了白骨。前往调查的夕子结识了一位坐着轮椅的少女民子，二人渐渐亲近起来。

星司与夕子遇见了能够自由操控鸽子的少年三郎。星司想到，可以利用鸽子的归巢本能，来操控尚在开发中的无人机，于是借用了三郎的鸽子小次郎。然而，亚波人却盯上了这一点……！

爱说谎的少年安夫，亲眼目睹超兽河童王变身为春山宅邸的泳池，却无人愿意相信他。春山夫妇邀请安夫的姐姐与朋友们前来泳池玩耍。当夜，孩子们全都变身成了河童怪人。

北斗目击到一艘翱翔于天空的豪华客船，于是申请休假，独自着手调查这起诡异事件。在此过程中，他结识了立志成为船员的青年筱田一郎。二人虽围绕事件的真伪产生激烈争执，却也在一来一往中，逐渐加深了彼此的情谊。

某天早晨，一名少女前来拜访龙队长，希望能被雇佣为家政佣人。龙队长婉言拒绝后，少女留下几句神秘的话语便转身离去。她乃是处女座精灵阿普拉萨，一直被亚波人利用，当作侵略计划的棋子……

亚波人的手下 —— 宇宙假面入侵了 TAC 基地。追击过程中，美川队员身负重伤。她被雕刻家坂井所救，二人逐渐熟识。坂井正为幼儿园的孩子们制作超兽模型……

一名神秘老人以诡异歌舞洗脑孩童。这正是亚波人的阴谋，企图将孩子们掳入异次元，借此断绝人类的未来。北斗孤身闯入异次元，与亚波人的最终决战就此拉开序幕！

少年健太的母亲佳子，在被红雨淋过那天之后，开始举止怪异。某天夜里，佳子偷偷离开床铺，如同呼唤亲生骨肉一般，对着超兽玛萨琉斯不停呼唤。这一切，皆是亚波人残余势力 —— 玛扎人的所作所为。

小学的校园内突然出现了一座金字塔。吸入喷涌而出的红色毒气后，孩子们接连倒地。唯有少女美智留安然无恙。她正是曾经支配过地球的猎户星人的手下。而其真实目的究竟是什么？

自诩宇宙最强的希波利特星人，狂妄地向人类提出要求：“交出艾斯！” 面对连 TAC 的攻击都完全无效的强敌，艾斯毅然出战，最终却被变成青铜雕像。随后赶来的奥特兄弟，也惨遭同样的命运……

击败奥特五兄弟的希波利特星人，要求人类交出地球，龙队长断然拒绝。TAC 抱着必死的决心整装出击，可希波利特星人的实力太过强大。就在此时，奥特之父降临现身！

自满月之夜起便举止反常的夕子，对现身的超兽鲁纳蒂克斯抱有异常强烈的执念，一心要将其打倒。北斗对此满心困惑，而这头超兽，正是将月球化为死亡之星的罪魁祸首。随后，夕子向北斗坦白了自己的真实身份……

京滨工业地带遭到超兽吉特吉塔加的大肆破坏，却没有任何人目击到它的身影。正在展开调查的北斗，结识了孤僻的少年梅津丹。少年丹声称自己能够看见奥特之星，因此被周围的人当作骗子排挤。

诡异黑云笼罩东京上空。TAC 立刻封锁事发周边区域，北斗却接连失误，造成大量人员伤亡。北斗因此受到禁闭处分。就在时机恰到好处之时，超兽雷德杰克突然现身城市！

受黑色彗星的影响，动物园里的貘变异为超兽巴克塔里。虽经貘类研究家貘山的劝说暂时恢复原貌，最终却再度变身成超兽。艾斯正与巴克塔里激战之时，收到了奥特赛文发来的奥特信号！

北斗出发迎击神秘的圆盘，却遭到奇怪的耳鸣袭击，险些坠机。另一方面，少年梅津丹遇到了一位自称星野明的少年。丹察觉到这位少年就是让北斗痛苦的超兽，并为此提出控诉，但 TAC 队并没有理会他。

坊间流传着搭乘巴伦号气球船的孩子都会变得乖巧听话的传闻，而这实则是超兽的阴谋。孩子们的精力被超兽不断吸取，继而变得萎靡消沉。就在 TAC 决定对气球船发动攻击时，一众虎式教育的母亲们对此表示强烈反对。

北斗正在调查油轮沉没事故，在海边偶遇捡拾贝壳的少年优治。少年一直相信姐姐所说的话：集齐一千枚贝壳，身为船长的父亲就能平安归来。然而，这些贝壳实则是因海底污染而发怒的超兽的鳞片。

少年雪夫每次梦到被超兽袭击，都会尿床。北斗调查后没有发现任何异常，便严厉斥责了雪夫，可超兽其实真实存在。因伤害了孩童的内心而满心愧疚的北斗，此刻，佐菲突然现身。

不断现身又瞬间消失的超兽桑德基拉，将 TAC 耍得团团转。北斗发现，在周边地区游荡的暴走族，与超兽的出没规律存在关联。为查明事件真相，北斗尝试与暴走族们交心沟通。

北斗的好友、汽车工程师加岛，终日埋头钻研研究，因此对恋人十分冷淡。在他设计的赛车进行测试期间，厌恶高速机械噪音的超兽马赫雷斯突然现身。加岛不惜赌上性命，也要拼死守护自己的设计图纸。

圣诞之夜，厌恶异国文化的那玛哈盖唤出超兽，企图对人类施以惩戒。超兽斯诺基兰释放诡异光线，致使大批民众失明。北斗对现身于孤儿院的圣诞老人心生怀疑，而他的真实身份实则是……

本以为早已离世的丹少年的叔父突然归来。但其真实身份，是图谋摧毁 TAC 新兵器银鲨的法伊亚星人。艾斯在超兽法伊蒙斯的猛烈攻势下陷入苦战，而赛文现身给予鼓励……

新年的街道上发生一桩怪事：熊猫玩具接连被一名身披诡异黑斗篷的男子偷走。在男子的藏身之处，就连真正的熊猫也遭到囚禁。这名男子的真实身份，是企图带走令地球人狂热喜爱的熊猫的斯蒂尔星人。

少年新太的父亲是舞狮名家，他平日里常会借着舞狮玩耍、模仿超兽，不料竟意外变身成了真正的超兽狮子戈朗。由于新太被封印在怪兽体内，TAC 与艾斯都无法贸然发动攻击，陷入了艰难的苦战。

在饭田山口，一对父女遭到超兽冰龙的袭击。少女小雪为寻找舍身保护自己、跌落谷底的父亲，独自前往峡谷。此时超兽再度现身。危急关头，救下深陷绝境二人的，竟是传说中的神秘怪兽巫。

北斗在休息日前往滑雪场时，收到了雪人出没的目击报告。雪人真身是来自冰雪星球的超兽福布基拉拉。它以猛烈暴风雪与严寒冰封整片滑雪场，就连艾斯的光线技能也对其无效，是极为棘手的强敌。

立春分节之日，吃下红豆的北斗，患上了肌肉力量急剧衰退的怪病。这正是智谋型超兽奥尼台比尔设下的阴谋。完全无法使出力量的艾斯惨遭奥尼台比尔击败，为寻求治疗，启程前往 M78 星云。

木星二号人造卫星坠落至煤气储罐。卫星之上，早已被产下了超兽加斯基根的卵。这头超兽依靠吸收瓦斯不断成长，TAC 无法贸然发起攻击。TAC 与艾斯制定作战计划，决心在宇宙空间中将其彻底粉碎。

拥有时空跳跃能力的超兽达达拉霍斯。吉村、美川两名队员被其跳跃能力卷入，意外穿越到奈良时代。为营救二人，北斗与龙队长一同向超兽发射钢索，跨越时空前往救援！

独居在村落之外的坂上老人与孙女小百合饲养的蝾螈，受太阳光影响巨大化，变异为超兽汉扎基兰。因承载着坂上老人的怨恨，超兽不断袭扰村庄，性情愈发残暴……

饱受牙痛折磨的北斗，梦见遭到超兽贝劳克恩的报复。不久后，他亲眼目睹了贝劳克恩的幻影，慌乱之下在市区胡乱射击 TAC 枪械，因此受到禁闭处分。这正是亚波人残余势力策划的、抹杀艾斯的阴谋作战。

一名神秘女子降临山间村落。前来该村展开调查的 TAC 队员，险些被村民处以火刑。村民早已被企图殖民地球的外星人洗脑，将宇宙电气水母尤尼布拉克斯奉为神明崇拜。

巡逻途中的北斗，与经营蔬果店的雪的卡车发生剐蹭事故。双方各执一词，都咬定是对方无视信号灯、不肯退让。而这一切，正是雷伯尔星人侵略计划的开端。不久之后，各地开始接连发生原因不明的信号灯故障事件。

少年春夫被母亲强迫学习小提琴课程。厌恶练琴的春夫本想毁掉小提琴，不料这把琴竟变异为超兽吉根。它以优美的音色吸食人类灵魂，还从小提琴不断进化为大提琴、低音提琴，体型持续巨大化。

TAC 从坠毁的圆盘当中救下了西蒙星人的孩童。然而，其真身实为亚波人残余势力所幻化。北斗不屈服于亚波人的胁迫，决意揭露真相、离开地球。艾斯最终的宿命大战，就此拉开序幕！