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担任圣骑士团撤退支援任务的惩罚勇者赛罗·弗巴茨。在救出同队的多塔·鲁兹拉斯于危难之中时，多塔从圣骑士团偷走了一口大棺材。里面沉睡着对抗魔王兵器“女神”……

在惩罚勇者队的新任务下，赛罗与诺鲁卡由·圣利兹和达也一起前往控制泽汪·卡恩的坑道。赛罗接受了异形化地牢的命令，这是一条危险的路线，但他面临着更严峻的决定。

在坑道深处发现矿工们的赛罗，一边击退波加特，一边试图从坑道脱身。诺鲁卡由则是鼓舞矿工，激起他们的斗志。然而，终究敌不过波加特的群起围攻，眼看那锐利獠牙就要逼近矿工长……！

赛罗等人抵达了第一王都的防卫据点·缪里德要塞。在热闹非凡的大酒保中，芭特谢来到了赛罗与泰奥莉塔的面前。随后，她揭露了军部与神殿各自在泰奥莉塔身上的盘算。

魔兽逼近缪里德要塞之际，完成作战准备的赛罗率军归返要塞。此时，第九圣骑士团团长霍特与其“女神”佩鲁梅莉正留下盛满毒液的大酒桶悄然离去。要塞终将沦为勇者的墓碑，抑或——

由于骑着魔兽的人影的袭击，缪里德要塞起火。正门的诺鲁卡由和地下通道的达也被迫采取应对措施。另一方面，泰奥莉塔注意到了赛罗否定“女神”存在方式的理由，并向他提出了这个想法。

正在约夫市疗养的赛罗与泰奥莉塔，被临时编入帕托谢的部队。据说城中潜伏着不承认新“女神”的神殿异端者，赛罗等人便伪装成休假状态，试图引诱异端者现身。

由于刺客手法极其干练，赛罗怀疑冒险者公会正是幕后黑手，并提议调查公会会长利迪奥·索德里克。帕托谢与宰罗分别乔装成贵族夫人及其情夫，以委托暗杀丈夫为名潜入公会。

赛罗等人切断了增援路径，在镇压冒险者的同时不断扩大骚乱规模。正当他们被突然现形的异形妖精巨魔杀了个措手不及之时，泰奥莉塔一行人及时赶到会合。然而，关键人物利迪奥却趁乱逃走了……！？

索德里克事件平息后的次日清晨，约夫市遭到了异形妖精的大规模袭击。珊瑚塔“图伊·吉阿”被敌方占领，导致整个港口区域都进入了敌人的炮击范围。赛罗等惩罚勇者部队被指派前往最危险的港湾地带，全权负责该地的防卫。

赛罗一行人赶到仓库营救避难民。杰斯也随后合流，但由于妮莉被炮兵"铁鲸"锁定，导致援护行动受阻，无法随心所欲地展开支援。赛罗与泰奥莉塔火速赶往图伊·吉阿，然而在两人面前，西基·巴乌挡住了去路。

在返回避难点的途中，赛罗与泰奥莉塔救下了一名浑身血污的少女——伊莉。然而，她的真面目正是斯普利根，其暗藏的利刃已然逼近了泰奥莉塔！与此同时，芭特谢心中的疑虑终于转变为确信，她已然下定了某种觉悟。