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由宇宙产业巨头贝纳里特集团经营的阿斯提卡西亚高等专门学园。水星的转学生斯莱塔·墨丘利对在学园的新生活感到兴奋。然而，在即将到达的时候，她发现了一个漂浮在宇宙中的影子。

在与盖尔的决斗中获胜的斯莱塔。但是她的机动战士风灵，被怀疑使用被禁止的魔女技术GUND型。另一方面，米奥莉奈因父亲德林而面临退学危机。

斯莱塔被迫再次进行决斗。为了取消对风灵的废弃处分，并让米奥莉奈免遭退学，斯莱塔和米奥莉奈进行了合作。另一方面，同时对于作为对手的盖尔而言，这是绝对不能输的一场决斗。

盖尔突然对斯莱塔求婚。不知所措的斯莱塔因一时慌乱而当场逃跑。当人人都对盖尔的行动感到吃惊时，地球宿舍的学生雀雀却对他们投以冰冷的目光。

佩尔技术公司计划利用伊兰来揭开风灵的秘密。不知为什么，斯莱塔很在意温柔待己的伊兰。有一天，斯莱塔收到了伊兰的外出邀请。

不明白为何伊兰的态度转变得如此之快，心情复杂的斯莱塔还要准备与伊兰接下来的决斗，场地是对伊兰更有利的太空环境，怎么办才好呢？

斯莱塔和米奥莉奈收到邀请去参加创业者大会，因为三巨头可能都在，于是她们前往去会场寻找伊兰

做出一起开“高达”公司的豪迈宣言后，米奥莉奈只有很短的时间来筹备开公司需要的各种手续。而与此同时，别有用心的人也在觊觎着这个即将成立的公司。

一方希望学校能撤回新增加的不利条款，一方希望能直接收购高达公司，无法达成一致的双防选择了六对六的高达团体战决斗。目前只有一架风灵的米奥莉奈方要怎么应对呢？

高达公司已经运营了两个月，忙碌的米奥莉奈似乎和大家越走越远，斯莱塔的思绪也开始复杂了起来。另一方面，刺杀总裁的行动仍在暗暗进行，发起方和负责联络的中间人竟是......

地球宿舍的成员为了运回修理中的风灵，从学园离开，朝目的地出航。目的地就是贝纳里特集团的巨大开发设施奎达工厂。然而斯莱塔却依旧烦恼着和米奥莉奈间产生的误解......

斯莱塔必须改变自己的态度，才能拯救米奥莉奈和所有人。与此同时，米奥莉奈和盖尔将会奋力求生。

在距离奎达工厂袭击事件已经过去两周的时间里，学校的日常生活看起来依旧平静。但是，有关这起事件的禁令却已经生效，地球之家的成员们感到自己的言论和行动被限制，让他们感到束缚。与此同时，为了明天的开放日活动做准备，两名新的转学生出现在斯莱塔面前......

在多姿多彩的校园开放日的背后，斯莱塔得知了苏菲通过决斗想获得的事物。与此同时，尼卡则认为自己需要对此事态负责……在各自的想法与计谋交错之中，混战式的决斗活动大乱斗揭开了序幕。

引发奎达工厂袭击事件的组织弗特的黎明，在遭到了贝纳里特集团的驻留部队的追杀后，被迫从据点撤退。盖尔被奥尔科特俘获，并囚禁在了他们的据点中。在亲手杀害父亲后，盖尔陷入了深深的绝望……

由于校园开放日的事件，学园陷入一阵混乱。贝纳里特集团对事件的隐瞒以及在地球强制行使治安活动的行为遭到曝光，集团为了改善情况决定举行总裁选举。米奥莉奈在审讯结束后，久违地回到了学园。

在得知普洛斯佩拉和德林之间的联系后，米奥林决定接管"寂静零号"项目，以换取斯莱塔的解放。米奥莉奈的17岁生日在即。现在，决定她新郎的最终决斗拉开了帷幕。

在一次决斗中被击败，斯莱塔突然失去了米奥莉奈和风灵。为了摆脱悲伤，她投入了校园生活。米奥莉奈正在为总裁选举做准备，就像她答应普洛斯佩拉的那样。但她显然很担心，因为沙迪克占了上风。

米奥莉奈乘坐航空器降落到地球，与领导抗议活动的地球人进行讨论。鉴于地面上的严峻形势，和平谈判几乎是不可能的。与此同时，地球宿舍的成员仍无法使绝望的斯莱塔振作起来......

盖尔得知了沙迪克是绑架萨里乌斯的主谋......

阿斯提卡西亚高等专门学园已被诺蕾雅的横冲直撞所摧毁。幸存的学生被迫住在疏散避难所，等待救援。

普洛斯佩拉和艾莉克特启动了寂静零号。

斯莱塔驾驶着凯列班，与艾莉克特进行正面交锋。盖尔与劳达展开对峙，此时的劳达对米奥莉奈怀有强烈的仇恨。在混乱的战斗中，一艘飞船正载着米奥莉奈和其他人前往寂静零号。

结束的关系和重新形成的其他关系。悲伤和喜悦。暴力和对和平的祝愿。空间交织着一切，因为年轻一代在这个世界上找到了自己的方式，什么是正确的只是一个观点问题。