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神秘的球体“斯菲亚”发起了攻击。超级 GUTS 立即出动，向变身为怪兽的球体发起挑战，但却陷入苦战。就在这时，飞鸟队员的身体被耀眼的光芒所包围……

火星上戴拿奥特曼与怪兽的战斗，以戴拿的胜利告终。然而，飞鸟却突然陷入了对这股被赋予的未知巨大力量的深深苦恼之中。

过分相信自身实力的飞鸟，无视了上级的命令，擅自对从坠落在地球的陨石中现身的小型怪兽发起了攻击。虽然这次攻击看起来像是给了怪兽沉重的一击，但……

在建造地底都市“Geo Front”的施工现场周边，多次观测到了诡异的地震。超级 GUTS 确认了地底存在移动的生物，为了进行调查，决定停止施工机械。

飞鸟的朋友、曾在大联盟效力的冰室回国了。虽然两人久违地重逢了，但冰室却因为比赛中的一次事故留下了心理阴影，正在考虑退役。

巨大的蘑菇状怪兽现身了，并宣告要抹杀全人类。在超级 GUTS 无法顺利组织起迎击态势的危急关头，飞鸟竟然被怪兽的人类形态要求“站到我这一边来”。

少女捡到了一个胶囊，里面装着一种可爱的生物，但那其实是被达衣思星人封印的残忍怪兽加比休。怪兽把少女作为人质，开始大肆暴走。

在古边村，村民突然昏迷的现象频频发生。罪魁祸首是随陨石而来的怪兽巴欧恩。凡是听到它叫声的人，都会在瞬间陷入沉睡，但是……

超级 GUTS 与戴拿奥特曼联手，成功击败了怪兽基阿库达。然而，本该已经粉身碎骨的怪兽，其每一个细胞竟然都凭借着顽强的生命力，再次开始活动了！

安第斯山脉上空出现了怪兽。狩矢队员对秋月博士的言行产生了怀疑，因为博士声称留下地上画（纳斯卡线条）的吉奈金达鲁人再次复活了。于是，狩矢队员潜入了秋月的宅邸进行调查。

在前往进行调查的星球上，飞鸟等人发现了一个人工洞穴。在洞穴深处，他们发现了一只正在沉睡的怪兽。不久后，他们得知这颗星球的自然环境其实只是全息投影，但是……

超级 GUTS 收到了一封写着“把城市交出来”的恐吓信，随后三座城市真的凭空消失了。飞鸟等人在追踪大怪盗希玛拉的过程中，不幸被关进了异次元空间。

少年武目睹了外星人正在组装怪兽。飞鸟等人前去调查，却发现那不过是一家普通的玩具工厂。为了抓住确凿的证据，武决定独自潜入工厂。

从月球太古遗迹调查归来的狩矢队员，举止变得非常怪异。原来，曾经毁灭了月球繁荣超文明的恐怖恶魔——伊希里斯，已经寄生在了他的体内。

库勒星云人西奥是从坠毁的UFO中被收容的。在队员们对他充满不信任的时候，唯有麻衣选择相信他，并与他建立了心灵相通的情谊。然而，西奥最终还是暴露了他的真面目。

大友博士与哈乃次郎一同失踪了。飞鸟等人前往博士失联的海域，在那里发现了一座地图上未曾记载的岛屿，并目睹了两大怪兽之间的激烈战斗。

发生了一起诡异的事件：宇宙飞船飞过的街道竟然变成了空无一人的“鬼城”。原来，人们的灵魂都被飞船发出的光线给吸走了。紧接着，良也不幸被那道光线击中了。

在调查一连串神秘失踪事件时，超级 GUTS 注意到失踪人群中包含了几名来自同一所女子高中的学生。于是，良决定前往少女们就读的学校进行调查。

有个东西接连袭击了中国的发电站，并正朝着日本逼近。它的身姿，竟然与新城真由美梦中那只让她思念着恋人拓马的怪鸟一模一样。

一名少年的命运转折点即将来临。他从母亲口中得知，自己其实是拉赛思塔星人，并且肩负着代替消失的母亲、去寻找新天地的使命。

TPC 本部遭遇了异常酷暑的袭击，究其原因，竟是本部地下栖息的怪兽索德姆体温超过了 2500 度。队员们制定了作战计划，决定将怪兽驱赶至地表，并在对其进行冷却后发起攻击。

从施工现场发现的一面青铜镜，竟然是传说中月夜的士兵的遗物。为了揭开守护神摩志之谜，这面青铜镜被托付给了良的挚友——绫野博士。

海洋开发中心“特里顿J2”遭到了怪兽的袭击。飞鸟和幸田立刻紧急赶往现场，然而，一个黑色的影子却像是要阻挡他们的去路一般出现了。

在难得一见的假期造访的湖边，中岛遭遇了酷似绿藻的物体以及鱼群的大量死亡。TPC 生物工学班随即展开了调查，然而……

南极的气温出现了异常上升，超级 GUTS 乘坐移动要塞格拉科夫号前往当地。就在麻衣等人刚准备外出调查时，格拉科夫号的计算机系统突然被不明身份者入侵并接管了……

戴拿奥特曼被怪兽冻成了冰雕。而在此期间，被神秘生命体斯休姆操控的人工太阳试验机，依然在失控的状态下持续向地球坠落。

飞鸟遭到了外星人的袭击。超级 GUTS 随即加强了警戒，然而一周过去了，却什么也没发生。就在这样的一天，飞鸟察觉到了一丝异样，随即前往调查，然而……

在西亚，人们发现了栖息于太古时期的巨大猿人的后裔。然而，在这片土地上进行资源开采的团队，却企图强行抹杀这些成为作业障碍的猿人。

飞鸟被调往月球基地加洛瓦，并被任命为零驱动计划的试飞员——而这项计划，正是导致他父亲一马失踪的罪魁祸首。

失去了返回母星手段的米基星人，正藏身在一间廉价的公寓里。就在这样的一天，他偶然发现了隔壁邻居——剧本家三上被废弃的原稿《地球无条件投降》……

R2地区突然有4根巨大的柱子通过空间移动出现，紧接着，怪兽莫斯阿甲也随之现身。正当飞鸟准备变身时，一名黑衣男子竟然变身成了一位与戴拿奥特曼一模一样的巨人。

被大家亲切地称为“拉布摩斯”的探测机器人 TM-39 突然做出了原因不明的举动，并开始破坏设施。无法相信眼前这一切的麻衣，拼命地尝试与拉布摩斯建立连接，然而……

对超级 GUTS 扩充军备持批判态度的新闻记者·莲见，从一位名叫园香的少女那里接到了委托，希望他能调查一下那些被外星人改变了人格的同伴。

响队长所在的宇宙发电站遭到了怪兽的突然袭击。面对为了寻求地球电能而逼近 TPC 总部的怪兽，幸田被迫做出了一个重大的决断。

漂浮在冥王星表面的“微笑冰山”。虽然其影像通过 TPC 的新技术·宇宙网络被清晰地投射出来，但发送该影像的宇宙船却遭到了不明身份者的袭击。

向人类发出恐怖警告的正是斯菲亚。化作怪兽乔莫斯并侵入地球的斯菲亚，让大阪陷入了巨大的恐慌之中。而这只怪兽通过脱皮，变得更加凶暴了。

街道上发生了被丢弃的垃圾在各处相互结合的古怪事件。它们逐渐集结在一起，在复杂的交错组合中不断巨大化。然而，TPC 却判断这仅仅是普通的垃圾，从而选择了静观其变。

被誉为天才的剧作家·鸣海留下了名为《怪兽戏曲》的作品。正如其中所记载的那样，那只由他驱使炼金术创造出的怪兽·布恩达，终于现身了。

大友博士的助手·山崎盗走了“进化细胞”并离奇失踪。超级 GUTS 遂与特殊部队“黑色巴斯特”联手，共同追查山崎的下落。

接到有关“外星人集会”的情报后，中岛前往现场进行调查，并得知在传说中的“加基拉之树”里，隐藏着诞生戈德加基拉的秘密。

在宇宙空间站出生长大的第一代孩子们，正乘坐羚羊号飞船前往他们初次造访的地球。宇宙昆虫戴奥利乌斯盯上了他们，为了产下虫卵而发动了袭击。

新型武器的样品终于完成了，飞鸟和麻衣受命执行领取该武器的任务。然而，那些不希望地球人增强武力的外星人·雷丘兰……

雾闻岳聚集了岩浆，火山活动变得活跃起来。接到这一消息的响队长，内心无法平静。因为在那座雾闻岳，曾有一位给予他鼓励的少女……

接到旨在改善金星环境的人工细菌培养器中断定期联络的报告后，超级 GUTS 乘坐库拉克呼号前往现场。就在那里，一个高速移动的生物出现了。

宇宙超兽特龙加突袭了 TPC 的设施。在看到它身影的瞬间，宫田参谋仿佛被附身了一般，命令超级 GUTS 对其进行执拗的近距离作战。

一颗神秘的陨石坠落在长野县松本市。此后，在松本市一带，迄今为止 TPC 曾与之交战过的怪兽和外星人开始接连被目击。接到报告的超级 GUTS 随即出动，然而……

幸田与狩矢二人在调查怪电波发射源后归来，却突然破坏了 TPC 的主系统。这背后，隐藏着法比拉斯星人的某种阴谋……

目睹了莫格顿突然从地底出现并开始肆虐，不起眼的上班族·武藏震惊不已。因为他看穿了，这只怪兽竟然吞下了一颗足以毁灭地球的炸弹。

奈奥达兰比尔与戴拿在火星上展开了激烈的战斗。而在彼方，有一群人正在追踪并记录着这场战况。原来是权藤参谋启动了在8年前被封印的“F计划”。

古兰斯菲亚一边吞噬着太阳系的行星，一边开始向地球发起进攻。与此同时，在之前的战斗中负伤的飞鸟，正受到原 GUTS 队员悉心照料。

对于展开强力屏障的古兰斯菲亚，即便是最终兵器“新麦格斯炮”也完全无法与之抗衡。然而，戴拿察觉到了屏障的盲点，并提出了破局的对策。