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面对马格马星人与双子怪兽，孤身奋战的奥特赛文。此时，一位全新的英雄——雷欧奥特曼出现了。他下定决心，要守护这第二故乡——地球。雷欧的人间体凤源随即加入MAC队，与诸星团队长一同对抗怪兽们。

由于双子怪兽的反复袭击，城市遭受了毁灭性的破坏。为了打倒怪兽、阻止马格马星人的野心，他必须掌握新的技能。凤源一边挂念着受伤住院的百子，一边坚持进行严酷的特训，终于开发出了‘旋风踢’。

为了挑战雷欧奥特曼，祖鲁克星人连夜犯下累累罪行。在遇难者中，也包括凤源工作的体育俱乐部学员——阿透和阿薰的父亲。不久，祖鲁克星人巨大化，开始破坏城市。雷欧面对双臂化为利刃的祖鲁克星人，陷入了苦战。

在团的攻击下，祖鲁克星人暂时撤退，雷欧也因此保住了一命。凤源受团之命，开始了切断瀑布流水的特训。面对迟迟没有进展的特训，凤源一度陷入绝望，但飘落的花瓣成为了打破僵局的关键线索。凤源再次变身为雷欧，向祖鲁克星人发起了挑战！

凤源本想代替父母照顾阿透和阿薰，却因为怪兽出现的警报不得不紧急出动，甚至连一起去野餐都做不到。此外，凤源为了击败卡内德拉斯，不得不投身于针对特制机械的严酷特训中。虽然阿透一脸不满，但在妹妹遭遇危机时，他终于找回了理智……

负责宇宙勤务的白土队员，为了和未婚妻洋子共度时光而来到地球。然而，尽管有凤源随行护卫，洋子还是惨遭卡利星人毒手。面对伤心欲绝的凤源，团用严酷的特训对他进行了磨炼。

凤源察觉到阿薰采摘的花朵其实是一种宇宙植物。然而，凤源为了不伤害阿薰的心灵，对如何处理这朵花犹豫不决。可是，这朵花最终竟然变成了怪兽肯多罗斯的必杀武器材料。

怪兽贝基拉出现在了高楼林立的街区。由于凤源的一意孤行，导致MAC队内部的和谐开始破裂。被处以禁闭处分的凤源，受团之命，前往白云庵拜访了一位名叫十贯的僧人。

混入游乐园怪兽表演秀中的星兽吉罗，和阿通成为了好朋友。吉罗被识破其真实身份的凤源追赶，于是巨大化，随后带着阿通一起消失了。吉罗的目的究竟是……？

怪兽乘着陨石飞来，MAC队随即出动，但凤源却得知，这只怪兽竟然是自己在故乡L77星饲养的宠物——罗恩。罗恩在漫长的流浪中已经变得凶暴。凤源因无法对罗恩下手而苦恼不已……

由于单方面憎恨地球人的凯特尔星人，连续杀人事件接连发生。协助追踪星人的拳击手松本，也成为了其中的牺牲者之一。凤源向松本的侄子一郎发誓，定要打倒星人。

MAC的新队员——佐藤三郎，在各方面都打破了常规。他利用从非洲归来的经验，跳起赛玛族的舞蹈，以此来对抗从地底出现的怪兽班戈。在得知班戈有喜欢模仿的习性后，他甚至把队服像气球一样充气膨胀，向怪兽发起挑战。

凤源被能够隐形的百贝星人陷害，背负了杀人的污名，并遭到了停职处分。为了证明凤源的清白，团发誓要独自一人打倒星人。无法变身为赛文的团，驾驶着麦基3号，向巨大化的百贝星人发起了挑战！

怪兽安塔雷斯现身，雷欧向其发起挑战，却在弄伤左肩后让怪兽逃走了。随后，安塔雷斯化身成踢馆的少年，以此瞄准凤源。团让MAC队员们协助凤源进行特训，但在不明真相的队员们眼中，这不过是团的偏心袒护，凤源因此陷入了孤立无援的境地。

某天，凤源目击到百子正和一位名叫津山的青年约会。团命令凤源拜击退了分身宇宙人福里普星人的津山为师。凤源虽然对向津山请教感到犹豫不决……

关于每晚在温室里低声啜泣的幽灵的传闻正在四下蔓延。其真面目竟是能将物体像蜡像一样变异的阿特拉星人。在星人的魔爪下，人体像蜡人偶一样变质并死亡的案件频发，街道已然化为一片废墟。

凤源的伙伴猛有一位名叫冴子的未婚妻。然而，她却被狼男沃尔夫星人附身了。猛激烈地谴责凤源，因为凤源竟怀疑冴子就是那起连环杀人案的凶手。

由于大量覆盖在空中的宇宙蝙蝠，导致了异常气象的发生。MAC队虽然击退了蝙蝠群，但仅存的一只蝙蝠变成了一名少女，被百子发现了。百子选择相信并保护了这名少女，但是……

凤源和百子利用休假去北海道旅行了。在他们造访的大狩川周边，人们深信着这样一个传说：如果在盂兰盆节期间杀生，就会遭到‘海坊主’的诅咒。就在此时，一名打破禁忌去钓鱼的渔夫被某人杀害了。

一个神秘物体从小熊座方向飞来。紧急赶往北海道手稻的团和凤源，遇到了一位名叫博库的小熊座少年。他是在逃避怪兽多吉乌的追杀途中遭到攻击，从而迫降在地球的。与此同时，怪兽多吉乌似乎也侵入了地球……

北山队员救下的那位神秘美女，竟是能给人类带来幸福的尼娅女神。然而，由于诺斯撒坦星人的破坏，她的宇宙船被毁，导致她再也无法回到故乡α星。雷欧虽然一度败给了诺斯撒坦星人，但他随即开始了特训。

怪兽加仑现身于城市之中。紧急出动的凤源，在看到救出的兄弟俩的身影时，不禁想起了弟弟阿斯特拉。凤源变身为雷欧，向加仑发起挑战。就在此时，加仑的弟弟怪兽立特尔也出现了。正当雷欧被这对怪兽兄弟逼入苦战之际，阿斯特拉赶到了！

喜爱恶作剧的宇宙人科洛星人坠落在空地上。与‘少年MAC队’的孩子们完全混熟了的科洛星人，召唤来了它的保镖兼宠物——怪兽雷恩伯拉。但是，由于操纵装置的尾巴脱落，导致无法再控制雷恩伯拉了。

宇宙船坠毁了，萨林星人的多多尔博士和卡罗琳逃了出来。他们是因为机器人的叛乱，才从母星逃亡到地球的。机器人警卫队飞抵地球并要求引渡他们，但凤源为了保护这两人，向机器人怪兽加梅洛特发起了挑战。

每晚都被‘垃圾从天而降’的不可思议的噩梦所折磨的次郎少年。出现在他面前的克林星人，诱惑他说要带他去美丽的母星。就在那时，同样的克林星派出的宇宙昆虫撒旦比特尔正逼近地球。

被称为宇宙魔法使的超能力者——普莱舍星人现身地球。前去挑战的雷欧，竟像一寸法师一样被缩小了。拯救了陷入绝境的雷欧的，正是传说中的奥特之王。”

被赶出苹果行星的喜爱水果的鬼怪兽奥尼昂逃到了地球。得知祖父母经营的水果店遭到了奥尼昂的破坏，桃太郎少年带着随从——不是雉鸡而是鸡——出阵，向奥尼昂发起了挑战。

渔船船长救助了一位差点被渔民杀害的帕拉戴星人儿童。当晚，外星人邀请船长赴宴，并用美酒佳肴招待了他。与此同时，为了向伤害过他们的渔民复仇，两名帕拉戴星人登陆，并变身为星兽帕拉戴王。

一个能用念力胡作非为的神秘少年乌利出现了。追踪而来的团和凤源，遇到了一位与安奴队员长得一模一样的女性。然而，这位女性否认了自己就是安奴。她一直抚养着身为宇宙人弃子的乌利，但乌利突然开始暴走并巨大化，变身为乌林加。

被誉为‘宇宙中最美丽的怪兽’的罗兰，因拒绝了马格马星人的求婚而遭其追杀。大熊新治与健二父子发现了受伤的罗兰，并帮她拔出了身上的刺。某天，一位神秘的美女出现在了大熊父子的自行车店里。

一位自称‘开花老爷爷’的老人，让沉睡病的花朵绽放了。老人的真身其实是贝铭星人，他企图通过让孩童陷入沉睡、停止成长，进而支配地球。因那朵花而陷入沉睡的薰的梦中，出现了一位白色的花之精灵。

弥生最近总是做一个不可思议的梦。梦中有一个声音告诉她，她是月亮的女王，在十五之夜会有使者前来迎接。这其实是月光怪兽基拉拉在向她的深层意识发出呼唤。弥生的养父母和MAC队试图保护她，但是……

怪陨石飞来，团和凤源展开追踪，但在公寓上空将其跟丢了。从那天起，这栋公寓里频繁发生怪现象，一只神秘的青色的手频频出现。这其实是宇宙恶灵阿库尼亚星人所为。就在雷欧挑战阿库尼亚星人时，阿斯特拉赶来支援了！

杰克奥特曼为了将怪兽球交给团，正前往地球。途中他遭到了怪兽阿修兰的攻击，身负重伤。凤源发现了以乡秀树的姿态倒地的他，但因为被阿修兰戴上了面具，所以他无法说话。

捡到了从天而降的不可思议的壶的‘怪兽君’——宫坂少年。壶里竟然封印着怪兽塔伊销。同样境遇的两人很快变得亲密无间，但讨厌写作业的宫坂少年无意中嘟囔了一句‘要是学校消失就好了’，塔伊销竟然巨大化了……

3年前前往阿特兰塔星调查后便行踪不明的内田队员突然回归了。然而，他的真实身份其实是变身怪人阿特兰塔星人。虽然被凤源识破，但阿特兰塔星人反而以‘揭露雷欧的真实身份’相要挟，企图破坏MAC空间站。

薰在那位神秘女性的身影中，看到了母亲的影子。被女性引导的薰，被带入了镜子的世界。她的真实身份竟然是鬼女玛扎拉斯星人。为了阻挠追随着薰跳入镜中世界的凤源，玛扎拉斯星人召唤出了异次元兽斯贝克塔。

光之国的塔遭到不明人士破坏，奥特钥匙被盗。轨道失控的光之国开始沿着撞向地球的轨道行进。奥特兄弟声称钥匙是雷欧的弟弟阿斯特拉偷走的。降临地球的阿斯特拉与奥特兄弟随即展开了战斗。

为了帮助“阿斯特拉”，雷欧遭到了奥特兄弟的攻击并被击倒。“阿斯特拉”举起奥特钥匙对准奥特兄弟进行威吓，但此时一道从天而降的闪电将钥匙破坏了。出现在众人面前的，正是奥特之王。

在MAC空间站，队员们正在为松木队员举办生日派对。就在此时，圆盘生物希尔巴布尔美突然袭来，除凤源外的所有队员不幸牺牲，团也下落不明。在巨大的悲痛之中，雷欧毅然向圆盘生物发起了挑战！

圆盘博士大场少年发现的圆盘，竟然是被布莱克指挥官召唤来的新圆盘生物——布莱克多姆。布莱克多姆一边喷出能溶解大楼的强力泡沫，一边破坏着城市。随后，它变成了像化石一样的姿态，一直待机直到作战开始。

这位爱护动物的少年秀行，竟然把缩小后的圆盘生物阿布索巴藏在了小屋里。然而，阿布索巴却无情地践踏了秀行的善良之心，巨大化并破坏了城市。凤源和阿通前来小屋探望，却遭到了秀行的驱赶。

在凤源寄宿的美山家附近，发生了神秘的连环杀人案。这是圆盘生物代莫斯所为，布莱克指挥官发出警告：如果凤源不投降，受害者还会继续增加。凤源决定离开美山家，独自战斗，然而……

因为和同学健二吵架，阿通想起了去世的父亲。夜晚，他独自在公园荡着秋千，这时，伪装成陨石的布莱克卡戎飞落在他面前。这块“陨石”被健二带回了父亲的矿物研究所。凤源建议他们赶紧处理掉这块“陨石”，但对方并没有听从。

成立了圆盘生物对策委员会，开展调查的科学家们接连遭遇神秘死亡。某天，阿通遇到了一个抱着法式玩偶的神秘少女真由子，并把她带回了家。就在这时，委员会的核心人物仁科博士也遭到了毒手。

深夜频发的交通事故，原来是圆盘生物汉古拉所为。面对张开巨口、像隧道一样将汽车一辆接一辆吞下的汉古拉，手臂在变身前就已受伤的雷欧陷入了苦战。就在这时，阿斯特拉赶到了！

为了给即将接受手术的母亲打气，真理子正在收集像樱花贝一样的贝壳。然而，那些贝壳竟然是圆盘生物布莱克特琳娜的分身——特琳娜Q。被特琳娜Q操控的医院主刀医生突然向凤源发起了袭击！

凤源在因吵架而绝交的朋友——宏的摄影展上与他重逢了。宏曾经的恋人厚子也带着孩子来到了现场。就在此时，圆盘生物撒旦莫亚突然来袭，企图摧毁新宿的高层建筑。在一片混乱中，宏试图保护厚子的孩子。

失去了亲人的阿通，对参观日感到无比抗拒。凤源也因追踪圆盘生物而无法参加，圆盘生物诺瓦趁机钻了阿通失落的心理空子，附身于他。随着诺瓦散播的红色毒气，街上的人们开始变得凶暴起来。

被星人布纽的卑劣计谋捕获的雷欧，在冰封状态下惨遭肢解。布纽巨大化后开始破坏城市。就在此时，奥特之王现身，向雷欧发射了光线。奇迹发生了……！

阿通说想去伊豆的海边，那是充满回忆的地方。凤源便带着阿通朝海边出发，然而，从地底出现的圆盘生物布莱克恩多一边破坏着市区，一边呼喊着雷欧的名字。凤源希望阿通能从依赖“有雷欧在就没问题”的想法中学会坚强，于是他表明了自己的真实身份，向最终决战发起了挑战！