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地球再次迎来怪兽复苏与宇宙人入侵的时代。面对突然出现的宇宙怪兽迪诺佐尔，特搜队“CREW GUYS”遭受重创。在危急时刻，时隔四分之一世纪的奥特曼现身，他就是宇宙警备队的新人战士，麦克斯奥特曼的后继者——梦比优斯奥特曼！

加入“CREW GUYS”的梦比优斯奥特曼化身未来，与龙队员一起奔走寻找新的队员。未来成功招募了女赛车手真理奈、曾是世界级足球选手的乔治、医科大学生哲平以及立志成为保育员的木之美。然而就在此时，怪兽古敦从地底现身。

曾经击败过泰罗奥特曼等人的火山怪鸟巴顿再次出现！梦比优斯也被巴顿尖嘴中的剧毒击倒。即使身中剧毒，奥特曼仍燃烧仅剩的三分钟生命坚持战斗。看到这份不屈的身影，龙队员下定决心重新站了起来……

胶囊怪兽的使用许可正式开放。胶囊怪兽是根据过去出现过的怪兽数据复原而成，能够作为人类伙伴战斗的怪兽。为了实际应用，团队开始测试第一号“米克拉斯”，但它完全派不上用场，唯独似乎只听从木之美的话。就在此时，宇宙怪兽凯鲁比姆出现。

与CREW GUYS伙伴产生冲突的乔治提出想要退出GUYS。未来为了阻止他，以足球比赛向乔治发起挑战。此时，怪兽萨德拉出现，一个诡异的女人正舔舐嘴唇注视着它。就在梦比优斯奥特曼与GUYS奋战之际，一名蓝色巨人突然闯入战场！

萨德拉竟然被更加凶恶的生命体捕食。这个新的生命体究竟是什么存在……此时海底发生异常，前往调查的龙和真理奈听到了难以置信的声音，那竟是诡异女人的笑声。当女人释放光芒时，岩壁中出现了怪兽双尾怪！！

梵顿星人掉落在地球上的应急食物“希宾929”，受到高次元捕食体博伽茹的影响接触大气后，开始无限巨大化。照这样下去，地球将被它吞噬殆尽！然而关键的梵顿星人却还一副睡眼惺忪的样子，束手无策的队员们只能等待队长的决定……

众人发现，捕食怪兽的凶恶生命体博伽茹弱点是电流。GUYS将米克拉斯强化为电击米克拉斯，准备迎战。另一方面，龙得知本应死亡的芹泽就是蓝色巨人“猎手骑士剑”的真实身份，陷入困惑。剑为了消灭博伽茹，竟连梦比优斯奥特曼也一同视为目标逼近。

梦比优斯击退博伽茹后，猎手骑士剑仿佛耗尽力量般消失。GUYS查明，博伽茹体内储存着大量能量，是名副其实的“移动炸药库”。如果贸然攻击，市中心将遭到毁灭性打击。然而对剑来说，向博伽茹复仇才是他唯一的目标。

针对博伽茹怪兽制定的歼灭作战，将梦比优斯等人的生命置于危险之中。GUYS成员决定执行独立任务，拯救梦比优斯与猎手骑士剑。救援行动被限定在超越技术使用极限的1分钟内，GUYS能否成功救出两人？！

生命即将走到尽头的猎手骑士剑面前，奥特之母出现了。与此同时，地球上被GUYS击败的帝诺佐鲁复活，变成双头形态的帝诺佐鲁再生体！当梦比优斯与龙陷入危机时，在奥特之母奇迹之力下恢复真正姿态的剑，即希卡利奥特曼，及时赶到战场！

鸟山辅佐官弄丢了被决定废弃的危险研究品。名为“theother”，会进入中空物体内部，并像生物一样行动。未来等人在辅佐官请求下展开寻找，却发现theother已经进入了象征生意兴隆之神的惠比寿像中。

真理奈与曾经赛车队的教练角仓一起前往山中骑行。在那里，两人偶然遇到了熟悉的登山家琳子。然而，百足怪兽姆卡旦达突然出现，导致三人被困在山中。真理奈骑着摩托车吸引怪兽注意，决定亲自担任诱饵展开作战！

哲平的母亲偶然在电视上看到儿子的身影，引发了一场骚动。一直希望儿子成为医生的母亲，让哲平始终无法坦白自己其实是GUYS成员。另一方面，寄生在人类身上的昆虫怪兽因塞克塔斯幼体在医院内不断蜕皮，持续成长……

由于无视新井索维修长的阻止强行出击，铿菲尼克斯战机发生故障。龙驾驶最新型战机铿推进器迎战，却在千钧一发之际被希卡利奥特曼救下！而在受伤的希卡利面前出现的，竟是宇宙警备队队长佐菲！

大岛彗星上正在进行宇宙人之间的决斗。激烈战斗导致彗星偏离轨道，进入与地球相撞的路线，GUYS紧急准备迎击。在混乱之中，决斗胜者宇宙剑豪扎姆夏向未来说明了来到地球的目的，那就是与希卡利奥特曼进行一场决斗！

面对无论击倒多少次都会再生的恐怖怪兽莎尔曼多拉，GUYS陷入苦战。经历多场战斗后已经疲惫的希卡利奥特曼现身，但龙阻止了他，决定依靠GUYS自身的力量战斗到极限。在希卡利奥特曼的注视下，龙执行了危险战术“YAMATO阵型”！

希卡利奥特曼返回光之国后，地球上只剩下梦比优斯奥特曼一名奥特曼。未来因身为奥特曼肩负的沉重责任而苦恼。此时，强敌贝蒙斯坦飞向地球。就在梦比优斯陷入危机时，拯救他的正是希卡利奥特曼留下的新力量！

外形完全相同的三只怪兽帝伽茹古降临日本！只有乔治看穿了它们的真实身份，并擅自准备使用新武器“梅特奥尔射击”，因此与龙等队员发生冲突。原本人类无法驾驭的这件武器，乔治却能够使用它的原因也随之揭晓。

GUYS开始进行“哈梅尔恩计划”实验，利用特殊声波引导怪兽行动。然而声波的影响反而导致两只巨大怪兽出现。更糟的是，负责视察计划的美崎总监代理与丸辅佐官秘书，在研究栋内遭遇了怪兽袭击！

GUYS接收到宇宙船阿兰达斯发出的求救信号，前往未知空间“奥特空间”展开调查。在那里，他们发现了阿兰达斯的残骸，以及沉睡于宇宙中的被流放怪兽墓场！未来在此讲述了本不该有人知晓的阿兰达斯所经历的命运……

阿兰达斯船长的儿子广人，正是未来选择作为人类形态模样的对象。看到与儿子拥有相同外貌的未来，班船长回想起了那一天的惨剧。散落在宇宙中的广人与梦比优斯为何会相遇？而梦比优斯又为何会以“日比野未来”的身份生活？

真理奈受警方委托，协助调查一起伴随海鸣声发生的集体失踪事件。她与出现的刑警桐李一同行动，并对他产生了莫名的熟悉感。随后，随着海鸣声再次响起，真理奈被卷入7年前的过去世界，并在那里遇见了小时候的自己……

在GUYS市民感谢日活动期间，未来收到来自曾经与艾斯奥特曼交战的强敌亚波人的挑战。亚波人附身于龙，利用卑劣手段逐渐让未来与伙伴们疏远。最终，未来被逼入必须击伤龙才能击败亚波人的绝境，他究竟会做出怎样的选择？！

异次元物理学权威藤泽博士来到日本。操控超兽多拉格利的亚波人暗中控制了藤泽博士，并企图利用遇水就会发生大爆炸的梅特奥尔胶囊摧毁基地。对博士一见钟情的乔治，为了拯救这场危机展开行动……

藤泽博士开发出能够永久阻止超兽入侵的新型梅特奥尔，但该装置只有在GUYS基地“凤凰巢”进入飞行模式时才能使用。此时，超兽贝劳克恩突然袭击！拥有飞行模式运用指挥权的迫水队长因此身受重伤。

为了应对亚波人的复活，GUYS开始进行新型胶囊怪兽的选拔与强化实验。在虚拟空间中，基于数据再现的怪兽们展开战斗。然而最强怪兽杰顿失控，基地陷入危机。未来不顾危险将自己的身体数据化，化身梦比优斯奥特曼向杰顿发起挑战！

某日，基地内流传着“红色幽灵”出没的传闻。木之美与儿时曾给予自己勇气的青年须崎重逢，并享受着与昔日恩人的约会。然而须崎竟与八卦记者勾结，企图利用木之美拍摄GUYS的丑闻视频！

地球面临巨大危机，年轻的梦比优斯收到返回光之国的命令。未来虽然痛苦不舍，仍逐一向伙伴们告别。就在此时，恐怖强敌英普莱扎现身！面对毫无办法的GUYS，为了守护伙伴与地球，这场最后的战斗中，未来在龙面前变身成为梦比优斯奥特曼！！

赶来的泰罗奥特曼击退了英普莱扎，受伤的梦比优斯奥特曼化身未来也随之消失。然而再生后的英普莱扎，连泰罗奥特曼的禁忌绝技“奥特炸弹”都无法击败，地球陷入绝境！向GUYS坦白一切的未来，为了伙伴们赌上生命，在众人面前变身！

GUYS宇宙防卫线被突破，世界各地开始出现UFO。随后，一种新型圆盘生物降临地球，并暗示存在消灭梦比优斯的命令。凭借与伙伴之间羁绊的力量，梦比优斯觉醒为炽热勇者形态，但他仍未完全掌握这股新的力量。

降临地球的梅茨星人表示，自己是为了与地球人建立友好关系而来。他带来怪兽，是为了防备梦比优斯的攻击。随后，他讲述了30年前，一名无辜来到地球的梅茨星人，仅因为外星人的身份便遭到人类杀害的悲惨事件……

哲平一见钟情的美纱，实际上被怪兽弗米格附身。每当她陷入恐慌时，周围都会燃起火焰。若消灭弗米格，美纱也可能会失去生命。为了救美纱，哲平与准备向弗米格发射光线的未来产生了冲突。

梦比优斯因光线技能对雷弗莱特星人无效而战败。将他召唤而来的，正是雷欧奥特曼。雷欧宣告，如果无法战胜这个宇宙人，今后便不能把地球托付给梦比优斯。未来从雷欧过去通过特训不断成长的战斗经历中获得启发，开始独自修炼。

猎手骑士剑突然出现，并破坏城市。人们开始认为这名蓝色奥特曼是敌人。GUYS拘留了归来的芹泽，但这一切其实都是巴巴尔星人的阴谋。希卡利奥特曼能否击败巴巴尔星人，并重新赢得人们对这位蓝色奥特曼的信任？

自称未来妹妹的少女佳子，其实是拥有超能力、在宇宙中流浪的萨克基诺星人，平时喜欢恶作剧。GUYS成员热情欢迎她，但害怕宇宙人的鸟山辅佐官却试图将她抓捕。愤怒的佳子操控怪兽安格罗斯，让它开始暴走！

今天是“奥特之父降临祭”，这是为了纪念曾多次在地球创造奇迹的奥特之父而设立的日子。GUYS也举办庆祝派对，身为奥特曼的未来对此十分兴奋。此时，怪兽伽休莱因出现，梦比优斯迎战却被其变成了黄金雕像！

拥有惊人飞行能力的亚利盖拉侵入地球。陷入苦战的GUYS与梦比优斯，得到了GUYS海洋精英勇鱼的救援。GUYS日本与其联手展开共同作战，挑战这只拥有超高速能力的怪兽。究竟他们能否成功捕获亚利盖拉？！

在GUYS基地凤凰巢食堂工作的日之出小百合，因交通事故不幸身亡。因为放心不下孩子，小百合接受了病房中出现的萨彭特星人的融合提议，从而复活。然而，萨彭特星人的真正目的，是借此潜入地球并展开侵略计划！

某天，未来遇见了孤独的女高中生直子。看到直子为了不想独处，即使面对欺负自己的朋友也选择陪伴，未来感受到人类对于孤独的恐惧。与此同时，寄生于人类孤独内心的怪兽索尼丘拉侵入地球，化身为美丽青年的植物怪人逐渐接近直子！

爱迪奥特曼（矢的猛）曾经一边担任中学教师，一边守护地球和平。未来得知，他过去的学生们计划在即将合并废校的母校举办同学会，并将此事告知爱迪。然而，当年没有告别便离开学校的爱迪，对再次面对昔日学生感到犹豫。

多多良岛出现了雷德王，刚被梦比优斯击败后，竟变身为哥莫拉再次复活！与此同时，GUYS总部最高总议长竹中突然来到基地，并与迫水队长在密室中交谈。两人的对话中揭开了惊人的真相，那就是迫水队长与佐菲奥特曼相遇的往事！

GUYS发现了召唤怪兽的时空波发射源。留下无法取得联系的未来后，GUYS驾驶凤凰巢出发前往调查。与此同时，未来正受到亚波人制造的梦比优斯杀手挑战。面对拥有与自己完全相同力量的敌人，未来究竟该如何战斗？

亚波人实施卑劣计划，将未来等人困在崩坏的世界中，企图让他们对人类感到失望。与此同时，队员们乘坐的凤凰巢在月面遭到鲁纳蒂克斯袭击，陷入危机。就在此时，真理奈听到了神秘的声音，而声音的主人竟然是北斗星司！艾斯奥特曼！！

乔治被释放回地球，并带回了帝斯雷姆“GUYS全员已成为人质”的信息。面对暴走的帝斯雷姆，梦比优斯无法出手战斗。得知真相的市民反而责怪无法战斗的梦比优斯，以及为了生存成为人质的GUYS成员。就在此时，杰克奥特曼归来了！

击败帝斯雷姆后，GUYS队员们成功归来，但梦比优斯却被黑暗四天王之一的格罗扎姆冻结！GUYS展开救援行动，然而队伍早已伤痕累累。在看到被冰封的梦比优斯后陷入绝望的木之美面前，诸星团化身赛文奥特曼现身！

未来从诡异的梦境中醒来后，发现世界发生了颠倒，梦比优斯与美菲拉斯星人的身份完全互换。被全人类视为侵略者的未来，为了让大家想起真实情况而拼命解释，但GUYS却向梦比优斯发动攻击！此时，面对宿敌美菲拉斯星人的阴谋，奥特曼挺身而出！

英普莱扎大军突然来袭。经过连续激战，未来最终倒下。此时，安培拉星人的声音响彻全世界，要求人类交出隐藏起来的梦比优斯奥特曼。面对政府要求交出未来的命令，迫水队长终于公开了自己的真实身份！

在英普莱扎大军的攻击下，凤凰巢基地濒临毁灭。持续战斗后身负重伤的梦比优斯与希卡利奥特曼，已经失去了继续战斗的力量。就在绝境之中，他们曾经相遇的宇宙人对手与朋友伸出援手。愤怒的安培拉星人终于现身，让天空被黑暗乌云笼罩！

梦比优斯受到安培拉星人的光线攻击，最终消失。陷入绝望的GUYS成员此时听到了奥特兄弟的声音。原来他们正竭尽全力，让被安培拉星人化为黑暗的太阳恢复光明。当GUYS五人与未来的心意合而为一时，不死鸟勇者就此诞生！