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明末，郑成功兵败后，其军师陈近南复国心切，欲一挫满清锐气，率数名心腹伏刺满州第一勇士鳌拜，终事败逃走。其后始知原来近南之结拜兄弟早被鳌拜收买，从中阻挠，近南一怒之下将他杀死，替其亡将报仇。另一方面，近南手下更以中原清廷势力稳固，劝近南暂退台湾，容后再共谋反清策略，但近南坚决留守中原，与一班赤胆忠肝之士成立以反清复明为本的天地会，其属下李力世、风际中等亦誓死跟随。光阴荏苒，十数年后在扬州市丽春院中，妓女韦春花与儿子韦小宝相依为命，受尽市井之徒欺凌。春花恐其子终日游手好闲，欲向知府程捕头谋一官半职。知县吴之荣向知府告发《明书辑略》一书有造反之嫌，程捕头知此事非同小可，助庄老爷及早毁灭所有真本，反告吴之荣造谣生事。吴之荣被官府揭露，遂招杀身之祸，临终向一越狱江洋大盗茅十八表露真正身份，原来其为天地会尹香主，并嘱茅十八代传口讯向鳌拜报仇。其实韦小宝早已在知府中偷听一切，顿对茅十八之英勇所为非常钦佩，二人即成好友，决意结伴往京刺杀鳌拜。

吴之荣因未能得到半分功名，深心不忿，夜半在京城街头张贴告示，诬告浙江巡抚贪赃枉法，纵容百姓著书谋反。被鳌拜发觉，令吴之荣彻底将一千人等押京发落，使之荣受宠若惊。茅十八闻讯后，欲从速向天地会通风报讯，韦小宝不肯跟随，二人争论之时，惊动了老太监海老公公。海老公公知事有蹊跷，立将二人制服掳走。茅、宝醒后，发现竟身处禁宫中，二人顿感束手无策。海老公公逼二人说出陈近南行踪，茅十八誓死不从，幸而韦小宝人急智生，乘海老公公旧病复发之时，假扮小太监小桂子将大量药粉注入酒中，海老公公服后顿即失明，韦小宝更乘机杀小桂子灭口。岂料事后竟被海老公公识穿一切，逼韦小宝继续在宫中假扮小桂子，着他以化尸粉将小桂子毁尸灭迹，而茅十八更迫于匿藏于宫中。韦小宝替茅十八找食物时，无意间遇上康熙，竟误当为太监小玄子，二人话甚投机，童心未泯之余，竟大事比武一番。

忠臣索尼等上殿启奏，力指鳌拜假公济私，藉《明书辑略》一案抄斩其叛徒，以达成专横霸政的目的。怎料鳌拜突然怒闯禁宫向康熙解释一切，态度表现得甚为气焰，顿使康熙面目无光。索尼目睹一切，力劝康熙逼鳌拜交出政权，及早亲政，康熙一时进退两难。海老公公知韦小宝自小嗜赌成性，命他以旁门左道骗取温氏兄弟金钱，直至债台高筑时，可逼他们开放御书房，然后乘机偷取四十二章经。另一方面，韦小宝向海老公公陈述与小玄子比武一事时，海老公公感到小玄子实非等闲之辈，遂将一套大擒拿功夫传给韦小宝，用以试探小玄子真正身份。茅十八自知不便久留宫中，欲假扮太监逃离禁宫，岂料途中遇上天地会中人抢救庄家从人，大事未成，竟误当茅十八为清廷要员，乘机将他劫走。康熙认为鳌拜所为过于专横，有损民心，决令他交出兵权。怎料鳌拜自恃势力庞大，对康熙命令视若无睹，更加大朝中大臣对他奉承，康熙更感孤掌难鸣。

韦小宝颠倒是非命温氏兄弟做打扫工作，乘机潜入御书房追寻四十二章经下落，怎料刚巧遇上康熙与鳌拜争论国事，始知一向与自己比武的小玄子，原为当今皇帝康熙，不禁悲喜交集。而康熙知真相已露，要求韦小宝以后排除尊卑关系，私下仍为好友。鳌拜为铲除政敌后患，竟假传圣旨将忠臣苏克隆哈全家抄斩，康熙阻止不及，深感鳌拜太过专权，遂决意择吉亲政。怎料康熙亲政首天，朝中大臣均避不上朝，而鳌拜更诈病拒参与亲政大典。康熙一时意气用事，怒闯鳌府调查真相，又将满腔怒愤浇在韦小宝身上。后韦小宝灵机一触，急召一班少年勇士，加紧进行摔角训练，表面上为健力强身，实暗地为对付鳌拜铺路。另一方面，鳌拜发觉康熙态度渐变，以为康熙之所以要亲政，实一时意气用事之举，对他防备渐疏。原来海老公公早已知道康熙身份，向韦小宝表明态度，以死威协韦小宝交出四十二章经，令小宝顿感不知所措。

康熙见众少年摔角手训练纯熟后，藉词召鳌拜指点各人武功，在危急之际，康熙示意众少年向他围殴，韦小宝乘乱将他制服。康熙惊魂稍定后，急召朝中大臣，宣称鳌拜行刺圣上经过，下旨将他收监，永不释放，并顺带将其余党羽制服。众臣眼见局面全非，极力向康熙讨好，以便从中得到大权。康熙以韦小宝护驾除奸有功，立将他提升为首领太监，奉侍皇上起居，着他与索额图往鳌府办理抄家手续，并嘱他为太后寻出两部四十二章经。索额图眼见韦小宝顿成皇上身边红人，连忙向他巴结一顿，定要与他结拜，还以五十万银两、一宝衣及宝剑相赠，使小宝万分惊喜。太后喜获经书后，对韦小宝大加赞赏不绝，命宫女蕊初赏些美点。韦小宝实与蕊初一见如故，并私约外出游玩。康熙恐鳌拜当众拆穿一切，有损声誉，命韦小宝出面除鳌拜。韦小宝以蒙汗药毒鳌拜后，适逢天地会中人闯入行刺鳌拜，韦小宝与鳌拜苦斗时，鳌拜几番挣扎后，终被小宝以宝剑刺死。天地会中人以为韦小宝英勇过人，对他佩服不已。

天地会中人行刺鳌拜时，惊动了康亲王府侍卫，喝令他们从速投降。天地会各人乘机挟持韦小宝为人质，将他运出康亲王府，康亲王为顾全韦小宝安危，未敢轻举妄动。韦小宝被运入天地会会堂后，众人为青木堂尹香主沉冤得雪而大事庆祝一番。韦小宝当众表白自己身份，并得茅十八及时出现，替他解释一切，众人疑心全消。茅、韦二人久别重逢，诉尽别离之情，其后更为香主及承继人一事，彼此争论不休。此时天地会总舵主陈近南赶至，韦小宝对他道出自己身世，近南亦颇欣赏其坦率态度。而原来当日青木堂中人曾立下一誓约，若谁能杀鳌拜者，众人愿推他为香主，近南遂应誓，韦小宝惊喜之余，终答允行事。近南更想藉韦小宝之特殊身份，以便作反清复明之内应，众人皆为之心服。近南更破例收韦小宝为徒弟，着他要勤加练武。海老公公与韦小宝反面，以毒药迫他交出经书，小宝欲以假经书哄骗海老公公，终被他识穿，一怒之下将小宝打至重伤昏迷，海老公公以为他死去，而原来韦小宝有宝衣护身，大难不死。

康熙亲父顺治常年因偏宠董鄂妃，太后因妒成恨，恶意中伤董鄂妃，顺治一怒之下欲将太后打入冷宫，被其母阻止。太后遂以化骨绵掌暗杀顺治子康亲王及董鄂妃，顺治大受刺激，看破红尘，即假意宣布驾崩，另立康熙为皇帝，而自己则远赴五台山剃度为僧，法名行痴。但顺治对鄂妃母子之死，仍然耿耿于怀，暗以海老公公调查真相。终皇天不负有心人，被他识穿太后所为，欲将他生擒五台山发落，二人拼命搏斗之际，韦小宝乘机将海老公公杀死。太后恐他会泄露口风，以尚膳总监利诱，还暗中伺候机会将他灭口。康熙亲政后，感到国事日益繁重，而加上内忧外患，吴三桂等势力日渐强盛，随时会有举兵造反的危机，使康熙极其渴望得一力亲信，可共商政事，却苦无适当人选。御前侍卫副统领瑞栋奉太后之命，施计向大臣夺回四十二章经，刚巧被宫女蕊初撞破，太后顿感愕然。

徐天川偶遇沐王府之白寒枫、白寒松兄弟，彼此各持己见，分别拥天地会唐王与沐王府桂王为主，一言不合而动武，徐天川被率众打至重伤。天地会各人推韦小宝出头，往找沐王府中人理论。怎料当众人抵达时，发现白寒松竟已死去，沐王府中人誓死向天地会报仇。后得沐王府苏刚从中缓和气氛，玄真道人当众分析形势，二派决以后以和为贵，合力反清复明为重。吴三桂为庆祝康熙亲政，派吴应熊亲上京师进贡，怎料途中与徐天川发生争执，吴应熊含恨在心，派人暗查徐天川行踪。韦小宝自以为身受海老公公毒所伤，四处找寻解药，蕊初闻讯大表同情，二人一时伤感，抱头痛哭。

天地会中人发现徐天川竟被掳走，众人皆以为沐王府所为，玄真道长灵机一动，暗将沐王府郡主沐剑屏掳去，将她藏于一茯苓花雕猪中运入宫中。韦小宝童心未泯，乘机将她调戏一番，使她羞愤不已。康亲王为讨韦小宝欢心，特邀其为座上客，更为他制造机会结交吴应熊，吴应熊亦以厚礼相赠韦小宝。后韦小宝无意间在王府后园，发现另一四十二章经下落，遂不理一切一味地据为己有。沐王府以剑屏失踪多时，众人大表担心，另一方面，剑屏更积极谋划假扮平西王府士兵，大举闯进禁宫。太后为免除后患，派老宫女柳燕刺杀韦小宝，不成。太后万分焦急之余，决亲自杀韦小宝灭口，终被他以宝剑刺伤，时刚巧沐剑声等人入宫捣乱，太后乘乱杀死数名太监，将一切罪状推在刺客身上。沐王府闯宫一事，惊动了众侍卫，吴立身、刘一舟等走避不及，当场被擒。而方怡则伤重晕倒，被韦小宝抢救，还极力施计替她疗伤，但方怡对他仍心存芥蒂，事事与他作对。

太后派瑞栋暗杀韦小宝，亦反被韦小宝以宝剑杀死，继而将他毁尸灭迹。后韦小宝向太后宣称瑞栋已往五台山，假若有何不测，瑞栋定会返宫向康熙陈述一切来由，太后一时亦忌他数分。索额图向刺客严刑逼供，吴立身死口坚持为平西王所主使，康熙始终怀疑事情虚实，遂派韦小宝从中调查，并着他向吴应熊试探，小宝亦因此从中取利。沐剑声须向天地会交出徐天川下落，原来当时徐天川实被吴应熊所掳走，幸得沐王府各人义薄云天，极力将他抢救出来，天地会中人深感歉意。韦小宝欲替徐天川赔罪，答允替沐剑声救出人质。韦小宝伺机以蒙汗药毒晕侍卫，几番波折下将吴立身、刘一舟等人救出禁宫，沐剑声亦答允既往不咎。而小宝亦随机应变，将劫狱一切罪状推在太后身上，众侍卫亦不敢妄加追问。

韦小宝以自身中海老公公之毒，一时伤痛欲绝，向天地会中人泣诉不成声，近南念在师徒之情，替小宝以内力迫出毒性，使小宝得以康复，近南并嘱小宝要勤加练功，以便早日散清毒气。贾老六与吴应熊发生冲突，被吴应熊手下毒打，近南等为出冤屈之气，乘应熊嫖娼之际，欲将他暗杀，一挫吴三桂锐气，免伤彼此感情，毅然让出应熊给沐王府发落，吴立身等对近南甚为钦佩。杨溢之见其主应熊被掳走，顿心急如焚，一直以为是康熙所为，亲向他请求释放应熊，康熙一怒之下将他收监。韦小宝故意放走杨溢之，助他往沐王府拯救应熊，同时，他亦引多隆率兵攻沐王府，近南赶至合力打退清兵，沐剑声等感恩回报，乘机与天地会立誓，合力图谋诛杀吴三桂。

太后恐小宝有反害之心，命他专责于慈宁宫侍奉自己，并派一老宫女柳燕秘密监视其行动。韦小宝灵机一动，以四十二章经威协太后换取逃脱机会，太后遂派柳燕紧随小宝往取经书，怎料二人争持不下之际，小宝竟将柳燕杀死，带同方怡、沐剑屏连夜逃离禁宫。小宝惊魂稍定后，转回住所取出一切贵重财物与经书，竟一时童心未泯，欲以柳燕断腿恐吓太后，后竟发现太后与一男扮女装之宫女言行有异，小宝乘机偷去另外四部经书。怎料忽然一老宫女陶宫娥乘乱行刺太后，经几番搏斗后，小宝终以宝剑杀死男扮女装之宫女，太后亦伤重昏迷。

康熙感到事有蹊跷，将众侍卫调离慈宁宫，连夜暗地调查一切，发现太后将一男宫女抛下枯井内毁尸灭迹，并听到她迫众太监严守秘密。小宝恐太后迟早会对康熙不利，乘机向他陈述一切利害关系，并将自己身世秘密一一道出。康熙大为所动，暗传太医协助调查真相，发觉当年孝康皇后实被太后以化骨绵掌所杀，康熙经小宝激劝下，化悲愤为力量，命多隆率兵封锁慈宁宫。康熙怀疑太后一直受人制肘，暗派小宝独自远赴五台山向顺治调查真相，小宝无奈答应。另一方面，康熙急召建宁公主回京，着意监视其行动，并将太后亲弟贝勒府兵权削弱，以防太后有谋反之行动。小宝离京前，暗将手上五本经书匿藏天地会大本营中。小宝恐方怡、剑屏二人路途有险，着徐天川护送二人往石家庄与沐王府中人重聚。二女得知小宝真正身份后，对他另眼相看，又感彼此离别在即，顿感依依不舍。太后指使建宁公主向贝勒府中人通风报讯，乘机阻截小宝，幸得陶宫娥及时相救，小宝得以脱身。

小宝、陶宫娥二人话甚投契，宫娥得知小宝为天地会青木堂主后，对他大为放心，毅然说出原来当年满州入侵中原时，抢掠大批金银珠宝，分放在一秘密地方。顺治欲将此地形势，绘成一大地图，分放于八部四十二章经里，小宝顿恍然大悟，原来各派一直争相找寻宝藏所在，以便储足经费进行组织义军。方怡抵石家庄后，渐觉对小宝芳心暗许，而对刘一舟则大为冷淡。刘一舟偶然得知方怡、小宝之婚约后，大发雷霆，大事向小宝理论一番，幸得吴立身及时阻止，并教训刘一舟一顿。原来太后一直均为神龙教属下，暗地派人迫小宝交出经书，不果，遂将方怡、剑屏二人掳走。而小宝幸得庄家三少奶相救，得以脱险，并将一婢女双儿相赠。

小宝抵五台山清凉寺后，扮成一富家子弟，定要少林寺方丈澄心大师率寺内全体僧侣并列，以便进行布施，但小宝却未能找到顺治下落，唯失望而退。适逢西藏喇嘛教巴颜怒闯清凉寺，大肆搜查顺治踪影，双儿终将他制服。小宝趁机苦求玉林大师说出顺治下落，玉林大师坚决不允，小宝将计就计，欲先设计偷走顺治。怎料太后竟已首先找到顺治下落，逼他交出经书，小宝施计吓走太后。顺治迫于无奈承认自己的身份，小宝乘机向他陈述一切秘密，将康熙苦况一一陈述，使顺治大为伤感，但碍于少林律例下，终于将一切凡尘俗事置于脑后。

巴颜以火攻，逼玉林大师交出顺治，众人无法可施，幸得少林四大金刚及时抢救，顺治得以脱险。顺治未能尽忘凡俗事，心感不安，遂着小宝带走一部四十二章经作为证物，并嘱康熙以后爱民为重，还诫以永不加赋为原则。神龙教对小宝所持经书眼见心谋，但因小宝一直受四大金刚多加保护，无机下手。后洪教主逼方怡引小宝到神龙岛，使方怡一直心存内疚，剑屏知情后亦对方怡责备一番。陆高轩逼小宝说出全部经书下落，方怡、剑屏出面抢走小宝，但小宝竟误会方怡一直以功名为重，出卖自己的安危。

洪教主夫人苏荃向以美色迷惑教主，乘机操揽大权，重用众五楷少年，并极力排斥教中老臣，使众元老为之不服，因而纷起反抗苏荃。另一方面小宝则对苏荃互相爱护，极力讨好，表面上千依百顺，甚得教主夫妻垂青，决重用他为新任白龙使。苏荃利用小宝的重任，暗迫他服下毒药豹胎易经丸，然后令他返京追寻八部经书下落。另一方面，苏荃为使小宝专心行事，特将剑屏、方怡二人软禁。小宝虽心存不服，但亦唯联合矮头陀、陆高轩回京。正当康熙对小宝安危焦急万分之际，而小宝及时返京向他道出顺治近况，并将顺治训示传于康熙。康熙手持经书，一时触景伤情，悲从中来。怎料宫中情景一直被建宁公主所偷窥，康熙一时震怒斥责建宁，建宁心有不服，向太后求助。

建宁被太后指使至御书房偷取经书，刚巧遇上小宝，一时好胜心起，对小宝拳打脚踢，小宝不理一切，以蛮力将她制服，建宁顿感无限的痛快，苦缠小宝与她比武。小宝暗中与建宁玩耍，被太后撞破，太后乘机使开建宁。二人夺门之际，小宝无意跌出五龙令，太后顿知小宝底细，对他异常依顺，并将宝丸雪参玉蟾丸献上。康熙暗派小宝前赴少林寺剃度为僧，并着他顺带暗携密谕，小宝无奈率双儿行事，建宁大表依依不舍。吴应熊向李自成遗将王屋派司徒伯雷游说，合力商讨进行反清活动，伯雷等人早料三桂另有图谋，不敢毅然答允，应熊因此心存芥蒂。王屋派连夜闯清兵军营，终被制服，小宝被曾柔美貌所吸引，故意放走人质，众人大表惊愕。另一方面，小宝得悉吴三桂有图谋造反之意，专意向康熙一奏，康熙为掩人耳目，假意传下圣旨，怒斥小宝行事鲁莽，小宝大为不服。

小宝充当少林高僧后，终日无所事事，与双儿嬉戏，被阿珂、阿琪撞上，以为小宝存心调戏良家妇女，三人几番争执后，小宝竟出手侮辱阿珂，被晦聪责备，将他送入寺内疗伤，而小宝则被阿珂之美态所深深吸引，多次欲向她解释，但又恐二人会因此乘机向他报仇，遂向澄观谋求对付招数。珂、琪对小宝含恨在心，一直伺机向他报复，后跟踪小宝至一妓院中大吵大闹，小宝竟混入妓院中逃生。阿珂受屈未伸，竟意图自尽以表清白，后被噶尔丹三子及时阻止，替其向少林众僧调查真相，后得杨溢之证实小宝为宫中太监，阿珂含羞而逃。曾柔无意发现吴应熊意图谋反自立的阴谋，顿觉被利用，一时怒火中烧，大事向应熊理论，赵齐贤及时调停，将她交给小宝，小宝也乐得有美当前。怎料好景不长，小宝接到康熙密旨，令他赴五台山，充当清凉寺主寺，二人迫于分手。

吴三桂勾结蒙古及西藏众喇嘛围攻五台山，意图劫走顺治作为人质，以威协康熙交出帝位。小宝获悉后千辛万苦游说玉林、顺治及早离去，顺治自己罪孽深重，为平天下纷争，欲与玉林自焚了断。小宝恐有失康熙所望，在众喇嘛僧重重围困下，以偷龙转凤之法将顺治、玉林等偷运下山，顺治感到小宝能不伤性命却能脱险，对他称赞不已。原来康熙早已闻得吴三桂图谋造反，遂不惜长途跋涉远赴五台山，小宝尽法制造机会使他与顺治会面。顺、康二人久别重逢，不禁相拥而泣，顺治千叮万嘱康熙要以国民生活为重，并将满清宝藏秘密说出，劝康熙他朝一日民变成功，可及时退出关外。康熙含泪离去后，突被激发万丈雄心，立志为中于国家干一番大功绩，并着小宝与他回京，尽力协助政事。

九难为报家仇国恨，毅然向康熙行刺，不敌，竟将小宝挟持作为人质带走，康熙等人以为小宝会因此凶多吉少。原来当年李自成攻破京城后，长平公主为避受满州凌辱，从此剃度为尼，法名九难，一直为存报仇之念而勤加练武，默然等候机会向康熙行刺。直至此次行刺不遂后，九难感怀过去，带同小宝偷潜入宫，小宝对她的身份起疑心，乘机向她引见陶宫娥，始知原来陶宫娥是长平当年的近身宫婢，主仆二人抱头痛哭，尽诉别离之情。康熙回京后，发觉经书顿失，大事质问，太后终不肯交出，但康熙因早受顺治所嘱，未敢对她赶尽杀绝。九难报仇心切，欲与陶宫娥暗取八部四十二章经，一方面可大破满清龙脉，其次可实行复明的计划。而小宝念于与康熙之友情，苦苦哀求九难莫伤害康熙，并极力协助九难对付太后。

小宝、九难夜闯慈宁宫时，发现原来太后乃一直为明朝一败将之女毛东珠所假扮，多年来将真太后囚禁于宫内一密室内，逼她说出经书秘密。九难惊诧之余，立将东珠武功全废，命陶宫娥密切监视其行。小宝在一偶然机会下，发觉阿珂竟为九难之徒弟，小宝更感意乱情迷，尽力设法亲近阿珂，对九难阿谀奉承。九难亦颇欣赏小宝之才干，决意利用他协助反清行动，而阿珂对小宝仍怀恨在心，处处对他为难，但九难事事袒护小宝，使阿珂心感不服。小宝为向阿珂表现其英雄气概，假意被数名流氓围攻自己，怎料途中被郑王府郑克塽相救，阿珂被其翩翩风度所吸引，顿对他芳心暗许，二人话甚投契，小宝见之醋意大生。各家门派齐集岳王庙召开杀桂大会，合力商讨计策诛灭吴三桂，众人推举近南为总军师，郑克塽却推荐师父冯锡范为盟主，小宝乘机指使天地会中人恶言中伤克塽，使他尴尬万分。

小宝向康熙道出真假太后一事，二人立闯慈宁宫调查真相，高头陀知形势不利，乘乱将东珠抱走，康熙后与真太后重聚天伦，喜极而泣。康熙为嘉奖小宝之英勇行为，特升他为一等子爵。康熙迫康亲王交出经书，小宝假装对康亲王极为开心，以一假经书交给康亲王，信以为真，令他大为感动。克塽一直恐近南势力扩张，会影响其延平王府地位，遂暗向近南行刺，以一挫天地会锐气。小宝乘乱以石灰粉制服二人，反被近南斥为对国姓爷不敬，众人均暗感不服。小宝为达成天地会各人所愿，另一方面又可向康熙立功，特派多隆生擒克塽师徒治罪。康熙计从心生，决亲自假扮近南数人求出二人，欲乘机向天地会挑唆是非，间接引起二派纷争。

康熙派小宝到云南调查吴三桂谋反内情，为免引起平西王府的疑心，特将建宁下嫁应熊。建宁获悉后大受刺激，向太后大吐苦水，但太后却表现得极为冷淡，建宁遂将一腔怒愤发泄在小宝身上，激情中更向他表示爱意，并迫小宝另结新欢，小宝顿不知所措。小宝自知豹胎易筋丸药效已届，立派矮头陀与陆高轩从速向苏荃献上经书，洪教主大表赞赏，立释放剑屏与众人重叙。但苏荃却心知事有蹊跷，暗派矮、轩二人跟踪小宝。另一方面，近南为计划对付三桂，特派天川等假扮小宝随从，以便协助行事。建宁在往云南途中，一时深感寂寞，却将小宝玩弄一番，怎料二人弄假成真，情不自禁下竟发生关系。沐剑声无意发现天地会计划后，不理会吴立身的劝告，与柳大洪共下手欲强将建宁掳走，藉此陷害三桂。

建宁被掳后饱遭欺凌，情急下向沐剑声出言，逼他乘吴三桂出巡时，与她拼一死战，柳大洪等均以剑声为沐家唯一承继人，恐他不敌，极力阻止他参与行动。小宝以建宁失踪多时，对她安危焦急万分，怎料三桂突闯至硬要参见建宁，小宝无法挡驾，幸大洪等忽赶至行刺三桂，缠扰一轮后，三桂等人将沐王府众人击败。剑屏恐建宁被掳一事会连累小宝，暗中释放建宁，但剑声因沐王府伤亡惨重，对公主怀恨于心，极力阻止剑屏行事，幸得双儿及时赶至，将剑声制服而带走建宁重聚，二人喜极而泣。

小宝见杨溢之死状惨然，知事有蹊跷，遂亲自向蒙古侠罕帖摩查明暗访，遂发现三桂之偷运罕帖摩回京，以备日后作为三桂谋反的证人。为免三桂从中阻挠，又命玄真道人假扮罕帖摩于妓院争风被杀，而以移花接木之法偷运死尸；三桂细心调查后，洞悉小宝阴谋，决意派兵抢回罕帖摩。另一方面，小宝假传圣旨，三桂误以为康熙早知谋反一事，向他暗示已有防范之计策，对小宝顿起戒心。再加上小宝三番四次出言戏讽，三桂暂不敢轻举妄动，并欲以珍宝拉拢小宝，表面上对他仍热情招待。

三桂知道应熊闯下弥天大祸，连忙向建宁赔罪，建宁假装伤心欲绝，当场欲作轻生之举，三桂一时措手不及，小宝乘机代为解围。应熊向三桂道出真相，使他勃然大怒，以为此事乃康熙从中摆布，三桂自知处境势成骑虎，欲待小宝率众回京时，将一干人等赶尽杀绝，最后可乘势起兵造反。陈圆圆屡劝三桂无效，万念俱灰之际，决意出家修行，三桂亲往劝之，不为所动。怎料九难忽然带同阿珂行刺三桂，九难不敌身受重伤，但阿珂责备自服。圆圆一看之下，发觉阿珂竟为自己的亲生女儿，但阿珂终不肯相认。

正当三桂揭发圆圆与李自成的私情之际，九难再向三人报仇，迫三桂、自成二人自相残杀，圆圆一时为之进退两难。小宝眼见形势险要，即挟持应熊为人质，逼三桂释放众人。现时圆圆亦自觉罪孽深重，劝阿珂以小宝为归宿，自己则从此剃度为尼，但阿珂不忍受辱，含泪而去。李自成缠斗不休，怎料阿珂正被三桂派人围攻，自成几经搏斗后，终不敌被杀，幸得冯锡范及时相救，阿珂得以脱险，克塽将自成之死嫁祸于小宝身上，阿珂决向小宝报仇。

高头陀请求三桂代向洪教主取《豹胎易筋丸》解药，三桂灵机一动，乘机威协高头陀活捉小宝，使他大感为难。冯锡范为削弱天地会势力，迫小宝交出陈近南，而天地会中人早料锡范阴谋，施计引他到城西药王庙，此时阿珂始知一直被锡范利用引出小宝，大感愤怒。

天地会众人将锡范及克塽制服后，发觉二人原存心陷害陈近南，欲将二人铲除，近南及时阻止，运功替克塽疗伤，后为存大局，不理众人劝告而立时赴台湾向郑王交代一切。小宝被高头陀以武功迫他交出解药，迫于向近南求救，遂向他说出加入神龙教经过，近南不但对他谅解一切，还嘱他立将宝图详情紧记，以便日后从详计划反清任务。原来矮头陀与陆高轩一直密切监视小宝行踪，小宝发觉后反对二人恐吓一番，并允日后将全部经书交回洪教主，使二人顿时放下心头大石。小宝回京晋见康熙时，发觉原来他对三桂造反一事早有准备，特派人速铸大炮数百。而另一方面，双儿正好将宝图碎片一一砌好，小宝见之欢喜若狂。

正当小宝、双儿查出宝图汉译地名，意欲远赴鹿鼎山寻宝之际，康熙突封小宝为钦差大臣，表面上嘱他上长白山祭天为名，实乘虚攻入神龙教中，一时不知所措。克塽带阿珂引见郑皇爷妻董夫人，怎料董夫人早对阿珂身世背景极为嫌弃，对她态度甚为冷淡。而克塽更在锡范影响下，要以王府声誉为重，另立正室，阿珂闻讯大受刺激，终含泪而去。原来董夫人一直对克塽异常偏爱，极力推举他为延平郡王，不惜将郡皇爷及大公子克塧软禁，近南闻讯忿忿不平。而董夫人恐近南会从中阻挠，遂暗中挑拨锡范，对近南痛打一番。小宝特派风际中等远赴台湾救出近南，而近南感延平王府内形势，心感痛伤，誓死早日反清成功，全力协助克塽重振声威。小宝在郑成功降将施琅策划下，兵分三路海攻神龙教。

小宝被押向教主解释一切，小宝乘机将一切罪状嫁祸于高头陀身上，并反告矮头陀半信半疑，着小宝从速交出经书。小宝见形势不利，遂不惜冒险，与双儿逃离神龙岛，几经辛苦始逃至鹿鼎山。怎料途中遇上洪教主与夏相国二人，正在密谋商计拉拢罗刹国彼得王子联盟反清计划，更协助彼得暗杀其姐苏菲亚公主以夺取兵权。小宝识穿一切后，暗助苏菲亚脱险，并将一切经过真相向她陈述，使她恍然大悟。苏菲亚为确定彼得阴谋，特召洪教主、夏相国到会，敲侧击试探二人，小宝更乘机取出彼得手谕为证，二人无词以对，苏菲亚遂即回国向彼得算帐。

吴三桂联同耿精忠、尚可喜向康熙表示撤藩，用以试探康熙反应，康熙一时不知应对。小宝突向他声称已拉拢罗刹国为邦交国，而更可藉此联手对抗叛国军，康熙如获至宝，遂允三桂所求。应熊为免引起康熙疑心，假意请求小宝劝康熙收回撤藩成命，但小宝则置于脑后。另一方面，应熊恐三桂造反后会沦为俘虏，遂假意相约小宝与他野外赛马，欲藉此机会逃回云南，怎知小宝暗中施计弄伤应熊坐骑，应熊逃走不遂之余，更被康熙押返京城收监。教主率陆高轩到客栈寻回经书，不果，刚巧遇上剑屏，苏荃乘机将她擒住，迫小宝交回经书。小宝奉康熙之命与吴六奇平定王屋派，原来当时司徒伯雷已被三桂手下灭口，小宝趁机劝王屋派壮兵加入天地会，而曾柔更乔装侍卫终日与小宝为伴，伺机向三桂报仇。

阿珂自从离开延平王府后，生活潦倒，后巧遇克塽，克塽以甜言蜜语骗得阿珂与他和好如初，并欲联手向小宝算帐。小宝抵扬州后，心情极为兴奋，以年前装束重返丽春院与韦春花重聚。怎料洪教主偕同苏荃、方怡等乔装扮作妓院侍婢，欲向小宝报仇，幸小宝人急智生，以蒙汗药毒害众人。机缘巧合下，苏荃、方怡、沐剑屏、双儿、阿珂、曾柔等六人分别被点穴或迷晕，小宝一不做二不休，将六女以大床全部带回钦差府，尽享温柔福。事后众女竟因误会大打出手，局面混乱不堪。小宝见双儿为庄家仇未报而郁郁寡欢，遂造谣反告吴之荣为三桂同党，亲押吴之荣往庄家发落。途中双儿与吴六奇甚为投契，决结义金兰，六奇以一炎送予双儿。

由始至终，归辛树一家三口夜闯平西王府，向三桂索取千年野山人参，三人感恩图报，决义助三桂刺杀小宝。怎料三人刺杀途中被吴六奇阻止，归忠忙乱中将六奇杀死，双儿非痛欲绝。后得近南向辛树等陈述是非由来，原来辛树对近南为人甚为钦佩，听后内疚不已，欲以死谢罪，近南及时阻止，劝其应回家共商反清事宜。近南与沐王府、王屋派等策谋起兵详情，归辛树三人不理各派劝阻，欲先行了断康熙，遂派人暗中通知康熙，稍后更将一切罪状嫁祸在三桂身上。正当三桂起兵造反，以致数地失守之际，建宁发觉自己已怀小宝骨肉，遂要求康熙早将应熊处死以断祸根，而康熙更觉此举可一挫三桂锐气，遂下令依计行事。归氏入宫行动时，小宝迫令东珠假扮康熙匿于轿里，指使辛树向轿中人行刺。

康熙发觉小宝为天地会分子后，向他大事质问，小宝大惊失色，极力替自己掩饰，康熙不为所动，后更向小宝表示会逐一消减天地会、沐王府等反清组织，同时更派多隆将小宝软禁，以防他向天地会通风报信。归氏三人连夜暗闯禁宫行刺康熙，众侍卫方寸大乱，幸小宝及时冒死保护，康熙大为感动，力劝小宝协助铲除反清组织。小宝不忍天地会兄弟遭受损伤，遂连夜将多隆制服，以建宁公主为人质，施计救出近南等人。康熙闻讯勃然大怒，下令全国通缉小宝等人。正当小宝逃往通吃岛途中，洪教主乘机阻挠，逼他交出经书，幸陆高轩等乘乱反抗救主，但几番苦斗后陆高轩等人俱被打死，时教主发现苏荃已怀小宝骨肉，教主大受刺激下盛怒而死。

小宝带同苏荃、方怡、曾柔、建宁、剑屏五女远赴通吃岛隐居，一直过着逍遥自在的生活，众人皆能互助互爱，建宁不时醋意大发，对众人搬弄是非。怎料一夜，冯锡范师徒追杀近南至岛上，几番搏斗下，近南终不敌被杀，临终嘱小宝切莫伤害克塽，要为国姓爷后裔着想。小宝发觉风际中原为清廷奸细，一直将天地会秘密出卖给康熙，一怒之下施展暗器将他制服，怎料风际中临急以双儿作人质，后终为双儿以火枪杀死。小宝无意间知道阿珂已身怀自己的骨肉，对她更表怜爱，但阿珂毕竟仍心存内疚，终得众人劝告下，与小宝终成美眷。平西王军被清兵炮溃不成军，三桂被追逼得走投无路，遂亲到三圣庵投靠圆圆，怎料康熙忽然派兵捉走三桂，三桂以为圆圆存心出卖自己，顿感心灰意冷。康熙生擒三桂后，对他严加盘问，三桂坚决不答，康熙无奈下旨将他收押天牢。

多年来康熙一直派张康年遍寻小宝踪迹，终在通吃岛发现小宝，时小宝已有三子，乐也融融。康年坦言康熙对于往事既往不咎，并希望他早日回京协助歼灭天地会，但小宝为存道义，不欲因功利而出卖天地会。康熙以小宝拒其所请，深深不忿，特派索额图领兵往岛上密监视小宝全家行动，小宝终无奈返京朝圣。小宝回京后，即被康熙封为二等鹿鼎公，享尽富贵荣华，但千叮万嘱小宝莫伤害克塽一家。另一方面，康熙旋即向外宣扬小宝实为贪图名利，竟诛师灭会。天地会中人信以为真，茅十八更一时冲动，怒闯爵爷府质问小宝，小宝束手无策之际，康熙派人捉茅十八入宫。小宝极力向天地会兄弟解释真相，但未被接受，众人为要小宝表明清白，限期内救出茅十八，小宝一时不知所措。小宝无奈要求康熙释放茅十八，但康熙不为所动，还要小宝从速将茅十八处死。

小宝周旋天地会与康熙间，一时进退两难，欲向康熙奏章辞官返扬州，康熙无可奈何。天地会为威逼小宝充当舵主一职，故意将克塽掳走，将罪状嫁祸在小宝身上，康熙威协小宝交出克塽。原来天地会中人竟在严刑逼供下，错手将克塽打死，小宝将计就计，收买张康年等将锡范制服。康熙洞悉小宝一切诡计后，先将小宝全家挟持入宫，逼小宝三日内交出克塽与锡范。小宝迫于无奈求助于天地会，众人施计先将克塽尸体埋于郑家后院，然后诬告克塽在与冯妻鬼混，锡范揭破后将克塽灭口。怎料康熙竟为所骗，厉责小宝一顿，更声言于午夜前铲除天地会。

小宝欲向康熙施展激将法使他回心转意，怎料二人言语间竟反目成仇，康熙一怒之下将小宝重打后收监。正当众兵布置妥当火炮天地会之际，康熙突改变主意，使众大臣大失所望，太后闻讯对他严加责问，劝他应以大清律法为重，下令将小宝革职斩决以示惩戒。康熙在友情与国法下，终为存国君威严，假意下令将小宝处决。另一方面，正当太后派人灌小宝饮毒酒时，康熙假扮刺客将小宝救出，小宝大为感动，临走将鹿鼎山藏宝地图送予康熙。天地会众香主为争总舵主元气大伤，众人欲推举小宝为汉邦皇帝，以达成更新汉邦的计划，小宝有感无官一身轻，坚决拒绝众人。怎料康熙突然派兵围攻天地会，众人以为被小宝出卖，茅十八乘机追杀小宝至一悬崖，正当小宝七妻赶至时，目睹茅十八将小宝抛下悬崖，众妻为之悲痛欲绝。究竟小宝能否吉人天相呢？小宝一家能否重聚天伦？